| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,111,752 | 0 | T | C | 29.2% | 75.2 / 11.1 | 48 | K155E (AAA→GAA) | yiiQ | DUF1454 domain‑containing protein YiiQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/9); new base C (0/14); total (25/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.69e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAA‑TCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATGGGTAG > NC_000913/4111615‑4111890 | tcttttATTCAACCCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAA‑TCGTTTCAACAGCGAAGGCCACCCCTTTTC‑CGCCGTTGCCCGCAACAACATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGGTGAAATAACTTTTGTTTTc‑cc < 2:404279/137‑1 (MQ=255) aCCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAA‑TCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTtagta > 1:91950/1‑140 (MQ=255) aCCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAA‑TCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTtagta > 1:166984/1‑140 (MQ=255) ctaaaaGCGTTTCAGATAGCCCCA‑CTTAATTCGTTCCAACAGCGAGGGTCCCCCCCTTTC‑CGCTGTTCCCCGCGACAACATAACGCAGTCCCCTTTCTGCCTGGGTGAAATAGCTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGc < 2:455078/136‑1 (MQ=255) cAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAA‑TCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGAc > 1:1215655/1‑140 (MQ=255) aTTCAAATAGCGCCAGCTTAA‑TCGGTTCAACAGCGAAGGTCACCCCTTTTT‑CGCCGTTGCCCGCGACAACATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATACCTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGt < 2:166984/140‑1 (MQ=255) ttCAGATAGCGCCAGCTTAA‑TCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGtt > 1:1324159/1‑140 (MQ=255) aaTAGCGCCAGCTTAA‑TCGGTCAAACAGCGAAGGCCACCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCGGTGCCCTTTCTGTCTGGGTGTAATACCTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGtttttt < 2:62704/139‑1 (MQ=255) ggcgcCATCTTAA‑TCGTTTCAACAGCGAGGGTCACCCCTTTTT‑CGCGGTTGCCCGCGACAACATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTCGGTTAAATAACTTTTTTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTg < 2:91950/139‑1 (MQ=255) gcgcCAGCTTAA‑TCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTgg > 1:897357/1‑140 (MQ=255) cgcCAGCTTAA‑TCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGc > 2:1015084/1‑140 (MQ=255) cccAGTTAAA‑TCGGTTCAACAGCGAAGGTCACCCCTTTTT‑CGCCGTTGCCCGCAACAACATACCGCGGTCCCCTTTCTGTCTGGGTGTAATAATTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCt < 2:1215655/139‑1 (MQ=255) catcTTAC‑TCGGTCAAACAGCAAAGGTCACCCCTTTTC‑CGCCGTTGCCCGCAAAAACAAACCGCTGTCCCCCTTCTGTCTGGGTTTAAT‑ACGTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCttt < 2:897357/137‑1 (MQ=255) a‑TCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGtttt > 2:598197/1‑140 (MQ=255) gggTACAACAG‑GAAGGGCCCCCCCTTTTCCGCGGTTGCCCGCGAAAACATACCGCAGTCCCCCTTTTGTCTGGGTGAAATAATTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTgg < 2:1390087/139‑1 (MQ=255) tCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTGGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCAt > 1:657713/1‑140 (MQ=255) tCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCAt > 1:700255/1‑140 (MQ=255) aaaCAGCGAAGGTCAGCCCTTTTC‑CGCCGTTGCCCGCAAAAACATACCGCAGTGCCCTTTCTGTCTGGGTGTAATACTTTTTTTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTGGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCAtt < 2:657713/139‑1 (MQ=255) aCAGCGAAGGCCAGCCCTTTTC‑CGCGGTGCTCCGCGACAACATACCGCAGTCCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATATGTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTaa < 2:997506/140‑1 (MQ=255) cAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAt > 1:649423/1‑140 (MQ=255) cAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAt > 1:333141/1‑140 (MQ=255) ggggTCACCCCTTTTT‑CGCCGTTGTCCGCAACAACATAACGCAGTGCTCCTTTTGTCTGGGTGTAATATGGTTTTTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGt < 2:1332385/138‑1 (MQ=255) aaGGTCCCCCCTTTTT‑CCCCGTTGCCCGCAACAACAAACCGCGGTCCCCTTTCTTTCTGGGTGTAATATCTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGt < 2:1418244/140‑1 (MQ=255) aaGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAtctgtc > 1:1297540/1‑135 (MQ=255) aaGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGt > 1:997506/1‑140 (MQ=255) aaGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGt > 1:446110/1‑140 (MQ=255) ttt‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGact > 1:1332385/1‑138 (MQ=255) cccGTTGCCCGCAAAAACATAACGCGGTGCCCCTTCTGTCTGGGTTTAATAATTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCg < 2:446110/139‑1 (MQ=255) tttGCCCGCGACAAAATACCGCGGTCCCCTTTCTGCCTCGGTGTAATAATTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTg < 1:686991/139‑1 (MQ=255) gTTGCCCGCGACAACATAACGCATTGCCCCTTCTGTCTCGGTGTAATATTTTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTg < 1:1267424/140‑1 (MQ=255) cgACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTAt > 2:916590/1‑140 (MQ=255) caTAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGGTGAAATAACTTTTGTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGa < 1:363093/140‑1 (MQ=255) tAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGGAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGAGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgc > 2:64175/1‑140 (MQ=255) aaCGCTGTGCTCTTTCTGTCGCGGTTAAATATGGTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgct < 2:649423/140‑1 (MQ=255) tGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgctt > 2:1268547/1‑140 (MQ=255) tttCTGTCTGGGTGTAATACTTTTTGTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTcgcg < 1:1171697/139‑1 (MQ=255) cTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTcgcg > 2:240941/1‑140 (MQ=255) gTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCttt > 1:253310/1‑140 (MQ=255) gtgtAATAACGTTTTTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGctc < 1:598197/140‑1 (MQ=255) ttaataaCTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTg < 1:1201220/139‑1 (MQ=255) ataattttttttttC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCACTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGcc < 1:657260/134‑1 (MQ=255) aaCGTTTTTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGcccc < 1:1268547/140‑1 (MQ=255) ttttttttttC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTg < 2:626299/138‑1 (MQ=255) gtttgtttTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTgg > 2:813402/1‑140 (MQ=255) ttttttttT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGctct < 1:170669/130‑1 (MQ=255) tttgtttTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGctct > 2:170669/1‑130 (MQ=255) tttgtttTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGa > 2:230541/1‑140 (MQ=255) tttttttt‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGAt < 1:240941/137‑1 (MQ=255) tgtttTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTg > 2:889912/1‑129 (MQ=255) tgtttTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTg < 1:889912/129‑1 (MQ=255) tgtttTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATg > 1:77373/1‑140 (MQ=255) tt‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATGGGTAg > 1:334659/1‑140 (MQ=255) | TCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAA‑TCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATGGGTAG > NC_000913/4111615‑4111890 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |