| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 376,162 | T→A | I235N (ATC→AAC) | mhpT → | 3‑hydroxyphenylpropionate/3‑ hydroxycinnamate:H(+) symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 376,162 | 0 | T | A | 98.2% | 390.4 / ‑1.9 | 112 | I235N (ATC→AAC) | mhpT | 3‑hydroxyphenylpropionate/3‑ hydroxycinnamate:H(+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (54/56); total (55/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.03e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GGCGGTTTTCGCTGGCGAAAAACAGTCTGCGCCACCACTGCGTGCCTTATTTGCGCCAGAAACGGCAACCGCGACGCTGCTGCTGTGGTTGTGTTATTTCTTCACTCTGCTGGTGGTCTACATGTTGATCAACTGGCTACCGCTACTTTTGGTGGAGCAAGGATTCCAGCCATCGCAGGCGGCAGGGGTGATGTTTGCCCTGCAAATGGGGGCGGCAAGCGGGACGTTAATGTTGGGCGCATTGATGGATAAGCTGCGTCCAGTA > NC_000913/376034‑376298 | ggcggTTTTCGCTGGCGAAAAACAGTCTGCGCCACCACTGCGTGCCTTATTTGCGCCAGAAACGGCAACCGCGACGCTGCTGCTGTGGTTGTGTTATTTCTTCACTCTGCTGGTGGTCTACATGTTGAACAACTGGCTAc > 2:1530544/1‑140 (MQ=255) gcggTTTTCGCTGGCGAAAAACAGTCTGCGCCACCACTGCGTGCCTTATTTGCGCCAGAAACGGCAACCGCGACGCTGCTGCTGTGGTTGTGTTATTTCTTCACTCTGCTGGTGGTCTACATGTTGAACAACTGGCTAcc < 2:403750/140‑1 (MQ=255) cggTTTTCGCTGGCGAAAAACAGTCTGCGCCACCACTGCGTGCCTTATTTGCGCCAGAAACGGCAACCGCGACGCTGCTGCTGTGGTTGTGTTATTTCTTCACTCTGCTGGTGGTCTACATGTTGAACAACTGGCTACCg > 1:1134879/1‑140 (MQ=255) cggTTTTCGCTGGCGAAAAACAGTCTGCGCCACCACTGCGTGCCTTATTTGCGCCAGAAACGGCAACCGCGACGCTGCTGCTGTGGTTGTGTTATTTCTTCACTCTGCTGGTGGTCTACATGTTGAACAACTGGCTACCg < 1:88517/140‑1 (MQ=255) 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tGAACAACTGGCTACCGCTACTTTTGGTGGAGCAAGGATTCCAGCCATCGCAGGCGGCAGGGGTGATGTTTGCCCTGCAAATGGGGGCGGCAAGCGGGACGTTAATGTTGGGCGCATTGATGGATAAg < 1:2231720/128‑1 (MQ=255) tGAACAACTGGCTACCGCTACTTTTGGTGGAGCAAGGATTCCAGCCATCGCAGGCGGCAGGGGTGATGTTTGCCCTGCAAATGGGGGCGGCAAGCGGGACGTTAATGTTGGGCGCATTGATGGATAAGCTGCGTCCAGTa > 1:1587836/1‑140 (MQ=255) | GGCGGTTTTCGCTGGCGAAAAACAGTCTGCGCCACCACTGCGTGCCTTATTTGCGCCAGAAACGGCAACCGCGACGCTGCTGCTGTGGTTGTGTTATTTCTTCACTCTGCTGGTGGTCTACATGTTGATCAACTGGCTACCGCTACTTTTGGTGGAGCAAGGATTCCAGCCATCGCAGGCGGCAGGGGTGATGTTTGCCCTGCAAATGGGGGCGGCAAGCGGGACGTTAATGTTGGGCGCATTGATGGATAAGCTGCGTCCAGTA > NC_000913/376034‑376298 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |