Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	770,897	0	T	G	39.6%	60.9 / 14.1	48	intergenic (+286/‑561)	mngB/cydA	alpha‑mannosidase/cytochrome bd‑I ubiquinol oxidase subunit I
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (13/16);  new base G (19/0);  total (32/16)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.22e-05
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

AGCGCATCAGGTAATTTTGCGTTTATCTTCACTCTCAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTA  >  NC_000913/770762‑771036                                                                                                                                        |                                                                                                                                            aGCGCATCAGGTAATTTTGCGTTTATCTTCACTCTCAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGAt                                                                                                                                         >  1:73035/1‑140 (MQ=255)      aTCAGGTAATTTTGCGTTTATCTTCACTCTCAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATg                                                                                                                                    <  2:121493/140‑1 (MQ=255)      aTCAGGTAATTTTGCGTTTATCTTCACTCTCAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATg                                                                                                                                    <  1:1261174/140‑1 (MQ=255)             aaTTTTGCGTTTATCTTCACTCTCAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTttat                                                                                                                             <  1:1050817/140‑1 (MQ=255)                 ttGCGTTTATCTTCACTCTCAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGt                                                                                                                         <  2:294052/140‑1 (MQ=255)                     gTTTATCTTCACTCTCAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGCCTTTATTAGTAAtt                                                                                                                     >  1:1460992/1‑139 (MQ=255)                             tCACTCTCAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAAct                                                                                                             <  2:856529/140‑1 (MQ=255)                                  ctcAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcg                                                                                                        <  2:1159448/140‑1 (MQ=255)                                  ctcAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcg                                                                                                        <  2:387637/140‑1 (MQ=255)                                    cAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgtc                                                                                                      >  1:364601/1‑140 (MQ=255)                                    cAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGTCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgtc                                                                                                      >  2:1142852/1‑140 (MQ=255)                                           cGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAActc                                                                                                            >  1:1056410/1‑127 (MQ=255)                                           cGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAActc                                                                                                            <  2:1056410/127‑1 (MQ=255)                                                   tgGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATTCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGAc                                                                                       >  1:1049235/1‑140 (MQ=255)                                                     gCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCa                                                                                     >  1:613652/1‑140 (MQ=255)                                                      cTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAAATCTGCGTCGTATTAGCCAGGGACCaa                                                                                    >  2:560989/1‑140 (MQ=255)                                                         tATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCaaaaa                                                                                 >  1:1383072/1‑140 (MQ=255)                                                          aTTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCaaaaaa                                                                                >  1:1108166/1‑140 (MQ=255)                                                                     aataatAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATTCCTTTTTTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAAAATTAAggg                                                                     >  2:874345/1‑139 (MQ=255)                                                                          taaCCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAAcc                                                                >  2:625177/1‑140 (MQ=255)                                                                                  ggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGtt                                                        >  1:1230411/1‑140 (MQ=255)                                                                                  ggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTATTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGGCAAACGTGCTGtt                                                        >  1:510643/1‑140 (MQ=255)                                                                                    tGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGtttt                                                      <  1:625177/140‑1 (MQ=255)                                                                                       gTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAACTAAAGTCAAACGTGCTGTTTTTgt                                                   >  2:180682/1‑139 (MQ=255)                                                                                       gTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGc                                                   >  2:812750/1‑140 (MQ=255)                                                                                       gTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGc                                                   >  1:489393/1‑140 (MQ=255)                                                                                        ttAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCt                                                  <  2:194556/140‑1 (MQ=255)                                                                                            ttATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGt                                              <  1:1262524/140‑1 (MQ=255)                                                                                             tataatataaTTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTTTGCCTTTATTAGTAAACCTGAAACTCTTCGTCGTCTTAGCCCGTGGCCAAAAAAAGAATTAAGGTGAACCGTGGTGTTTTTGGTTCGtt                                             >  2:1096378/1‑139 (MQ=255)                                                                                              ataatataatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGtct                                            <  2:920860/140‑1 (MQ=255)                                                                                                aatataatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTctct                                          >  1:701460/1‑140 (MQ=255)                                                                                                  tataatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCttt                                        >  1:884118/1‑140 (MQ=255)                                                                                                  tataatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCttt                                        >  1:936631/1‑140 (MQ=255)                                                                                                  tataatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAAATCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTTCTTCGTCTCttt                                        >  2:339963/1‑140 (MQ=255)                                                                                                       ttATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATc                                   >  2:12878/1‑140 (MQ=255)                                                                                                       ttATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATTCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTTGTCTCTTTTTAtt                                   >  2:266543/1‑139 (MQ=255)                                                                                                            aGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGCCTTTTTTTGTAATCCTGAAAATCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAAAATTAAGGGCAACCGTGCTGTTTTTTCTTCGTCTCTTTTTTTCtttta                              >  2:523558/1‑138 (MQ=255)                                                                                                            aGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGGAAATCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAAGTCAAACGTGCTGTTTTTGGTTCGGCTCTTTTTTTCTTTaa                              >  2:205077/1‑140 (MQ=255)                                                                                                            aGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTaa                              >  2:896269/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                 aCTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGcc                         >  2:442873/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                 aCTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGc                          <  2:977041/139‑1 (MQ=255)                                                                                                                 aCTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGc                          >  1:977041/1‑139 (MQ=255)                                                                                                                 aCTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATTCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTTACCAATGACCAAAAAAAGAATTAAGGGCAACCGTGCTGTTTTTGTTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTTcc                         >  2:1420210/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                  cTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAAAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCa                        >  2:95398/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                       tGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGa                   >  1:811060/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                            atatTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTTTTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTTTCTTTAATTGCCAACCGAAACTa              >  1:1101587/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                                tGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAAttt          <  2:884118/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                                 ggCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAAttt          >  2:104349/1‑139 (MQ=255)                                                                                                                                 ggCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAAttt          <  1:104349/139‑1 (MQ=255)                                                                                                                                 ggCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATTCTTAAACTCTGCGTCGTTTTAGCCAGGGGCCAAAAAAATAATTAAGGGCAACCGTGGTGTTTTTTCTTTGTCTCTTTTTTTCTTTAATTTCCAAACGAAACTAATTTc         >  2:617484/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                                   cGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAg       <  1:633177/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                                       gTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCtt   >  2:637620/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                                        tGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTta  <  1:828910/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                                        |                                                                                                                                            AGCGCATCAGGTAATTTTGCGTTTATCTTCACTCTCAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTA  >  NC_000913/770762‑771036

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑