Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 3,804,591 | C→A | E176* (GAG→TAG) | waaS ← | lipopolysaccharide core biosynthesis protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,804,591 | 0 | C | A | 99.4% | 610.4 / ‑4.4 | 170 | coding (526/936 nt) | waaS | lipopolysaccharide core biosynthesis protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (94/75); minor base . (1/0); total (95/75) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.37e-01 |
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
TATTAGCATTTAATGTTCTTCTAATATTCTCTTCATAAGATATTTGTTTTTCAATCAAATACTTTGAAGTCGTAGATGATGTCTTATCTTTGACAACATTAAAATCTAGCTTACATCCTAGTGTTGTTAATCTCTCGGCTAACTCATTAATTATTTGAAGACGCCCTTTATCACGACCAAGGAAAAAACATATTGGCTGGCTGTTATTTTTGTCAGATAAACTATAATTTCTAATTTCATCCATTCCTATAGGAAAAAATTGTTCTATTGC > NC_000913/3804456‑3804726 | tatTAGCATTTAATGTTCTTCTAATATTCTCTTCATAAGATATTTGTTTTTCAATCAAATACTTTGAAGTCGTAGATGATGTCTTATCTTTGACAACATTAAAATCTAGCTTACATCCTAGTGTTGTTAATCTCTAGGCt > 1:2260670/1‑140 (MQ=255) tatTAGCATTTAATGTTCTTCTAATATTCTCTTCATAAGATATTTGTTTTTCAATCAAATACTTTGAAGTCGTAGATGATGTCTTATCTTTGACAACATTAAAATCTAGCTTACATCCTAGTGTTGTTAATCTCTAGGCt < 2:1938063/140‑1 (MQ=255) tatTAGCATTTAATGTTCTTCTAATATTCTCTTCATAAGATATTTGTTTTTCAATCAAATACTTTGAAGTCGTAGATGATGTCTTATCTTTGACAACATTAAAATCTAGCTTACATCCTAGTGTTGTTAATCTCTAGGCt > 1:1003872/1‑140 (MQ=255) ttAGCATTTAATGTTCTTCTAATATTCTCTTCATAAGATATTTGTTTTTCAATCAAATACTTTGAAGTCGTAGATGATGTCTTATCTTTGACAACATTAAAATCTAGCTTACATCCTAGTGTTGTTAATCTCTAGGCTaa < 1:1996108/140‑1 (MQ=255) gCATTTAATGTTCTTCTAATATTCTCTTCATAAGATATTTGTTTTTCAATCAAATACTTTGAAGTCGTAGATGATGTCTTATCTTTGACAACATTAAAATCTAGCTTACATCCTAGTGTTGTTAATCTCTAGGCTAACTc > 2:2307320/1‑140 (MQ=255) aTTTAATGTTCTTCTAATATTCTCTTCATAAGATATTTGTTTTTCAATCAAATACTTTGAAGTCGTAGATGATGTCTTATCTTTGACAACATTAAAATCTAGCTTACATCCTAGTGTTGTTAATCTCTAGGCTaa < 2:206150/135‑1 (MQ=255) aTTTAATGTTCTTCTAATATTCTCTTCATAAGATATTTGTTTTTCAATCAAATACTTTGAAGTCGTAGATGATGTCTTATCTTTGACAACATTAAAATCTAGCTTACATCCTAGTGTTGTTAATCTCTAGGCTAACTCat > 1:2700868/1‑140 (MQ=255) aaTGTTCTTCTAATATTCTCTTCATAAGATATTTGTTTTTCAATCAAATACTTTGAAGTCGTAGATGATGTCTTATCTTTGACAACATTAAAATCTAGCTTACATCCTAGTGTTGTTAATCTCTAGGCt < 1:1812039/129‑1 (MQ=255) aaTGTTCTTCTAATATTCTCTTCATAAGATATTTGTTTTTCAATCAAATACTTTGAAGTCGTAGATGATGTCTTATCTTTGACAACATTAAAATCTAGCTTACATCCTAGTGTTGTTAATCTCTAGGCTAACTCattaat > 1:1470207/1‑140 (MQ=255) aaTGTTCTTCTAATATTCTCTTCATAAGATATTTGTTTTTCAATCAAATACTTTGAAGTCGTAGATGATGTCTTATCTTTGACAACATTAAAATCTAGCTTACATCCTAGTGTTGTTAATCTCTAGGCTAACTCattaat > 2:683714/1‑140 (MQ=255) 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cGGCTAACTCATTAATTATTTGAAGACGCCCTTTATCACGACCAAGGAAAAAACATATTGGCTGGCTGTTATTTTTGTCAGATAAACTATAATTTCTAATTTCATCCATTCCTATAGGAAAAAATTGTTCTa > 2:2084341/1‑132 (MQ=255) | TATTAGCATTTAATGTTCTTCTAATATTCTCTTCATAAGATATTTGTTTTTCAATCAAATACTTTGAAGTCGTAGATGATGTCTTATCTTTGACAACATTAAAATCTAGCTTACATCCTAGTGTTGTTAATCTCTCGGCTAACTCATTAATTATTTGAAGACGCCCTTTATCACGACCAAGGAAAAAACATATTGGCTGGCTGTTATTTTTGTCAGATAAACTATAATTTCTAATTTCATCCATTCCTATAGGAAAAAATTGTTCTATTGC > NC_000913/3804456‑3804726 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |