Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,926,366 | 0 | A | C | 24.2% | 216.4 / 31.0 | 95 | G30G (GGT→GGG) | mioC | flavoprotein MioC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (56/16); new base C (0/23); total (56/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.78e-12 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
TCTGTTCCTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTG > NC_000913/3926227‑3926505 | tCTGTTCCTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTaaaa > 1:1388943/1‑140 (MQ=255) ttCCTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCg < 2:1561848/140‑1 (MQ=255) ccTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGCCCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAC‑CCCGcc < 1:1359995/140‑1 (MQ=255) cTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCct > 2:1357000/1‑140 (MQ=255) cAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCtt > 2:1155064/1‑140 (MQ=255) cATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCttt > 2:947162/1‑140 (MQ=255) cATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCttt > 1:1329456/1‑140 (MQ=255) tAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTc > 2:265134/1‑140 (MQ=255) aaaggagaaaggTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGc < 1:1592325/140‑1 (MQ=255) aaggagaaaggTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGcc < 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(MQ=255) tCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCT‑ACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACa > 2:214215/1‑140 (MQ=255) ctcCGGCCCGGTGGGGGGGGCTAATAACCAGCCAGACCCCGGGGGAGGGAAAATCTTCAAACGGCGGCCCGTGCGGCTTTTG‑GGTGGAAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCa < 2:1329456/140‑1 (MQ=255) ctcCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCa > 2:684944/1‑140 (MQ=255) gCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCAccgcc > 1:1735287/1‑140 (MQ=255) gtgggtggAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAggg > 1:1588929/1‑140 (MQ=255) tgggtggAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGt > 1:330569/1‑140 (MQ=255) tgggtggAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGt > 2:1471823/1‑140 (MQ=255) tgggtggAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGt > 1:163594/1‑140 (MQ=255) agcgaggCTGATACCCACCAAGCCCCCGGAGGCAGTTAATTCTTCAAACGGGGGCCGGGGCGGTGTTGG‑GGTGGAAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGtgc < 2:870205/134‑1 (MQ=255) gggAGCTGATACCCAGCCAGATCCCGGAGGCAGGAAATTCTTCAAACAGCGGCCCGTGCAGCTTTTC‑GGTGGAAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGtgctg < 2:330569/139‑1 (MQ=255) ggAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGtgctgc > 1:857062/1‑140 (MQ=255) 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1:1488349/1‑140 (MQ=255) ggcccGTGCAGCTTTTG‑GGTGGAAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTg < 1:998541/137‑1 (MQ=255) ggACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTg > 1:657872/1‑140 (MQ=255) cccGTGCAGCGTTTG‑GGGGGTAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGc < 1:571793/139‑1 (MQ=255) cccGTGC‑GCCTTTCGGGTGGAAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTTTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGc < 2:1549099/139‑1 (MQ=255) aCCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCt > 2:1530182/1‑126 (MQ=255) cGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGt > 1:995360/1‑140 (MQ=255) tGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTg < 1:934294/134‑1 (MQ=255) tGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTg > 2:934294/1‑134 (MQ=255) cAGGGTTTC‑GGTGGTAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTGAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTg < 1:1220442/140‑1 (MQ=255) cGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTAc > 1:1032995/1‑140 (MQ=255) gTTTC‑GGTGGTAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACg < 1:1471823/140‑1 (MQ=255) gTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACg > 2:973239/1‑140 (MQ=255) tgaaaata‑CCCGCCTCTTCCAGTTTTTCAGTCGGGGGTTGGGTTACATATTCGGCGCCGCCGAGGTTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAGCCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGaa < 2:388812/133‑1 (MQ=255) gggaaaac‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGaa < 2:1032995/136‑1 (MQ=255) gtAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAAcg > 2:201242/1‑140 (MQ=255) aaac‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAAcgcg < 2:1413310/140‑1 (MQ=255) aaa‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGt > 1:947111/1‑140 (MQ=255) a‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTg < 1:1568037/140‑1 (MQ=255) | TCTGTTCCTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTC‑GGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTG > NC_000913/3926227‑3926505 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |