| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 770,897 | 0 | T | G | 23.9% | 131.7 / 10.3 | 71 | intergenic (+286/‑561) | mngB/cydA | alpha‑mannosidase/cytochrome bd‑I ubiquinol oxidase subunit I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/30); new base G (17/0); total (41/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.75e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCGTAGCGCATCAGGTAATTTTGCGTTTATCTTCACTCTCAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTT > NC_000913/770758‑771035 | gCGTAGCGCATCAGGTAATTTTGCGTTTATCTTCACTCTCAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGt < 1:377210/140‑1 (MQ=255) aGGTAATTTTGCGTTTATCTTCACTCTCAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATgtct < 2:1250698/140‑4 (MQ=255) ggTAATTTTGCGTTTATCTTCACTCTCAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATTCCtt > 2:1232450/1‑140 (MQ=255) ttGCGTTTATCTTCACTCTCAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGt < 1:17884/140‑1 (MQ=255) cGTTTATCTTCACTCTCAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAAt > 1:90262/1‑140 (MQ=255) tCACTCTCAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAAct < 1:1508019/140‑1 (MQ=255) tctcAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGc > 1:512790/1‑140 (MQ=255) ctcAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcg < 2:1383555/140‑1 (MQ=255) ctcAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcg < 2:90262/140‑1 (MQ=255) cAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgtc < 1:540427/140‑1 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(MQ=255) cTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGAcc < 2:786598/138‑1 (MQ=255) cTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGAcc > 1:786598/1‑138 (MQ=255) cTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTTTGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑aa > 1:758603/1‑140 (MQ=255) cTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATTCCTTTATTAATAATCCTGAAAATCTGCGTCGTATTAGCCAGTGAAC‑aa > 2:443719/1‑140 (MQ=255) tATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGAGTTTTGCCTTTATTTGAAATCCTGAAACTCTTCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑caaaa > 2:692664/1‑140 (MQ=255) aTTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑aaaaaa > 2:139565/1‑140 (MQ=255) aTTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑aaaaaa > 1:528192/1‑140 (MQ=255) ccTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGc < 2:512790/140‑1 (MQ=255) gggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAA‑‑CTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGttt > 2:1317335/1‑140 (MQ=255) gggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAAAATTAAAGTCAACCCTGCTGt > 2:1615946/1‑140 (MQ=255) ggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGtt > 2:735799/1‑140 (MQ=255) ggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTCTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGt < 1:981607/127‑1 (MQ=255) ggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTCTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGt > 2:981607/1‑127 (MQ=255) ggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGtt > 1:573997/1‑140 (MQ=255) gTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGttt < 1:680525/140‑1 (MQ=255) gTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTgt > 2:47943/1‑139 (MQ=255) gTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGc > 1:627832/1‑140 (MQ=255) ttAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTg > 1:1530348/1‑129 (MQ=255) ttAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTg < 2:1530348/129‑1 (MQ=255) ttAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGCCTTTATTAGTAATCCTTAAAATCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCt > 2:281925/1‑140 (MQ=255) aaTTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAA‑‑CTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGt < 1:1317335/140‑1 (MQ=255) ttATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTTTGCCTTTTTTATTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTTGCCAGTGAAC‑CAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGGTGGTTTTTCttttt > 2:357156/1‑137 (MQ=255) ttATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGt > 2:299070/1‑140 (MQ=255) ttATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGt < 1:299070/140‑1 (MQ=255) atataatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCtt > 1:1450159/1‑140 (MQ=255) tataatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCttt > 2:255511/1‑140 (MQ=255) tataatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGCCTTTTTTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAACCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCttt > 2:316070/1‑140 (MQ=255) taatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCttttt < 2:627832/140‑1 (MQ=255) aatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGGGTAATGCTTTTTTAGTAATTCTTGAACTTTTCGTCGGCTTAAGCAGTGCCC‑CAAAAAAGAATTAATGCCAAACGGGCTGTTTTTTCTTCGTTTCcttttt > 2:770256/1‑139 (MQ=255) atTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTTTTGCTTTTTTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTTGCCAGTGAAC‑AAAAAAAAAATTAAGGGCAACCGTGCTGTTTTTTGTTCGTCTCTTTTTAt > 2:1144677/1‑140 (MQ=255) ataAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCtt > 1:967745/1‑140 (MQ=255) aGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTaa > 1:1119189/1‑140 (MQ=255) aaCTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGc < 2:573997/140‑1 (MQ=255) aaCTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGc > 1:1208480/1‑140 (MQ=255) aaCTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGc > 2:706071/1‑140 (MQ=255) aaCTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTTTCTTTAATTGc > 1:1443384/1‑140 (MQ=255) aCTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGGTTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGcc > 1:1233942/1‑140 (MQ=255) aCTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGcc > 1:1324919/1‑140 (MQ=255) aCTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGcc > 2:1541418/1‑140 (MQ=255) aCTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATTCCTTTTTTAGTAAACCTGAAAATCTGCGGCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGGCAACCGTGCTGTTTTTTCTTCGTCTCTTTTTATTTTTTATTGcc > 2:279309/1‑140 (MQ=255) aCTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGGCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTTcc > 2:510414/1‑140 (MQ=255) cTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCa > 2:1449471/1‑140 (MQ=255) aaaTGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAAc < 1:47943/140‑1 (MQ=255) aaaTGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAAc < 1:706071/140‑1 (MQ=255) aTGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTTCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCg > 2:1366462/1‑140 (MQ=255) gTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGaa > 1:1590688/1‑140 (MQ=255) ttAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGaaa < 2:177730/140‑1 (MQ=255) ttAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGaaa < 1:1232450/140‑1 (MQ=255) aaTATTGGCGGGGGGGGTTTTTTCCTTTTTTAGTAATCCTGAAAATCTGCGTCGTATTAGCCAGTGGCC‑AAAAAAAAAAATAAGGTCAACCGTGCTTTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTTTCAACCGAAACt > 2:306933/1‑140 (MQ=255) atatTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTa > 1:166056/1‑140 (MQ=255) atTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAAt < 1:306933/140‑1 (MQ=255) tGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACC‑AAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAAttt < 1:255511/140‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |