Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,206,446 | 0 | C | A | 27.7% | 188.2 / 23.9 | 94 | intergenic (‑190/‑17) | ttdR/ttdA | DNA‑binding transcriptional activator Dan/L(+)‑tartrate dehydratase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/53); new base A (22/4); total (37/57) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.57e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
CCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAA > NC_000913/3206307‑3206584 | ccATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATAc < 2:1385063/140‑1 (MQ=255) ccATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATAc < 2:510942/140‑1 (MQ=255) tGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTCAGACAAAAAAAAAAAATg > 2:2225423/1‑140 (MQ=255) tctGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTTATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑g < 1:2539924/140‑1 (MQ=255) tctGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAATTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑g < 1:2021518/140‑1 (MQ=255) tctGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑g < 1:2706932/140‑1 (MQ=255) tctGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑g < 1:2530255/140‑1 (MQ=255) tctGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑g < 1:185948/140‑1 (MQ=255) tGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTCAGACAAAAAAAAAAAATGGA‑ggt > 2:831933/1‑138 (MQ=255) gcgcAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTTATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTCAAACAAAAAAAAAAAATGGA‑GGTgg > 2:2539924/1‑139 (MQ=255) gcgcAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GGATTTTTTCAAACAAAAAAAAAAAATGGA‑GTTGc > 2:1210873/1‑140 (MQ=255) gcgcAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTCCGACAAAAAAAAAAAATGGA‑GTTGc > 1:56230/1‑140 (MQ=255) cgcAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGGAATTTTTTC‑GACAAAAACAAAAAATGGA‑ggttgc > 2:2804020/1‑135 (MQ=255) aaTATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCatg < 1:2424274/140‑1 (MQ=255) atatTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTCAGACAAAAACAAAAAAAGGA‑GGTGGCatga > 2:2424274/1‑140 (MQ=255) atatTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAAATTTTTTAGACAAAAACAAAAAAAGGA‑GGTGGCatga > 2:2706932/1‑140 (MQ=255) cattcTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTTAGACAAAAAAAAAAAATGGG‑GGTGCCATGGTGAgg > 2:1900011/1‑139 (MQ=255) cattcTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTCCGACAAAAACAAAAAAAAGA‑GGTGCCATGATGAgg > 1:449339/1‑139 (MQ=255) ttcTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑Ga < 2:2509632/140‑1 (MQ=255) ttcTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑Ga < 1:1900011/140‑1 (MQ=255) ttcTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑Ga < 1:1700369/140‑1 (MQ=255) cTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTCAGACAAAAAAAAAAAAAGGA‑GGTGGCATGATGAggggaa > 2:65678/1‑135 (MQ=255) tATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTCCGACAAAAAAAAAAAATTGA‑GGTGGCATGATGAGC‑Gaaaaa > 1:2412085/1‑138 (MQ=255) tCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGtaataa < 2:250446/140‑1 (MQ=255) gcgTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTCAGACAAAAAAAAAAAAAGGA‑GGTGGCATTATGAGC‑GGAAGgaaaaaaa > 2:1533050/1‑138 (MQ=255) gTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCaa < 2:1419747/140‑1 (MQ=255) gTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCaa < 1:1297146/140‑1 (MQ=255) ttGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAAc < 1:2614039/140‑1 (MQ=255) ttGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAAc < 1:2658423/140‑1 (MQ=255) ttGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAAAACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAAc < 2:1873691/140‑1 (MQ=255) aTTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAgg < 1:386486/140‑1 (MQ=255) aTTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAgg < 2:2625452/140‑1 (MQ=255) ttCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GGATTTTTTCATACAAAAAAAAAAAATGGA‑GGTTGCATGATGAGC‑GAAAAGAATAAACaaaaagc > 2:1297146/1‑135 (MQ=255) ttCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGc < 1:2804020/140‑1 (MQ=255) ttCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGc < 1:1210873/140‑1 (MQ=255) cagaCGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGc < 1:1372137/137‑1 (MQ=255) tCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCa < 2:1712640/140‑1 (MQ=255) acaggTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGaa < 1:2012592/136‑1 (MQ=255) aaCTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGaa < 1:1533050/140‑1 (MQ=255) aCTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTCAGACAAAAAAAAAAAAAGGA‑GGTGGCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAAGAACAAGCCGTGAAt > 1:1115175/1‑140 (MQ=255) ttAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTCAGACAAATAAAAAAAATGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGGAATAAACAACAGGCAGTGAATAAGt > 1:477877/1‑140 (MQ=255) aTTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAAATTTTTCACACAAAAACAAAAAAAGGG‑GGTGCCCTGATGAGC‑GAAAAAAAAAAAAAACAAGCAGGGAATaaaactg > 2:1372137/1‑135 (MQ=255) aCATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACag < 1:2410141/140‑1 (MQ=255) atatTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTTTGACAAAAAAAAAAAATAGA‑GGTTGCATGATGAGC‑GGAAGTAAAAAACAAAAAGCAGGGAATAAAttttttctt > 2:2366767/1‑133 (MQ=255) atTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTCCAACAAATAAAAAAAATGGA‑GTTGGCATGATGAGC‑GGAAGAAATAAACAACAAGCAGGGAAAAAATTTAAAgagaa > 2:1919700/1‑139 (MQ=255) atTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTCAGACAAAAAAAAAAAATGGA‑GTTGCCATGATGAGG‑GAAAAAAAAAAACAACAGGCAGAGAATAAAATGACAGAGAt > 2:2894020/1‑140 (MQ=255) atTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAAATTTTTTACAAAAAAAAAAAAAATGGA‑GGTGGCATGATGAGC‑GGAAGGAAAAAAAAAAAAGCAGGGAAAAAAATGACAgagaa > 2:2602832/1‑139 (MQ=255) aCGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAAATTTTTCAGACAAAAACAAAAAATTGA‑GGTGTCCTGATGAGG‑GAAAAGAAAAAACAAAAAGCAGGGAAAAAAATTACAGAGAATG‑tt > 2:3055866/1‑139 (MQ=255) cGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAAATTTTTCAGACAAAAAAAAAAAATGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAAAAACAAGCAGTGAATAAGATGACAGAGATTG‑ttg > 2:2230015/1‑138 (MQ=255) tGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTCAGACAAAAACAAAAAAAGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAACAAAAAGCAGTGAAAAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTa > 2:104449/1‑140 (MQ=255) tGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAAATTTTTCAGACAAAAAAAAAAAATGGA‑GTTGGCATGATGAGC‑GAAAAGAATAAAAAAAAAGCAGGGAAAAAAATGAAAAAGAATG‑TCGCTa > 2:2426494/1‑140 (MQ=255) gCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTCACACAAAAAAAAAAAATGGA‑GTTGCCCTGATGAGG‑GAAAAGAATAAAAAAAAAGCAGTGAAAAAAATGAAAGAGATTT‑TTGCTaaa > 2:2957558/1‑139 (MQ=255) cAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGGG‑GAATTTTTCC‑GACAAAAAAAAAAAATTGA‑GGTTCCATGATTAGCGGAAAGAAAAAAAAAAAAGG‑AGGGAAAAAATTTAAAAAGATTG‑TTGCTTACt > 2:784979/1‑140 (MQ=255) cAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GGATTTTTTCAAACAAAAAAAAAAAAATGA‑GGTGGCATGATGGGG‑GGAAAAAAAAAAAAAAAAGCAGGGAATAAATTGAAAAAGAATT‑TTGGTAACt > 2:1417066/1‑140 (MQ=255) cAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTCAGACAAAAAAAAAAAATGGA‑GGTGCCATGATTAGC‑GGAAATAATAAACAAAAAGCAGGGAATAAATTGAAAGAGAATG‑TTGCttaat > 2:598641/1‑136 (MQ=255) aaaaaaTATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACtt < 2:2596793/140‑1 (MQ=255) aaaaTATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑AAATTTTTCCAAAAAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTAAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTa < 2:3166198/140‑1 (MQ=255) aaTATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTCAGACAAAAAAAAAAAATGGG‑GGTGCCATGATGAGC‑GAAAGAAAAAAGAAACAAGCAGTGGATAAATTGAAAAAGATTG‑TCGCTAAATTTatc > 2:1859485/1‑138 (MQ=255) aaaaaCCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGAAAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTAAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCa < 1:1975982/139‑1 (MQ=255) aaaaCCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATAAAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCAt < 1:598641/140‑1 (MQ=255) aaaaCCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGAAAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCAt < 1:1944795/140‑1 (MQ=255) aCCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGAt < 1:832528/140‑1 (MQ=255) caTTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GGATTTTTTCAGACAAAAAAAAAAAAAGGA‑GGTGGCATGATGAGG‑GGAAGGAAAAAACAAAAAGGAGTGAAAAAAATGACAGAGAATT‑TTGCTAAATTTTCCGCCATGAttttt > 2:419741/1‑138 (MQ=255) caTTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTCAGACAAAAAAAAAAAATGGA‑GGTGGCATGATGAGG‑GAAAAAAATAAAAAACAAGCAGTGAATAAATTGACAGAGATTG‑TTGCTAACTTTACCGCCCTGAttttt > 2:1355164/1‑138 (MQ=255) caTTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTCAGACAAAAAAAAAAAAAGGG‑GGTGGCCTTATGAGC‑GGAAGAAATAAACAAAAAGCAAGGAATAAATTGGAAGAGAATG‑TCGCTAACTTTACCGCCCAGATTTCt > 2:946812/1‑140 (MQ=255) ttAGTGGTAGTTTGTGGG‑GGT‑AAATTTTTCCAGAAAAATAAAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTAccag < 2:2566042/140‑3 (MQ=255) tAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGa < 1:65678/140‑1 (MQ=255) aGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAAATTTTTCCGACAAAAACAAAAAATGGA‑GTTGGCCTGATGAGG‑GGAAAAAATAAACAACAAGGAGAGAAAAAGATTGCAGAGAGTG‑TCACTAAATTTTACCCCCTGATTTTTTccccca > 2:351618/1‑137 (MQ=255) aGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑AATTTTTTCCAGAAAAATAAAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑AAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTAAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGaa < 2:925740/140‑1 (MQ=255) gTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTCCTACCCGAAt < 2:307281/140‑1 (MQ=255) tGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTCAAACAAAAACAAAAAATGGAGGTTGCC‑TGATGAGG‑GGAAAAAAAAAACAAAAGGCAGTGAAAAAATTTACAGAGATTG‑TTGCTAAATTTTCCCCCCTGATTTTTTCCCCAATg > 2:2861017/1‑140 (MQ=255) gTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTCAAACAAAAAAAAAAAATGGG‑GGTGCCCTGGTGAGG‑GGAAGTAATAAGGAAAAAGCAGGGAAAAAAATGGCAGAGATTG‑TCGCTAACTTTTACCCCACTATTTTTACCCGAATGcc > 2:670801/1‑140 (MQ=255) aGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTCCCACAAAAAAAAAAAAAGGG‑GTTGGCCCGATGAGG‑GGAAGGAATAAACAAAAAGGAGAGAAAAAATTGACAGAGAATGTTGGTTAATTTTACC‑CCATAATTTTTTCCCCAATTCCtg > 2:1695044/1‑140 (MQ=255) aGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCtg < 1:1913459/140‑1 (MQ=255) gTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTCCGACAAAAAAAAAAAATGGG‑GGTGGCATGGTGAGG‑GAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAGTGAAAAAATTGACAGAGATTG‑TTGCTTACTTTTCCCCCCTGATTTCTACCCGAAAGCCtga > 2:1411655/1‑140 (MQ=255) tttGTGGC‑GGT‑GAATTTTTTCAGACAAAAACAAAAAATGGA‑GGTGGCATGATGAGG‑GAAAGGAATAAAAAACAAGCAGTGAATAAATTGACAGAGAATG‑TCGCTAACTTTACCCCCCTGATTTTTACCCCAATGCCtgat > 2:1066770/1‑140 (MQ=255) ttGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCtgatg < 1:1779275/140‑1 (MQ=255) ttGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCtgatg < 1:1859485/140‑1 (MQ=255) ttGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGAAAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCtgatg < 1:2894020/140‑1 (MQ=255) ttGTGGC‑GGT‑AAATTTTTCAAAAAAAATAAAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGG‑AAAAGTAATAACCAACAGGCAGTAAAAAAGTTAACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCtgatg < 2:449339/140‑1 (MQ=255) ggC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTAAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACgt < 2:477877/140‑1 (MQ=255) gC‑GGT‑GATTTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACgtg < 1:104449/140‑1 (MQ=255) gC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACgtg < 1:2426494/140‑1 (MQ=255) gT‑GAATTTTTTCAGACAAAAACAAAAAATGGA‑GGTGGCATGATGGGG‑GAAAGTAATAAACAACAAGGAGTGAATAAAATGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTTTACCCGAAAGGCTGATGACgtgggg > 2:2985400/1‑138 (MQ=255) gAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGa < 1:149647/140‑1 (MQ=255) gAATTTTTCAAGACAAATAAAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGa < 2:1115175/140‑1 (MQ=255) aaaTTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAATTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGa < 1:670801/139‑1 (MQ=255) aaaTTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGa < 1:2519137/139‑1 (MQ=255) tCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTa > 1:1819734/1‑140 (MQ=255) ccAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTaa > 1:228792/1‑140 (MQ=255) ccAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTaa < 1:2230015/140‑1 (MQ=255) ccAGAAAAATAAAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTaa < 2:2412085/140‑1 (MQ=255) aGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTaaaa < 1:1411655/140‑1 (MQ=255) aGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTaaaa < 2:1819734/140‑1 (MQ=255) gACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACgtg < 1:536471/124‑1 (MQ=255) gACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAAc > 2:1425347/1‑140 (MQ=255) aaaTACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTaaaa < 1:2231139/136‑1 (MQ=255) aaaTACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTaaaa > 2:2231139/1‑136 (MQ=255) aTACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTa > 2:1093503/1‑140 (MQ=255) aCAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTAAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAATTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTaaa < 1:3055866/140‑1 (MQ=255) | CCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGT‑GAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTG‑TCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAA > NC_000913/3206307‑3206584 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |