| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,797,067 | G→T | intergenic (‑39/‑144) | yqaE ← / → ygaV | Pmp3 family protein/putative DNA‑binding transcriptional regulator YgaV |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,797,067 | 0 | G | T | 99.1% | 390.1 / ‑4.9 | 110 | intergenic (‑39/‑144) | yqaE/ygaV | Pmp3 family protein/putative DNA‑binding transcriptional regulator YgaV |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (62/47); minor base A (0/1); total (62/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
AACAGAATATTAATAATGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAAGAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCTTACGCTTTTACTCTCATTTACGCTGCTGAGGCTGGTATATGTTGCATTTTTAGTTTAGAGTTTACTTAATTTAGAAAATAC > NC_000913/2796931‑2797200 | aaCAGAATATTAATAATGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAAtaga > 1:1139907/1‑140 (MQ=255) aaTATTAATAATGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTa < 2:632660/140‑1 (MQ=255) aaTATTAATAATGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTa > 2:1103349/1‑140 (MQ=255) tatTAATAATGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTAtc > 1:1236061/1‑140 (MQ=255) taataaTGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATctct > 1:42434/1‑140 (MQ=255) aataatGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCtt < 1:321989/140‑1 (MQ=255) atGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGc > 2:484976/1‑140 (MQ=255) atGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGc > 2:441004/1‑140 (MQ=255) tGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCACTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGCg > 2:1528690/1‑140 (MQ=255) gAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGAtttt > 2:943511/1‑127 (MQ=255) gAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGCgt > 2:1838393/1‑140 (MQ=255) aaCGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGCgta > 1:65944/1‑140 (MQ=255) aCGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGCgtag > 1:51832/1‑140 (MQ=255) aCGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGCgtag > 2:815026/1‑140 (MQ=255) cacccAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGCgtagt > 1:1370878/3‑140 (MQ=255) cGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGCgtagt > 2:339329/1‑140 (MQ=255) cGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGCgtagt < 1:361174/140‑1 (MQ=255) cGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGCgtagt > 1:332330/1‑140 (MQ=255) cGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGCgtagt < 1:1103349/140‑1 (MQ=255) cGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGCgtagt > 1:1344927/1‑140 (MQ=255) aaCCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCg > 1:395022/1‑140 (MQ=255) ccTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAg < 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> 1:1613061/1‑140 (MQ=255) gcagcaCGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGGGTAGTAATTTTAg > 1:108126/1‑125 (MQ=255) gcagcaCGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAg < 2:108126/125‑1 (MQ=255) gcagcaCGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGc < 2:383019/131‑1 (MQ=255) gcagcaCGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGtt > 2:494215/1‑140 (MQ=255) gcagcaCGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGtt > 1:1849996/1‑140 (MQ=255) gcagcaCGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGtt > 1:1434705/1‑140 (MQ=255) agcaCGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTc > 1:1676132/1‑140 (MQ=255) cGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCt < 1:510449/140‑1 (MQ=255) cGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCt > 1:179729/1‑140 (MQ=255) ggcggcAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCTTACGCttt < 2:1370878/140‑1 (MQ=255) cggcAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCTTACGCTTTTa < 1:1723612/140‑1 (MQ=255) atgGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAATAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCTTACGCTTTTACTCTCATTTa < 2:1503544/140‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |