Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 753,125 | 0 | T | A | 23.2% | 125.3 / 15.0 | 56 | intergenic (‑330/+60) | ybgD/gltA | putative fimbrial protein YbgD/citrate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/11); new base A (0/13); total (32/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.32e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGG‑TTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGT > NC_000913/752986‑753264 | gggTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGG‑TTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCatat < 2:1198763/140‑1 (MQ=255) ttATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGG‑TTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATaaa > 1:1156730/1‑140 (MQ=255) ataAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGG‑TTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATaaaaa > 2:1141134/1‑140 (MQ=255) taAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGG‑TTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAAt > 1:1002761/1‑140 (MQ=255) gCGACTACCATGAATTTTTTAATTGAAATTATTGGG‑TTGCTGATATTTTGAGTTTTTCTATTTTTTTTAAATATCTATATAGGTTTGTTAATGGATTTTATTTTTACATTTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAccc < 2:9316/140‑1 (MQ=255) gCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGG‑TTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAcc > 1:564922/1‑140 (MQ=255) gCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGG‑TTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGCTTAGGCATATAAAAATCAAcc > 1:1514707/1‑140 (MQ=255) aCTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGG‑TTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGc > 2:1023606/1‑140 (MQ=255) aCCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGG‑TTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCat > 1:317936/1‑140 (MQ=255) ttttttAATTAAAAGTTTTGGG‑TTGCTGATAATTTGAGTTTTTCTATTTTTTTTAAATTTCTATAAAGGTCTTTTAGTGGATTTTATTTTTAAAATTTTTTTTTTTAAGAAAAATAAAAAACAACCCGCCATATGAAcgg < 2:1156730/139‑1 (MQ=255) ttttttAATTAAAAGTATTGGG‑TTGCTGATAATTTGAGCTGTTTTATTTTTTTTAAATATCTATATAGGTCTTTTAATGGATTTTATTTTTACATTTTTTTGTGCTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAAcgg < 2:1514707/139‑1 (MQ=255) taaaaGTTTGGGT‑TTGCTAATAATTTGAGTTTTTTTTTTTTTTTAAAATATTTATATAGGTTTTTTAATGGATTTTTTTTTTAAATTTTTTTGTTTTTAGGAATAAAAAAACCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTaaa < 2:314264/138‑1 (MQ=255) ttGGGTTTGCTGATAATTTGATTTTTTCTTTTCTTTTAAAATATTTATATAGGTTTTTTAAGGGTTTTTTTTTTTAAATTTTTTTTTTTTTAGCAATAAAAAAACCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTa < 2:1025115/140‑1 (MQ=255) g‑TTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACt > 2:1050709/1‑140 (MQ=255) cTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGc > 1:378812/1‑140 (MQ=255) atatTTTGAGCTTTTTTATTTTTTTTAAATATTTATATAGGTCTGTAAATGGTTTTTATTTTTAAATTTTTTTGTGTTTAGGCATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAAt < 2:562967/140‑1 (MQ=255) aaTTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCa > 1:908140/1‑140 (MQ=255) aTTTGGGCTTTTTTTTTTTTTTTAAATATTTATATAGGTCTTTTAATGGATTTTTTTTTTAAAATTTTTTGTTTTTAGGAATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCaa < 1:618034/140‑1 (MQ=255) ggttGTTCTATTTTTTTAAAATATCTATATGGTTTTGTTAGTGGTTTTTATTTTTACAATTTTTTGTTTTTAGGAATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCAtt < 1:839748/137‑1 (MQ=255) aGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAAAATTTACAACTTAGCAATCAAACAtt > 2:1224229/1‑140 (MQ=255) gTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGGTAAAATATTTACAAATTAACAAACAACCCATAACg > 2:1263955/1‑140 (MQ=255) tttttttAAATATCTATATAGGTTTGTTAATGGTTTTTTTTTTTACATTTTTTTGTTTTTAGGAATAAAAAAATCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGata < 2:1106399/138‑1 (MQ=255) tttAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGc > 2:1568891/1‑140 (MQ=255) tttAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAAACATTAACGCTTGATATCGc > 1:583707/1‑140 (MQ=255) tCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAg > 1:1630702/1‑140 (MQ=255) taGGTTTTTTAATGGTTTTTTTTTTTACATTTTTTTGTTTTTAGGAATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGt < 2:624048/140‑1 (MQ=255) gttCTGTTAATGTTTTTTTTTTTTAAAATTTTTTGTGTTTAGGAATAAAAAAATCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGttt < 2:317936/138‑1 (MQ=255) gTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGtttt > 2:1080622/1‑140 (MQ=255) gTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGtttt > 1:859031/1‑140 (MQ=255) cttttAATGTTTTTTTTTTTTACATTTTTTTGTTTTTAGCCATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTc < 2:1108715/137‑1 (MQ=255) tGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCa > 1:624048/1‑140 (MQ=255) tGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCa > 1:121177/1‑140 (MQ=255) tGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCa > 2:868047/1‑140 (MQ=255) tttAATGTTTTTTTTTTTATAAATTTTTTGTTTTTAGAAAAATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCat < 2:583707/139‑1 (MQ=255) tttAATGGTTTTTTTTTTTACATTTTTTTGTTTTTAGGAAAAAAAAAATCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCat < 2:859031/139‑1 (MQ=255) tttAATGGTTTTTTTTTTTAAATTTTTTTGTGTTTAGACATAAAAAAATCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCat < 2:1516923/139‑1 (MQ=255) ttAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCata > 2:294334/1‑140 (MQ=255) ttAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCata > 2:238768/1‑140 (MQ=255) ttAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCata > 2:1114647/1‑140 (MQ=255) ttAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCata > 1:1516923/1‑140 (MQ=255) ttAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCata > 2:1041149/1‑140 (MQ=255) ttAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCata > 1:600695/1‑140 (MQ=255) aaTGGTTTTTATTTTCATATTTTTTAGTGTTAAGACATAAAAAAACCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATc < 2:564922/140‑1 (MQ=255) aaTGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATc < 1:1050709/140‑1 (MQ=255) ggATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCat 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1:238768/138‑1 (MQ=255) tttttGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGAc < 1:1023606/140‑1 (MQ=255) tttttGTGTTTAGGCATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGAc < 1:1335649/140‑1 (MQ=255) tgttTTTAGGCATAAAAAAACCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGc < 1:549889/140‑1 (MQ=255) tgttTTTAGGAATAAAAAAATCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGc < 2:338891/140‑1 (MQ=255) tgtgTTTAGGAATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGc < 1:573311/140‑1 (MQ=255) 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aGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGc > 2:1507689/1‑133 (MQ=255) aGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTc > 1:1189174/1‑140 (MQ=255) gCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCAt > 2:1350805/1‑140 (MQ=255) cATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATa < 1:868047/140‑1 (MQ=255) atatAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATAc < 2:1189174/140‑1 (MQ=255) ataaAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATAc < 1:294334/140‑1 (MQ=255) tataAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATAcc > 1:384977/1‑140 (MQ=255) tataAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGGTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATAcc > 2:1610291/1‑140 (MQ=255) tataAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGCCAAAAAATTTCCAAATTCTCAATCAATCATTAACGCCTGATAACGCATTTAAAGACGCGGTTATCATATCCTCTATAAACCCAACGCGGGCCGGCAATCTTCATaac > 2:1351723/1‑138 (MQ=255) taAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGt > 2:817346/1‑140 (MQ=255) | GGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGG‑TTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGT > NC_000913/752986‑753264 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |