| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,425,216 | T→C | S479P (TCA→CCA) | trkG → | Rac prophage; K(+) transporter TrkG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,425,216 | 0 | T | C | 97.2% | 123.9 / ‑4.1 | 36 | S479P (TCA→CCA) | trkG | Rac prophage; K(+) transporter TrkG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (15/20); total (16/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.71e-01 | |||||||||||
TTAATAATATGGGATTAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCATTGATCCAATACCTAACTTTACCAGCAACACCTCCGTCCCCAGTAGCACTGGCTGCTGGGGTG > NC_000913/1425085‑1425351 | ttAATAATATGGGATTAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGtttt > 2:331550/1‑140 (MQ=255) tatGGGATTAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTGgc < 2:85502/140‑1 (MQ=255) atGGGATTAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTGgcg < 1:166701/140‑1 (MQ=255) atGGGATTAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTGgcg > 2:432823/1‑140 (MQ=255) atGGGATTAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTGgcg < 1:490703/140‑1 (MQ=255) atGGGATTAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTGgcg < 2:212419/140‑1 (MQ=255) atGGGATTAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTGgc < 1:104500/139‑1 (MQ=255) atGGGATTAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTGgc > 2:104500/1‑139 (MQ=255) tGGGATTAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTGgcgc > 2:484763/1‑140 (MQ=255) gATTAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTGGCGCTcc < 2:213969/140‑1 (MQ=255) tAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTaa < 1:501437/140‑1 (MQ=255) gTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAatat > 2:69877/1‑140 (MQ=255) gTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGC‑AAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAatata > 2:427804/1‑140 (MQ=255) tGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTgg > 1:67987/1‑124 (MQ=255) tGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTgg < 2:67987/124‑1 (MQ=255) tGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAATATATgg < 1:383209/140‑1 (MQ=255) tGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAATATATgg < 2:449059/140‑1 (MQ=255) aCTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGAttt > 1:289910/1‑140 (MQ=255) gTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATtgt < 2:200445/140‑1 (MQ=255) ttCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATtgctgtc > 1:52960/1‑135 (MQ=255) tCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGtt < 1:456315/140‑1 (MQ=255) cGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATtgt > 1:473996/1‑134 (MQ=255) 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gtgCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCATTGATCCAATAc < 1:331550/140‑1 (MQ=255) cATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCATTGATCCAATACCTa > 1:339619/1‑140 (MQ=255) cATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCATTGATCCAATACCTa > 1:128866/1‑140 (MQ=255) tATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCATTGATCCAATACCTAACTTTa < 1:432823/140‑1 (MQ=255) tGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTCCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCATTGATCCAATACCTAACTTTAcc > 1:138478/1‑140 (MQ=255) cTGTTATTATATTGTTTCCAGTTTTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCATTGATCCAATACCTAACTTTACCAGCAACACCTCCGTCCCCAGTAGCACt < 1:125306/140‑1 (MQ=255) gTTTCCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCATTGATCCAATACCTAACTTTACCAGCAACACCTCCGTCCCCAGTAGCACTGGCTGCTGGGGTg > 1:348473/1‑140 (MQ=255) gTTTCCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCATTGATCCAATACCTAACTTTACCAGCAACACCTCCGTCCCCAGTAGCACTGGCTGCTGGGGTg > 1:145851/1‑140 (MQ=255) | TTAATAATATGGGATTAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCATTGATCCAATACCTAACTTTACCAGCAACACCTCCGTCCCCAGTAGCACTGGCTGCTGGGGTG > NC_000913/1425085‑1425351 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |