Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 29,496 | 0 | T | A | 29.7% | 144.4 / 36.0 | 74 | intergenic (+301/‑155) | dapB/carA | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/5); new base A (0/22); total (47/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.21e-14 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAAT > NC_000913/29364‑29633 | cATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAatattttgtgg < 2:1061900/140‑8 (MQ=255) tttGGTCCTTTTTTTTCTGCTTTTTTTTTTTTCATGCATTCTTCTTGCTGCGCAAGCTTTTTCAAGAACAGG‑TTAGATGATTTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGAAAAACATGCATGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAAT‑‑cc < 2:1889043/140‑1 (MQ=255) ttgggTCCTTTTTTTTCTGCTCTTTTTTTTTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCTTTTTCCAGAACAGT‑TTAGATGATTTTTTTGTCGTTTAAT‑GCCTGAAAAACATGCATGACCCAAAAAAAAATATAAAAAAT‑‑cc < 2:1807522/137‑1 (MQ=255) ttGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑ccc > 1:734032/1‑140 (MQ=255) aCTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTa > 1:1531391/1‑140 (MQ=255) cTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACtttt > 1:1274609/1‑140 (MQ=255) cTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACtttt > 2:1574845/1‑140 (MQ=255) ttttttttTCATGCATTCTTCTTGCTGCGCAAGTTTTTCCAAGAACAGT‑TTAGATTTTTTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTAAAAAACATGCTTGAGCCAAAAAAAAATAAAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAgcg < 2:1105187/140‑1 (MQ=255) tGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTcc > 1:47468/1‑140 (MQ=255) tGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTcc > 1:137916/1‑140 (MQ=255) tGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTcc > 1:1506652/1‑140 (MQ=255) tGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑ATAGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTcc > 1:780175/1‑140 (MQ=255) tcttctTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAAt > 1:263789/1‑140 (MQ=255) gctgcAAAAGCTTTTCCAAAAAAAGT‑TTAGATTTTTTTTTTGTCGCTTAAT‑GCTTGAAAAACATGCATGACCCAAAAAATAATAAAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGccgccg < 2:1455199/140‑1 (MQ=255) tgcGCAAGCTTTTTCAAAAACAGG‑ATAGATGTTTTTTTTGTCGTTTAAT‑GCCTGAAAAACATGCATGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGtt < 2:780175/140‑1 (MQ=255) gcgcAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGttt > 1:1961375/1‑140 (MQ=255) gcgcAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGttt > 1:1455199/1‑140 (MQ=255) cgcAAGCTTTTTCAAAAACAGG‑TTAAATGTTTTTTTTGTCGTTTATT‑GCCTAAAAAACATGCATGACCCAAAAAAAAATAAAAAAAAC‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTg < 2:144234/140‑1 (MQ=255) cgcAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTg > 2:477007/1‑140 (MQ=255) 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< 2:500504/133‑1 (MQ=255) gaaactttttTCAAAAAAGGTTTAAATTATTTTTTTGTCGTTAAAT‑CCCTTAAAAACATGCATGAGCCAAAAAATAATATAAAAAAC‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGc < 2:838066/134‑1 (MQ=255) cAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGcc > 1:1568840/1‑140 (MQ=255) ttccaagaagaGT‑TTAGATGTTTTTTTTGTC‑TTTAATGGCCTGAAAAACATGCATGAGCCAAAAAATAAAAAAAAAAAC‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAAtt < 2:1559425/135‑1 (MQ=255) tcaaaaaCAGG‑TTAGATTATTTTTTTGTCTCTAAAT‑CCTTAAAAAACATGCATGACCCAAAAAATAATAAAAAAACC‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATtcg < 2:103311/135‑1 (MQ=255) aaCAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGt > 1:1559425/1‑140 (MQ=255) cAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTaa > 2:224205/1‑140 (MQ=255) g‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCa > 1:1034740/1‑140 (MQ=255) g‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCa > 2:135339/1‑140 (MQ=255) g‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCa > 2:746003/1‑140 (MQ=255) g‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCa > 1:1999056/1‑140 (MQ=255) aGATGTTTTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTATAAAACTTGAATGAACCAAAAAATAATAAAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGAt < 1:1119730/140‑1 (MQ=255) attttttttttGTCGTTTAAT‑GCCTAAAAAACATGCATGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAAC‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGAttt < 2:47468/134‑1 (MQ=255) gttttttttGTCGTTTAAG‑GCTTAAAAAACAGCCAGGGCCAACAAAATAATATAAAAAAC‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGc < 2:137983/136‑1 (MQ=255) ttttttttGTCGTTTAAT‑GCCTGAAAAACATGCATGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAAC‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCa < 1:161290/137‑1 (MQ=255) tttttttGTCTTTTAAT‑GCCTGAAAAACATGCATGACCCAAAAAATAATAAAAAAACC‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCAt < 2:895662/138‑1 (MQ=255) cTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCAtt > 1:159553/1‑140 (MQ=255) tGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGAttt > 2:1296339/1‑140 (MQ=255) tGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGAtt > 2:1438757/1‑139 (MQ=255) tGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCAAAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGAtt < 1:1438757/139‑1 (MQ=255) ttCGTTTAAT‑GCCTGAAAAACATGAATGAGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAC‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTa < 2:1311574/139‑1 (MQ=255) tCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTAc > 1:1666448/1‑140 (MQ=255) gCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACgc > 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(MQ=255) tataAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAat > 2:812688/1‑140 (MQ=255) tataAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAat < 1:224205/140‑1 (MQ=255) tataAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAat < 1:973500/140‑1 (MQ=255) tataAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAat > 2:2022834/1‑140 (MQ=255) taAAAAATCGCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAat < 2:2010492/140‑1 (MQ=255) | CATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAAT‑GCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAT‑‑CCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAAT > NC_000913/29364‑29633 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |