Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 3,916,862 | A→G | S172P (TCC→CCC) | atpD ← | ATP synthase F1 complex subunit beta |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,916,862 | 0 | A | G | 98.7% | 552.1 / ‑2.9 | 154 | S172P (TCC→CCC) | atpD | ATP synthase F1 complex subunit beta |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (78/74); total (79/75) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.71e-01 |
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
CCCGGCGGCTCGTTCATCTGGCCATACACCAGGGATACTTTGTCGATAACGTTGGAGTCGGTCATTTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGTTCACCTACGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGAGTGCTCGATCGCGATGTTACGAATGAGCTCCATCATGTTTACGGTTTTACCTACACCCGCACCACCGAACAGACCAACTTTACCGCCCTTAGCGAACGGACACATCAGGTCGATAACTTTGATACCGGTTTCCAGC > NC_000913/3916732‑3916998 | ccGGCGGCTCGTTCATCTGGCCATACACCAGGGATACTTTGTCGATAACGTTGGAGTCGGTCATTTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGTTCACCTACGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGGGTGCTCGATc > 2:412785/1‑140 (MQ=255) gcggcTCGTTCATCTGGCCATACACCAGGGATACTTTGTCGATAACGTTGGAGTCGGTCATTTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGTTCACCTACGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGGGTGCTCGATcgcg < 2:2164855/140‑1 (MQ=255) cggcTCGTTCATCTGGCCATACACCAGGGATACTTTGTCGATAACGTTGGAGTCGGTCATTTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGTTCACCTACGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGGGTGCTCGATCGCGa < 2:2062607/140‑1 (MQ=255) cggcTCGTTCATCTGGCCATACACCAGGGATACTTTGTCGATAACGTTGGAGTCGGTCATTTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGTTCACCTACGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGGGTGCTCGATCGCGa < 1:2224166/140‑1 (MQ=255) ggcTCGTTCATCTGGCCATACACCAGGGATACTTTGTCGATAACGTTGGAGTCGGTCATTTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGTTCACCTACGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGGGTg > 2:1856539/1‑128 (MQ=255) ggcTCGTTCATCTGGCCATACACCAGGGATACTTTGTCGATAACGTTGGAGTCGGTCATTTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGTTCACCTACGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGGGTg < 1:1856539/128‑1 (MQ=255) gcTCGTTCATCTGGCCATACACCAGGGATACTTTGTCGATAACGTTGGAGTCGGTCATTTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGTTCACCTACGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGGGTGCt < 2:898924/129‑1 (MQ=255) gcTCGTTCATCTGGCCATACACCAGGGATACTTTGTCGATAACGTTGGAGTCGGTCATTTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGTTCACCTACGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGGGTGCTCGATCGCGATg > 1:1041012/1‑140 (MQ=255) gcTCGTTCATCTGGCCATACACCAGGGATACTTTGTCGATAACGTTGGAGTCGGTCATTTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGTTCACCTACGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGAGTGCt > 1:1056098/1‑129 (MQ=255) gcTCGTTCATCTGGCCATACACCAGGGATACTTTGTCGATAACGTTGGAGTCGGTCATTTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGTTCACCTACGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGAGTGCt < 2:1056098/129‑1 (MQ=255) gcTCGTTCATCTGGCCATACACCAGGGATACTTTATCGATAACGTTGGAGTCGGTCATTTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGTTCACCTACGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGGGTGCTCGATCGCGATg > 2:94513/1‑140 (MQ=255) tCATCTGGCCATACACCAGGGATACTTTGTCGATAACGTTGGAGTCGGTCATTTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGTTCACCTACGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGGGTGCTCGATCGCGATGTTACGa < 1:104267/140‑1 (MQ=255) tCATCTGGCCATACACCAGGGATACTTTGTCGATAACGTTGGAGTCGGTCATTTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGTTCACCTACGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGGGTGCTCGATCGCGATGTTACGa < 1:2623447/140‑1 (MQ=255) aTCTGGCCATACACCAGGGATACTTTGTCGATAACGTTGGAGTCGGTCATTTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGTTCACCTACGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGGGTGCTCGATCGCGATGTTACGAAt < 2:1803837/140‑1 (MQ=255) tCTGGCCATACACCAGGGATACTTTGTCGATAACGTTGGAGTCGGTCATTTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGTTCACCTACGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGGGTGCTCGATCGCGATGTTACGAATg < 1:2304034/140‑1 (MQ=255) cTGGCCATACACCAGGGATACTTTGTCGATAACGTTGGAGTCGGTCATTTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGTTCACCTACGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGGGTGCTCGATCGCGATGTTACGAATGa < 1:2266060/140‑1 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aCCTACGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGGGTGCTCGATCGCGATGTTACGAATGAGCTCCATCATGTTTACGGTTTTACCTACACCCGCACCACCGAACAGACCAACTTTACCGCCCTTAGCGAACGGACACATCAGGt > 2:2321964/1‑140 (MQ=255) aCCTACGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGGGTGCTCGATCGCGATGTTACGAATGAGCTCCATCATGTTTACGGTTTTACCTACACCCGCACCACCGAACAGACCAACTTTACCGCCCTTAGCGAACGGACACATCAGGt > 2:2122616/1‑140 (MQ=255) aCCTACGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGGGTGCTCGATCGCGATGTTACGAATGAGCTCCATCATGTTTACGGTTTTACCTACACCCGCACCACCGAACAGACCAACTTTACCGCCCTTAGCGAACGGACACATCAGGt > 1:375263/1‑140 (MQ=255) aCCTACGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGGGTGCTCGATCGCGATGTTACGAATGAGCTCCATCATGTTTACGGTTTTACCTACACCCGCACCACCGAACAGACCAACTTTACCGCCCTTAGCGAACGGACACATCAGGt > 2:52705/1‑140 (MQ=255) cTACGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGGGTGCTCGATCGCGATGTTACGAATGAGCTCCATCATGTTTACGGTTTTACCTACACCCGCACCACCGAACAGACCAACTTTACCGCCCTTAGCGAACGGACACATCAGGTCg > 1:1049262/1‑140 (MQ=255) cTACGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGGGTGCTCGATCGCGATGTTACGAATGAGCTCCATCATGTTTACGGTTTTACCTACACCCGCACCACCGAACAGACCAACTTTACCGCCCTTAGCGAACGGACACATCAGGTCg > 1:61493/1‑140 (MQ=255) aCGCCCGCAAACACAGAGTATCCGGGGTGCTCGATCGCGATGTTGCGAATGAGCTCCATCATGTTTACGGTTTTACCTACACCCGCACCACCGAACAGACCAACTTTACCGCCCTTAGCGAACGGACACATCAGGTCGAt < 1:1982805/140‑1 (MQ=255) aCGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGGGTGCTCGATCGCGATGTTACGAATGAGCTCCATCATGTTTACGGTTTTACCTACACCCGCACCACCGAACAGACCAACTTTACCGCCCTTAGCGAACGGACACATCAGGTCGAt < 2:84158/140‑1 (MQ=255) cGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGGGTGCTCGATCGCGATGTTACGAATGAGCTCCATCATGTTTACGGTTTTACCTACACCCGCACCACCGAACAGACCAACTTTACCGCCCTTAGCGAACGGACACATCAGGTCGAt < 1:1862113/139‑1 (MQ=255) cGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGGGTGCTCGATCGCGATGTTACGAATGAGCTCCATCATGTTTACGGTTTTACCTACACCCGCACCACCGAACAGACCAACTTTACCGCCCTTAGCGAACGGACACATCAGGTCGATa > 1:2581332/1‑140 (MQ=255) aaaCACAGAGTAACCGGGGTGCTCGATCGCGATGTTACGAATGAGCTCCATCATGTTTACGGTTTTACCTACACCCGCACCACCGAACAGACCAACTTTACCGCCCTTAGCGAACGGACACATCAGGTCGATAACTTTGa > 2:2505189/1‑140 (MQ=255) cacaGAGTAACCGGGGTGCTCGATCGCGATGTTACGAATGAGCTCCATCATGTTTACGGTTTTACCTACACCCGCACCACCGAACAGACCAACTTTACCGCCCTTAGCGAACGGACACATCAGGTCGATAACTTTGATAc < 2:1336684/140‑1 (MQ=255) caGAGTAACCGGGGTGCTCGATCGCGATGTTACGAATGAGCTCCATCATGTTTACGGTTTTACCTACACCCGCACCACCGAACAGACCAACTTTACCGCCCTTAGCGAACGGACACATCAGGTCGATAACTTTGATACCg < 1:2122660/140‑1 (MQ=255) agagTAACCGGGGTGCTCGATCGCGATGTTACGAATGAGCTCCATCATGTTTACGGTTTTACCTACACCCGCACCACCGAACAGACCAACTTTACCGCCCTTAGCGAACGGACACATCAGGTCGATAACTTTGATAc < 1:1449440/137‑1 (MQ=255) agagTAACCGGGGTGCTCGATCGCGATGTTACGAATGAGCTCCATCATGTTTACGGTTTTACCTACACCCGCACCACCGAACAGACCAACTTTACCGCCCTTAGCGAACGGACACATCAGGTCGATAACTTTGATAc > 2:1449440/1‑137 (MQ=255) agTAACCGGGGTGCTCGATCGCGATGTTACGAATGAGCTCCATCATGTTTACGGTTTTACCTACACCCGCACCACCGAACAGACCAACTTTACCGCCCTTAGCGAACGGACACATCAGGTCGATAACTTTGATACCGGtt < 2:2364641/140‑1 (MQ=255) ccGGGGTGCTCGATCGCGATGTTACGAATGAGCTCCATCATGTTTACGGTTTTACCTACACCCGCACCACCGAACAGACCAACTTTACCGCCCTTAGCGAACGGACACATCAGGTCGATAACTTTGATACCGGTTTCcag > 1:899839/1‑140 (MQ=255) cGGGGTGCTCGATCGCGATGTTACGAATGAGCTCCATCATGTTTACGGTTTTACCTACACCCGCACCACCGAACAGACCAACTTTACCGCCCTTAGCGAACGGACACATCAGGTCGATAACTTTGATACCGGTTTCcatc > 2:2065923/1‑138 (MQ=255) cGGGGTGCTCGATCGCGATGTTACGAATGAGCTCCATCATGTTTACGGTTTTACCTACACCCGCACCACCGAACAGACCAACTTTACCGCCCTTAGCGAACGGACACATCAGGTCGATAACTTTGATACCGGTTTCcagc > 1:101665/1‑140 (MQ=255) | CCCGGCGGCTCGTTCATCTGGCCATACACCAGGGATACTTTGTCGATAACGTTGGAGTCGGTCATTTCGTGGTAGAAGTCGTTACCCTCACGAGTACGTTCACCTACGCCCGCAAACACAGAGTAACCGGAGTGCTCGATCGCGATGTTACGAATGAGCTCCATCATGTTTACGGTTTTACCTACACCCGCACCACCGAACAGACCAACTTTACCGCCCTTAGCGAACGGACACATCAGGTCGATAACTTTGATACCGGTTTCCAGC > NC_000913/3916732‑3916998 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |