| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,688,513 | A→C | intergenic (‑136/‑63) | fumA ← / → manA | fumarase A/mannose‑6‑phosphate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,688,513 | 0 | A | C | 97.6% | 152.7 / ‑3.8 | 42 | intergenic (‑136/‑63) | fumA/manA | fumarase A/mannose‑6‑phosphate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base C (22/19); total (22/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
TGTTCTCTCACTTACTGCCTGGTTTGGTTATGCTCTGGGCGGGTGTTCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTACTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACATTAAAACAGGGATTGATCATGCAAAAACTCATTAACTCAGTGCAAAACTATGCCTGGGGCAGCAAAACGGCGTTGACTGAACTTTATGG > NC_000913/1688378‑1688646 | tGTTCTCTCACTTACTGCCTGGTTTGGTTATGCTCTGGGCGGGTGTTCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTc < 1:149690/140‑1 (MQ=255)tGTTCTCTCACTTACTGCCTGGTTTGGTTATGCTCTGGGCGGGTGTTCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTc > 2:228378/1‑140 (MQ=255)tGTTCTCTCACTTACTGCCTGGTTTGGTTATGCTCTGGGCGGGTGTTCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTc < 1:228378/140‑1 (MQ=255) tctcACTTACTGCCTGGTTTGGTTATGCTCTGGGCGGGTGTTCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTa < 1:336233/140‑1 (MQ=255) tcACTTACTGCCTGGTTTGGTTATGCTCTGGGCGGGTGTTCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCCTCCCGTAgg > 2:683673/1‑140 (MQ=255) tACTGCCTGGTTTGGTTATGCTCTGGGCGGGTGTTCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCATGTTCCTTCCCGTAGGATTCt < 1:74941/140‑1 (MQ=255) tACTGCCTGGTTTGGTTATGCTCTGGGCGGGTGTTCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCTCGTAGGATTCt > 2:309507/1‑140 (MQ=255) tACTGCCTGGTTTGGTTATGCTCTGGGCGGGTGTTCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCt > 2:51418/1‑140 (MQ=255) tACTGCCTGGTTTGGTTATGCTCTGGGCGGGTGTTCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCt > 2:505972/1‑140 (MQ=255) tACTGCCTGGTTTGGTTATGCTCTGGGCGGGTGTTCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCt < 1:618926/140‑1 (MQ=255) tACTGCCTGGTTTGGTTATGCTCTGGGCGGGTGTTCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCt < 2:145673/140‑1 (MQ=255) tGCCTGGTTTGGTTATGCTCTGGGCGGGTGTTCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCt > 2:699128/1‑137 (MQ=255) tGCCTGGTTTGGTTATGCTCTGGGCGGGTGTTCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCt < 1:699128/137‑1 (MQ=255) gCCTGGTTTGGTTATGCTCTGGGCGGGTGTTCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCt < 2:218471/140‑1 (MQ=255) ccTGGTTTGGTTATGCTCTGGGCGGGTGTTCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGttccttcc > 1:211600/1‑124 (MQ=255) ccTGGTTTGGTTATGCTCTGGGCGGGTGTTCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGttccttcc < 2:211600/124‑1 (MQ=255) ttggttATGCTCTGGGCGGGTGTTCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAg > 1:840233/1‑140 (MQ=255) ggttATGCTCTGGGCGGGTGTTCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTg > 2:753344/1‑140 (MQ=255) ggttATGCTCTGGGCGGGTGTTCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTg > 1:830882/1‑140 (MQ=255) ggCGGGTGTTCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTcc > 1:680303/1‑140 (MQ=255) ggcgtTCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACAt > 1:318083/4‑140 (MQ=255) gtgtTCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACAtt > 1:944061/1‑140 (MQ=255) tCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTGCACACTTTTTTAACAAAAACTGAGGCTAGTACGCCTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACATTaaaa < 1:128257/140‑1 (MQ=255) tCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACATTaaaa < 2:593865/140‑1 (MQ=255) ccGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACATTAAAAc < 1:345963/140‑1 (MQ=255) cGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACATTAAAACa < 2:830882/140‑1 (MQ=255) ttAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACATTAAAACAGGGATTGATc > 1:846079/1‑140 (MQ=255) aGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACATTaaaa < 1:828472/123‑1 (MQ=255) aGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACATTaaaa > 2:828472/1‑123 (MQ=255) cGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACATTAAAACAGGGATTGATCATGCaaa < 1:683673/140‑1 (MQ=255) aGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTACTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACATTAAAACAGGGATTGATCATGCaaaaa < 2:325133/140‑1 (MQ=255) ccTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACATTAAAACAGGGATTGATCATGCAAAAACTCATTAACTc > 2:781122/1‑140 (MQ=255) cacacTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACATTAAAACAGGGATTGATCATGCAAAAACTCATTAACt < 1:16352/135‑1 (MQ=255) cacacTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACATTAAAACAGGGATTGATCATGCAAAAACTCATTAACt > 2:16352/1‑135 (MQ=255) acacTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACATTAAAACAGGGATTGATCATGCAAAAACTCATTAACTCAGTGc > 2:211587/1‑140 (MQ=255) cTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACATTAAAACAGGGATTGATCATGCAAAAACTCATTAACt < 1:465381/131‑1 (MQ=255) cTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACATTAAAACAGGGATTGATCATGCAAAAACTCATTAACt > 2:465381/1‑131 (MQ=255) ttttttAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACATTAAAACAGGGATTGATCATGCAAAAACTCATTAACTCAGTGCaaaa > 2:659785/1‑140 (MQ=255) aaaaCTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACATTAAAACAGGGATTGATCATGCAAAAACTCATTAACTCAGTGCAAAACTATGCCTgg > 1:232052/1‑140 (MQ=255) tACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACATTAAAACAGGGATTGATCATGCAAAAACTCATTAACTCAGTGCAAAACTATGCCTGGGGCAGCAAAACGGc < 2:232052/140‑1 (MQ=255) cTTTTTGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACATTAAAACAGGGATTGATCATGCAAAAACTCATTAACTCAGTGCAAAACTATGCCTGGGGCAGCAAAACGGCGTTGa > 1:214000/1‑140 (MQ=255) ttttGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACATTAAAACAGGGATTGATCATGCAAAAACTCATTAACTCAGTGCAAAACTATGCCTGGGGCAGCAAAACGGCGTTGACt > 1:237116/1‑140 (MQ=255) tttGCGGCTCCAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACATTAAAACAGGGATTGATCATGCAAAAACTCATTAACTCAGTGCAAAACTATGCCTGGGGCAGCAAAACGGCGTTGACTg < 1:505972/140‑1 (MQ=255) cAGGTTCCTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACATTAAAACAGGGATTGATCATGCAAAAACTCATTAACTCAGTGCAAAACTATGCCTGGGGCAGCAAAACGGCGTTGACTGAACTTtatgg < 2:844313/140‑1 (MQ=255) | TGTTCTCTCACTTACTGCCTGGTTTGGTTATGCTCTGGGCGGGTGTTCCGTTGCCCTGTTAAAAGCGAGTAACAATATCCTACACACTTTTTTAACAAAAACTGAGACTAGTACGACTTTTTGCGGCTCCAGGTTACTTCCCGTAGGATTCTTGCTTTAATAGTGGGATTAATTTCCACATTAAAACAGGGATTGATCATGCAAAAACTCATTAACTCAGTGCAAAACTATGCCTGGGGCAGCAAAACGGCGTTGACTGAACTTTATGG > NC_000913/1688378‑1688646 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |