| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 3766089 | 3 (0.040) | coding (3907/4134 nt) | rhsA | rhs element protein RhsA | |||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
AAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/3653093‑3653230‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTG < NC_000913/3766089‑3765952 AAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCT < 1:461719/140‑1 TCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAAT > 2:682476/1‑140 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GGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCA < 1:11597/135‑1 ACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTT < 2:1017715/140‑1 TGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGG > 2:124306/1‑140 TGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGG > 2:1173523/1‑140 GTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGG > 1:442351/1‑140 GTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGG > 1:312532/1‑140 TTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGC > 2:1282298/1‑140 CGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCA < 1:653737/140‑1 CACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATG > 1:428246/1‑140 ACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGG < 1:203746/140‑1 CTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAA > 1:83334/1‑140 TCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATT > 2:478197/1‑140 TCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCA‑GGCTTTTGGGCCATGGAATTG > 1:397008/1‑140 CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTG > 1:1311157/1‑140 AAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/3653093‑3653230‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTG < NC_000913/3766089‑3765952 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |