| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,256,645 | C→A | D3Y (GAT→TAT) | cyuA ← | putative L‑cysteine desulfidase CyuA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,256,645 | 0 | C | A | 98.3% | 414.3 / ‑2.0 | 117 | D3Y (GAT→TAT) | cyuA | putative L‑cysteine desulfidase CyuA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base A (53/62); total (54/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
AACCGGACCTTCCAGTTCTGCCGCAGCAACCGCCGCCGCCAGCGCCAGTGAAATCGGTTCAGTACATCCCAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATCAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGCCAGGAACGGAGAAACACACAGCAACAAACCAGTGACGATAATCAGGTACAGAGACATCCCTTTGTATTTGTGCAATGCTGGTACTTTGTA > NC_000913/3256508‑3256780 | aaCCGGACCTTCCAGTTCTGCCGCAGCAACCGCCGCCGCCAGCACCAGTGAAATCGGTTCAGTACATCCCAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATaaa > 1:2330948/1‑140 (MQ=255) aCCGGGCCTTCCAGTTCTGCCGCAGCAACCGCCGCCGCCAGCGCCAGTGAAATCGGTTCAGTACATCCCAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATaaaa < 1:372353/140‑1 (MQ=255) aCCGGACCTTCCAGTTCTGCCGCAGCAACCGCCGCCGCCAGCGCCAGTGAAATCGGTTCAGTACATCCCAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATaaaa > 1:1839445/1‑140 (MQ=255) ttCCAGTTCTGCCGCAGCAACCGCCGCCGCCAGCGCCAGTGAAATCGGTTCAGTACATCCCAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTaa < 1:1690046/140‑1 (MQ=255) tCCAGTTCTGCCGCAGCAACCGCCGCCGCCAGCGCCAGTGAAATCGGTTCAGTACATCCCAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTaaa < 2:96169/140‑1 (MQ=255) tCCAGTTCTGCCGCAGCAACCGCCGCCGCCAGCGCCAGTGAAATCGGTTCAGTACATCCCAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTaaa > 1:1850355/1‑140 (MQ=255) tCTGCCGCAGCAACCGCCGCCGCCAGCGCCAGTGAAATCGGTTCAGTACATCCCAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCtt > 1:1292373/1‑140 (MQ=255) tGCCGCAGCAACCGCCGCCGCCAGCGCCAGTGAAATCGGTTCAGTACATCCCAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTaa < 2:1862527/140‑1 (MQ=255) tGCCGCAGCAACCGCCGCCGCCAGCGCCAGTGAAATCGGTTCAGTACATCCCAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTaa > 2:1182613/1‑140 (MQ=255) ccGCAGCAACCGCCGCCGCCAGCGCCAGTGAAATCGGTTCAGTACATCCCAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTaaaa > 2:772439/1‑140 (MQ=255) gcaACCGCCGCCGCCAGCGCCAGTGAAATCGGTTCAGTACATCCCAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCa < 1:2472988/140‑1 (MQ=255) aaCCGCCGCCGCCAGCGCCAGTGAAATCGGTTCAGTACATCCCAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAgg < 1:2221695/140‑1 (MQ=255) ccgccgccgCCAGCGCCAGTGAAATCGGTTCAGTACATCCCAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTa < 1:1596754/140‑1 (MQ=255) gccgccgccAGCGCCAGTGAAATCGGTTCAGTACATCCCAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTaaa > 2:241264/1‑140 (MQ=255) cgccagTGAAATCGGTTCAGTACATCCCAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATg > 2:1592067/1‑140 (MQ=255) ccagTGAAATCGGTTCAGTACATCCCAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGcc < 1:1592067/140‑1 (MQ=255) ccagTGAAATCGGTTCAGTACATCCCAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGcc < 2:1850355/140‑1 (MQ=255) ccagTGAAATCGGTTCAGTACATCCCAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGcc < 2:1793785/140‑1 (MQ=255) agTGAAATCGGTTCAGTACATCCCAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGCCAg > 1:353030/1‑140 (MQ=255) gTGAAATCGGTTCAGTACATCCCAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGCCAgg < 2:1994160/140‑1 (MQ=255) tGAAATCGGTTCAGTACATCCCAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGCCAGGa < 2:240335/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tACATCCCAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGCCAGGAACGGAGAAacacac < 1:1214113/140‑1 (MQ=255) tACATCCCAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGCCAGGAACGGAGAAacacac < 2:1584090/140‑1 (MQ=255) cccAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGCCAGGAACGGAGAAacacac < 1:1680927/135‑1 (MQ=255) cccAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGCCAGGAACGGAGAAacacac > 2:1680927/1‑135 (MQ=255) cccAGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGCCAGGAACGGAGAAACACACAGcaa < 1:2574706/140‑1 (MQ=255) aGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATCAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGCCAGGAACGGAGAAacacac < 2:132006/132‑1 (MQ=255) aGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATCAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGCCAGGAACGGAGAAacacac > 1:132006/1‑132 (MQ=255) aGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGCCAGGAACGGAGAAACACACAGcaacaa > 2:1628574/1‑140 (MQ=255) aGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGCCAGGAACGGAGAAACACACAGcaacaa > 2:2088412/1‑140 (MQ=255) aGCGCCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGCCAGGAACGGAGAAACACACAGcaacaa > 1:212709/1‑140 (MQ=255) cgcCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGCCAGGAACGGAGAAACACACAGcaa < 1:1300059/135‑1 (MQ=255) cgcCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGCCAGGAACGGAGAAACACACAGCAACAAAc > 2:874383/1‑140 (MQ=255) cgcCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGCCAGGAACGGAGAAACACACAGCAACAAAc > 1:1374900/1‑140 (MQ=255) cgcCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGCCAGGAACGGAGAAACACACAGCAACAAAc > 1:1533311/1‑140 (MQ=255) cgcCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGCCAGGAACGGAGAAACACACAGCAACAAAc > 2:1826875/1‑140 (MQ=255) cgcCGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGCCAGGAACGGAGAAACACACAGCAACAAAc > 1:900576/1‑140 (MQ=255) cGGTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGCCAGGAACGGAGAAACACACAGCAACAAAccgg < 2:1783770/140‑3 (MQ=255) gTTTTACTTCCTCCTGAACGGCGAGGATGTAACGCTGCCATAACGGATTTAAAGTCGAATAAAACATATTAAAAACCTTAAAATTTCAGGTAAATCAAGAAAATGCCAGGAACGGAGAAaca > 1:1067033/1‑122 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |