| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 802,118 | 0 | A | C | 28.0% | 149.9 / 15.5 | 75 | T78P (ACC→CCC) | ybhI | putative tricarboxylate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/6); new base C (0/21); total (48/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.41e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAA‑CCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACAC > NC_000913/801984‑802254 | gggTGTTTTTTGGTTTTTCCCGGGCGGCCTTTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTCCCC‑GGAA‑CCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTGGGTAACTTATCCGACGGTGCTTTTAAAa‑ccacc < 2:1360522/140‑1 (MQ=255) ggTGTTTTTTGGTTTTTCCCGGGCGGCCTTTGGGGGGTTGGTTACCAACCTTTTCCC‑GGAC‑CCTGTCGTATTTTTATTTGCCGTTGCGGCCTAAATGGTGGTGGTCGGTAACTTACCCGACGGTGCTTTAAAAC‑CCAccg < 2:1229870/140‑1 (MQ=255) gTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑AGAA‑CCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCAccgc > 2:2247378/1‑140 (MQ=255) tgttttttGGTTTTTCCCTGGCGGCCTTTGGGGGGCTGTTTATCAAGCTTTCCCC‑GGAC‑CCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTAAATGGTGGTGGTGGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTAAAAC‑CCAccgcc < 2:311307/137‑1 (MQ=255) gCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAA‑CCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCAccgccg > 1:1652752/1‑140 (MQ=255) tttttGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAA‑CCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTa > 2:1073200/1‑140 (MQ=255) ttttGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAA‑CCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTAt > 1:875133/1‑140 (MQ=255) ttgttttttCCCTGGCGGCCTTTGGGGGGTTGGTTATCAAGCCTTCCCC‑GGAC‑CCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAGGGTGGTGGTGGGTAACTTACCCGAGGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTa < 2:215972/134‑1 (MQ=255) ttGTTATTTACCTGGCGGCCTTTGTGGGGCTGTTTATCAACCCTTTCCC‑GAAC‑CCTGTCGTCCTGTTATTTCCCGTTGCTCCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTACCCGACGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTa < 2:8740/140‑1 (MQ=255) ttttCCCGGGCGGCCTTTGGGGGGTTGTTTATCAAGCCTTTCCG‑GAAC‑CCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAATTTACCCGACGGTGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCgg < 2:1081895/139‑1 (MQ=255) tttACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAA‑CCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGt > 1:1323907/1‑140 (MQ=255) tACCGGGCGGCCTTTGTGGGGCTGTTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAC‑CCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCTTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTa < 2:25662/140‑1 (MQ=255) cccTGGGGGCCATTGGGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAC‑CCTGTCGTATTTTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAATTTACCCGAGGGTGCTTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTAc < 2:1378816/139‑1 (MQ=255) cccTGGCGGCCTTTGGGGGGCTGTTTATCAACCTTTCCCC‑GGAC‑CCTGTCGTCCTTTTATTTCCCGTTGCTCCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAATTTACCCGCCGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTAc < 2:2279740/139‑1 (MQ=255) tGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAA‑CCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTActct > 1:1327451/1‑140 (MQ=255) gggcggcCTTTGGGGGGCTGTTTATCAAGCTTTTCCC‑GGAC‑CCTGTCGTACTTTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTActct < 2:479328/139‑1 (MQ=255) ggcggcCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAA‑CCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCtt < 1:198910/140‑1 (MQ=255) gcggcCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAA‑CCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTc > 2:380659/1‑140 (MQ=255) gcggcCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAA‑CCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTc > 2:2252859/1‑140 (MQ=255) cATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAA‑CCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTa > 2:1910334/1‑140 (MQ=255) ttgggggggCTGTTTAGCAAGTCTTCCCG‑GGAA‑CCTGTCGTTTTGTTATTTGCCGTTGCTGCCAAAATGGGGGTGGTCGTTATTTTATCCGAGGGTGCTTTTAAAA‑CCGCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTac < 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aaccccTTCCCC‑GGAC‑CTTGTCGTATTTTTATTTGCCGTTGTTGCCCGAAGGGGGGTGGGCGATAATTTATCCGCGGGTGCGTTTAAAC‑CCTCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTtct < 2:731520/136‑1 (MQ=255) aaaccttttCCG‑GGAC‑CCTGTCTTATTTTTATTTCCCGTTGCTCCCAAAATGGTGGTGGTGGTTATCTTACCCGGCGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTtct < 2:1725879/134‑1 (MQ=255) aaGCCTTTCCC‑GGAC‑CTTGTCGTCCTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTAAATGGGGGTGGTCGTTAACTTACCCGACGGTGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTtctc < 2:211882/140‑1 (MQ=255) agcTTTCCCGGGAC‑CCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAGGGGGGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCg < 2:768447/138‑1 (MQ=255) tCCC‑GGAA‑CCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGttt > 1:354993/1‑140 (MQ=255) tCCC‑GGAA‑CCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGttt > 1:645162/1‑140 (MQ=255) gTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAgcgc > 1:1849832/1‑140 (MQ=255) tCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGcgcc > 1:1443606/1‑140 (MQ=255) agacagtttAATGGCCTTTGCTGCCTCAAGGGTGGTGGTCGGTAACTTACCCGACGGGGCTTTTAAAC‑CCTCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGcgccg < 2:2118677/133‑1 (MQ=255) tACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCa < 1:727585/140‑1 (MQ=255) gTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTtg > 1:2439261/1‑140 (MQ=255) ttAATTGCCTTGCCTGCCTAAATGGGGGTGGTCGATAACTTCCCCGCCGGTGTTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTtgt < 2:1217444/140‑1 (MQ=255) tAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTtgtg < 2:1443606/140‑1 (MQ=255) tAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTAAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTtgtg < 1:19318/140‑1 (MQ=255) aaTTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGa > 1:1217444/1‑140 (MQ=255) aaTTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGa > 1:984401/1‑140 (MQ=255) aaTTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGa > 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tGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTACCCGAGGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGacca < 2:645162/140‑1 (MQ=255) tGCCGTTGCTGCCTAAATGGTGGTGGTCGTTACTTTACCCGCCGGTGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGacca < 2:1868912/140‑1 (MQ=255) ggCCGTTGCTCCCTAAAGGGTGGGGGTGGGTAACTTACCCGACGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGacca < 2:556557/139‑1 (MQ=255) gCCTTTGCTGCCTAAATGGTGGTGGTCGGTAACTTACCCGACGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGaccac < 2:984401/140‑1 (MQ=255) gCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGaccac < 1:362321/140‑1 (MQ=255) gCCGTGGCGCCCTAAAGGGGGGGGGTGGGTAATTTACCCGAGGGTGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGaccac < 2:310193/140‑1 (MQ=255) cGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGacca < 1:1988749/137‑1 (MQ=255) cGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGacca > 2:1988749/1‑137 (MQ=255) gTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCgg > 1:2356530/1‑140 (MQ=255) ttGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCGGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGt > 1:2375776/1‑140 (MQ=255) ttGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGaccctgtct > 1:2118677/1‑134 (MQ=255) ttGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGt > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |