New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 4542690 | 59 (0.740) | 19 (0.250) | 16/258 | 2.8 | 22.1% | intergenic (+57/‑425) | fimE/fimA | regulator for fimA/type 1 fimbriae major subunit |
? | NC_000913 | = 4542986 | 79 (1.060) | intergenic (+353/‑129) | fimE/fimA | regulator for fimA/type 1 fimbriae major subunit |
GCGTTATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAA‑‑AGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/4542543‑4542690 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttggggccaTTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTTCAGTTTATTTGTTGGCTTAATATTCTATTGTTATCTTTATTTATAGATGTTTATATTGCATGAGGTGGTTTTTGGAGAGAAGAATGAGGAAGATGCGT < NC_000913/4542986‑4542850 GCGTTATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAA‑‑AGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAAT < 2:806134/140‑1 GTTATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAA‑‑AGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTG > 2:482653/1‑140 GTTATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAA‑‑AGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTG > 2:1298554/1‑140 TATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAA‑‑AGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGG > 1:145222/1‑140 TATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAA‑‑AGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGG > 2:364970/1‑140 TATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAA‑‑AGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGG > 2:323954/1‑140 ATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAA‑‑AGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGG < 1:803622/140‑1 ATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAA‑‑AGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGG < 2:185895/140‑1 TACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAA‑‑AGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGC > 1:557019/1‑140 CGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAA‑‑AGAGAAGAGGTTTGGTTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAT > 1:601868/1‑140 TAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAA‑‑AGAGAAGAGGTTTGGTTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGAC < 2:601868/140‑1 CTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAA‑‑AGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAG > 1:419642/1‑140 TCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAA‑‑AGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGG > 1:479280/1‑140 CGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAG > 2:588973/1‑140 CGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAA‑‑AGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGA < 1:323954/140‑1 CCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAA‑‑AGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATC < 2:479280/140‑1 GAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAA‑‑AGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTT < 2:419642/140‑1 AATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTT < 1:588973/140‑1 ATAAACGAAAAATTAAAA‑‑AGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTTCAGTTTATTTG > 2:94249/1‑140 TAAACGAAAAATTAAAA‑‑AGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTTCAGTTTATTTGT > 2:1018572/1‑140 TAAACGAAAAATTAAAA‑‑AGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTTCAGTTTATTTGT > 2:570220/1‑140 AAAATTAAAA‑‑AGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTTCAGTTTATTTGTTGGCTTA < 1:686246/140‑1 AAAA‑‑AGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTTCAGTTTATTTGTTGGCTTAATATTC < 1:570220/140‑1 AAAA‑‑AGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTTCAGTTTATTTGTTGGCTTAATATTC < 1:1018572/140‑1 TTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTTCAGTTTATTTGTTGGCTTAATATTCTATTGTTATCTTTA > 2:245201/1‑140 TTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTTCAGTTTATTTGTTGGCTTAATATTCTATTGTTATCTTTATTTATA < 1:245201/140‑1 TTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTTCAGTTTATTTGTTGGCTTAATATTCTATTGTTATCTTTATTTATAGATGTTTA < 1:94249/140‑1 CAATTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTTCAGTTTATTTGTTGGCTTAATATTCTATTGTTATCTTTATTTATAGATGTTTATATTGCATGAGGTGGTTTTTGGAGAGAAGAATGAGG < 1:496711/140‑1 TGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTTCAGTTTATTTGTTGGCTTAATATTCTATTGTTATCTTTATTTATAGATGTTTATATTGCATGAGGTGGTTTTTGGAGAGAAGAATGAGGAAGA > 2:281948/1‑140 CCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTTCAGTTTATTTGTTGGCTTAATATTCTATTGTTATCTTTATTTATAGATGTTTATATTGCATGAGGTGGTTTTTGGAGAGAAGAATGAGGAAGATGCGT < 2:578941/140‑1 GCGTTATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAA‑‑AGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/4542543‑4542690 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttggggccaTTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGGACAAACTTTTTCAGTTTATTTGTTGGCTTAATATTCTATTGTTATCTTTATTTATAGATGTTTATATTGCATGAGGTGGTTTTTGGAGAGAAGAATGAGGAAGATGCGT < NC_000913/4542986‑4542850 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |