Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	1,211,435	C→T	pseudogene (23/165 nt)	icdC →	protein IcdC

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	1,211,435	0	C	T	100.0%	267.4 / NA	75	pseudogene (23/165 nt)	icdC	protein IcdC
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (52/23);  total (52/23)

AAACACATGTTTATAATCAATGAGTTATAGAAATGCTAAGGGCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAA  >  NC_000913/1211300‑1211570                                                                                                                                        |                                                                                                                                        aaaCACATGTTTATAATCAATGAGTTATAGAAATGCTAAGGGCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGaa                                                                                                                                     >  1:319459/1‑140 (MQ=255)     acaTGTTTATAATCAATGAGTTATAGAAATGCTAAGGGCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCgg                                                                                                                                 <  2:1020489/140‑1 (MQ=255)       aTGTTTATAATCAATGAGTTATAGAAATGCTAAGGGCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCt                                                                                                                               >  1:554461/1‑140 (MQ=255)             ataATCAATGAGTTATAGAAATGCTAAGGGCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTg                                                                                                                         >  2:347011/1‑140 (MQ=255)              taATCAATGAGTTATAGAAATGCTAAGGGCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGa                                                                                                                        <  2:554461/140‑1 (MQ=255)                aTCAATGAGTTATAGAAATGCTAAGGGCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGAtt                                                                                                                      <  1:982044/140‑1 (MQ=255)                 tCAATGAGTTATAGAAATGCTAAGGGCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTg                                                                                                                     >  1:760053/1‑140 (MQ=255)                   aaTGAGTTATAGAAATGCTAAGGGCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGtt                                                                                                                   <  2:233609/140‑1 (MQ=255)                   aaTGAGTTATAGAAATGCTAAGGGCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGtt                                                                                                                   >  2:388763/1‑140 (MQ=255)                    aTGAGTTATAGAAATGCTAAGGGCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTa                                                                                                                  <  1:887196/140‑1 (MQ=255)                     tGAGTTATAGAAATGCTAAGGGCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTaa                                                                                                                 >  1:271472/1‑140 (MQ=255)                           ataGAAATGCTAAGGGCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTAt                                                                                                           >  1:999377/1‑140 (MQ=255)                           ataGAAATGCTAAGGGCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTAt                                                                                                           >  1:170990/1‑140 (MQ=255)                                  tGCTAAGGGCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTa                                                                                                                  <  1:949390/126‑1 (MQ=255)                                  tGCTAAGGGCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTa                                                                                                                  >  2:949390/1‑126 (MQ=255)                                      aaGGGCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGcaa                                                                                                >  2:677096/1‑140 (MQ=255)                                      aaGGGCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGcaa                                                                                                >  1:229053/1‑140 (MQ=255)                                       aGGGCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGcaa                                                                                                >  1:828194/1‑139 (MQ=255)                                       aGGGCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGcaa                                                                                                <  2:828194/139‑1 (MQ=255)                                        gggCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGcaatc                                                                                              <  2:120987/140‑1 (MQ=255)                                              aTGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGcc                                                                                        >  2:985048/1‑140 (MQ=255)                                                      tatGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGt                                                                                <  1:375937/140‑1 (MQ=255)                                                        tGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTaa                                                                              >  1:641912/1‑140 (MQ=255)                                                        tGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTaa                                                                              >  1:674949/1‑140 (MQ=255)                                                        tGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTaa                                                                              >  2:978845/1‑140 (MQ=255)                                                           aaaTTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCaa                                                                                      <  2:24173/129‑1 (MQ=255)                                                           aaaTTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCaa                                                                                      >  1:24173/1‑129 (MQ=255)                                                             aTTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTAt                                                                         >  2:922608/1‑140 (MQ=255)                                                                aGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGAc                                                                      >  2:666587/1‑140 (MQ=255)                                                                aGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGAc                                                                      >  2:945427/1‑140 (MQ=255)                                                                  tAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCg                                                                                 <  2:1029913/127‑1 (MQ=255)                                                                  tAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCg                                                                                 >  1:1029913/1‑127 (MQ=255)                                                                     aaTTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGa                                                                 <  1:677096/140‑1 (MQ=255)                                                                       ttATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAAc                                                               <  1:347011/140‑1 (MQ=255)                                                                            ttGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTg                                                          >  2:20179/1‑140 (MQ=255)                                                                               cTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATg                                                       >  1:849494/1‑140 (MQ=255)                                                                               cTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATg                                                       >  1:428662/1‑140 (MQ=255)                                                                               cTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATg                                                       >  2:1043050/1‑140 (MQ=255)                                                                                 aTGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGa                                                     <  2:849494/140‑1 (MQ=255)                                                                                        aTAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCt                                              >  1:289091/1‑140 (MQ=255)                                                                                         tAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTa                                             >  2:547694/1‑140 (MQ=255)                                                                                         tAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTa                                             >  2:967377/1‑140 (MQ=255)                                                                                            ttACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAgc                                          >  1:752961/1‑140 (MQ=255)                                                                                              aCGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTa                                             >  1:502839/1‑135 (MQ=255)                                                                                              aCGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTa                                             <  2:502839/135‑1 (MQ=255)                                                                                              aCGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAgctg                                        >  1:213032/1‑140 (MQ=255)                                                                                                   ttAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGaa                                   <  1:388763/140‑1 (MQ=255)                                                                                                      gTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATg                                >  1:53384/1‑140 (MQ=255)                                                                                                      gTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATg                                >  1:240675/1‑140 (MQ=255)                                                                                                         aTCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTc                             <  1:1043050/140‑1 (MQ=255)                                                                                                          tCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCa                            >  1:206939/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                   tgctgcGCCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGAAGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGt                   >  1:112022/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                       gcgcCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAg               >  2:109203/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                        cgcCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTTAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGc              >  1:1065758/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                        cgcCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGtt                              >  1:913283/1‑124 (MQ=255)                                                                                                                        cgcCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGtt                              <  2:913283/124‑1 (MQ=255)                                                                                                                        cgcCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGtt                       <  2:631074/131‑1 (MQ=255)                                                                                                                        cgcCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGtt                       >  1:631074/1‑131 (MQ=255)                                                                                                                        cgcCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAg               >  2:432965/1‑139 (MQ=255)                                                                                                                        cgcCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAg               <  1:432965/139‑1 (MQ=255)                                                                                                                        cgcCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAg               <  2:76537/139‑1 (MQ=255)                                                                                                                        cgcCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGc              >  1:1001510/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                        cgcCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGc              >  2:967383/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                        cgcCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGc              >  2:901609/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                        cgcCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGc              >  1:765256/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                        cgcCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGc              >  1:179241/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                        cgcCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGc              >  1:217321/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                        cgcCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGc              >  2:1039408/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                        cgcCATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGAATGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGc              >  1:1062207/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                        caccATATGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAg               >  1:76537/3‑139 (MQ=255)                                                                                                                             tatGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCGatca         >  2:373579/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                             tatGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCGatca         >  2:1059545/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                              atGGGTTGGATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCGatcat        <  2:217321/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                                     ggATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATAGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCGATTATCGaaaa  <  2:890578/139‑1 (MQ=255)                                                                                                                                     ggATTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATAGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCGATTATCGaaaa  >  1:890578/1‑139 (MQ=255)                                                                                                                                        |                                                                                                                                        AAACACATGTTTATAATCAATGAGTTATAGAAATGCTAAGGGCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAA  >  NC_000913/1211300‑1211570

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑