| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 3,525,144 | G→T | A758A (GCG→GCT) | mrcA → | peptidoglycan glycosyltransferase/peptidoglycan DD‑transpeptidase MrcA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,525,144 | 0 | G | T | 98.3% | 420.3 / 0.1 | 121 | A758A (GCG→GCT) | mrcA | peptidoglycan glycosyltransferase/peptidoglycan DD‑transpeptidase MrcA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (64/54); total (66/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TCGGCGGGAAAACCGGGACCACTAACAGTTCGAAAGATGCGTGGTTCTCGGGTTACGGTCCGGGCGTTGTGACCTCGGTCTGGATTGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTACGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTGACGCCGCCACCGGGTATTGTGACGGTGAATATC > NC_000913/3525008‑3525282 | tCGGCGGGAAAACCGGGACCACTAACAGTTCGAAAGATGCGTGGTTCTCGGGTTACGGTCCGGGCGTTGTGACCTCGGTCTGGATTGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCTAtt < 1:364183/140‑1 (MQ=255) gcggGAAAACCGGGACCACTAACAGTTCGAAAGATGCGTGGTTCTCGGGTTACGGTCCGGGCGTTGTGACCTCGGTCTGGATTGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCTATTaaa < 1:2069711/140‑1 (MQ=255) aaaaCCGGGACCACTAACAGTTCGAAAGATGCGTGGTTCTCGGGTTACGGTCCGGGCGTTGTGACCTCGGTCTGGATTGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCTATTAAagatca < 1:422214/140‑1 (MQ=255) aCCACTAACAGTTCGAAAGATGCGTGGTTCTCGGGTTACGGTCCGGGCGTTGTGACCTCGGTCTGGATTGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCTATTAAAGATCAGATCTCAgg > 1:1263676/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) gCTTCCGGAGCTATTAAAGATCAGATCTCAGGTTACGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTGACGCCGCCACCGGGTATTGTGAc > 2:933598/1‑140 (MQ=255) gCTTCCGGAGCTATTAAAGATCAGATCTCAGG‑TACGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTGACGCCGCCACCGGGTATTGTGACg < 1:316157/140‑1 (MQ=255) gCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTACGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTGACGCCGCCACCGGGTATTGTGAc < 1:477033/140‑1 (MQ=255) cTTCCGGAGCTATTAAAGATCAGATCTCAGGTTACGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTGACGCCGCCACCGGGTATTGTGACg < 2:2020613/140‑1 (MQ=255) cTTCCGGAGCTATTAAAGATCAGATCTCAGGTTACGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTGACGCCGCCACCGGGTATTGTGACg > 2:1651439/1‑140 (MQ=255) tCCGGAGCTATTAAAGATCAGATCTCAGGTTACGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTGACGCCGCCACCGGGTATTGTGACGGt > 2:359417/1‑140 (MQ=255) ccGGAGCTATTAAAGATCAGATCTCAGGTTACGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTGACGCCGCCACCGGGTATtgtg < 1:1296070/134‑1 (MQ=255) ccGGAGCTATTAAAGATCAGATCTCAGGTTACGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTGACGCCGCCACCGGGTATtgtg > 2:1296070/1‑134 (MQ=255) ccGGAGCTATTAAAGATCAGATCTCAGGTTACGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTGACGCCGCCACCGGGTATTGTGACGGTg > 1:715777/1‑140 (MQ=255) ccGGAGCTATTAAAGATCAGATCTCAGGTTACGAAGGCGGTGCCAAGAGCGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTGACGCCGCCACCGGGTATTGTGACGGTg > 1:107490/1‑140 (MQ=255) ggAGCTATTAAAGATCAGATCTCAGGTTACGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTGACGCCGCCACCGGGTATTGTGACGGTGaa > 1:425605/1‑140 (MQ=255) agATTAAAGATCAGATCTCAGGTTACGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTGACGCCGCCACCGGGTATTGTGACGGTGAATatc < 2:905753/139‑1 (MQ=255) | TCGGCGGGAAAACCGGGACCACTAACAGTTCGAAAGATGCGTGGTTCTCGGGTTACGGTCCGGGCGTTGTGACCTCGGTCTGGATTGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTACGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTGACGCCGCCACCGGGTATTGTGACGGTGAATATC > NC_000913/3525008‑3525282 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |