Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 753,125 | 0 | T | A | 28.6% | 77.5 / 13.4 | 42 | intergenic (‑330/+60) | ybgD/gltA | putative fimbrial protein YbgD/citrate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/5); new base A (0/12); total (25/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.60e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAA‑GTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGT > NC_000913/752997‑753264 | gCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAcc > 2:464756/1‑140 (MQ=255) gACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCg > 2:68532/1‑140 (MQ=255) gACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCg > 1:938621/1‑140 (MQ=255) aCTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGc > 1:32345/1‑140 (MQ=255) aCTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGc > 1:87402/1‑140 (MQ=255) ttttttAATTGAAAGTATTGGGTTGTTGATAATTTGAGCTTTTCTTTTTTTTTAAAATATCTATATAGGTTTGTTAATGGATTTTATTTTTACATTTTTTTGTTTTTAGGAATATAAAAATCAACCCGCCATATGAAcgg < 2:930182/139‑1 (MQ=255) tttGGTTTGCTGATATTTTGAGCTTTTCTTTTTTTTTAAAATATTTATATAGGTCTATTAATGGATTTTATTTTTCGATTTTTTTGTGTTTAGGAATATAAAAACCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTa < 2:158694/139‑1 (MQ=255) tttGCTAATAATTTGATCTTTTCTTTTTTTTTAAAATATCTATATAGGTCTTTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTTTTTTTAGGCATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACt < 2:525642/139‑1 (MQ=255) gTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAACCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACt < 1:429626/140‑1 (MQ=255) cTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTTAAATATTTATAACTTAga > 2:717786/1‑139 (MQ=255) 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(MQ=255) ttattttTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTTAAATATTTATCACTTAGCCAACAACCAATAACGCTTGAAATTGCTTTTAAAGGTTCCGTTTTTC‑TATCCttttcac > 2:170658/1‑134 (MQ=255) tttACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAA‑GTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTg < 1:513990/140‑1 (MQ=255) ttttttGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAA‑GTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGa > 1:920994/1‑140 (MQ=255) tgttTTTAGGAATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAA‑GTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGc < 2:754665/140‑1 (MQ=255) tgtgTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAA‑GTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGc > 2:333878/1‑140 (MQ=255) tataAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAA‑GTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATAcc > 1:855936/1‑140 (MQ=255) taAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAA‑GTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGt > 1:443321/1‑140 (MQ=255) | GCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAA‑GTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGT > NC_000913/752997‑753264 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |