| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,926,366 | 0 | A | C | 22.9% | 110.7 / 13.0 | 48 | G30G (GGT→GGG) | mioC | flavoprotein MioC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/4); new base C (0/11); total (33/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.04e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TCTGTTCCTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGT > NC_000913/3926227‑3926503 | tCTGTTCCTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTaaaa > 2:423820/1‑140 (MQ=255) tCCTGCAATGCTTCATGGAAAGGAGAAGGGTTGTCCGGAATATCTCGGGCCCGGTGGGTGGGTCTGATACCCAGCAAGACCCCTGAGGCAGGAAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCGGCGTTTCGGTGGTAAAC‑CCCGc < 2:299125/140‑1 (MQ=255) gCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCctct > 1:800686/1‑140 (MQ=255) aggagaaaggTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCa > 2:361090/1‑140 (MQ=255) agaaaggTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAggg > 1:523169/1‑139 (MQ=255) agaaaggTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGgt > 1:39325/1‑140 (MQ=255) aaaggTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGgtgt > 2:728764/1‑140 (MQ=255) ggTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCt > 2:735505/1‑140 (MQ=255) ttGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGc > 1:305840/1‑140 (MQ=255) ttGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGc > 1:333443/1‑140 (MQ=255) gTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTa > 1:628787/1‑140 (MQ=255) tCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTAc > 1:743667/1‑140 (MQ=255) atatCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTc > 1:292097/1‑140 (MQ=255) aCCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGa > 1:727986/1‑140 (MQ=255) cGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAgg > 1:11990/1‑140 (MQ=255) gggggAGCTGAAAACCAGCCAGACCCCGGGGGCAGGTAAATCTTCAAACGGGGGCCGGTGCGGCTTTTGGGTGGAAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGtgc < 2:796423/137‑1 (MQ=255) aGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCg > 1:428646/1‑140 (MQ=255) aGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCg > 2:65452/1‑140 (MQ=255) gCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGc > 2:632551/1‑140 (MQ=255) aTAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGAt > 2:354918/1‑140 (MQ=255) aTAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGAt > 1:29512/1‑140 (MQ=255) acccagccagACCCTTGAGGAGGGAAAATCTTCAAACGGGGGCCGGGGCAGGTTTTGGGTGGAAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATaa < 2:628787/138‑1 (MQ=255) gccagATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTg > 2:582864/1‑140 (MQ=255) ccagATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGa > 2:277424/1‑140 (MQ=255) gATCCCTGGGGCGGGTAAATCTTCAAACAGGGGCCCGTGCAGCGTTTCGGTGGAAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGatat < 1:281209/140‑1 (MQ=255) gAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCAt > 2:337858/1‑140 (MQ=255) ggTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCg > 1:69111/1‑140 (MQ=255) ggTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCg > 1:682299/1‑140 (MQ=255) gTAAATCTTCTAACAGCGGCCCGTGCAGCTTTTGGGTGGTAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGc < 1:354694/140‑1 (MQ=255) gTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGc > 1:816/1‑140 (MQ=255) gTAAATCTTCAAACAGCGGACCGTGCAGCTTTTGGGTGGAAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGc < 1:361090/140‑1 (MQ=255) aatttttctAACAGCGGCCGGTGCAGCTTTTCGGTGGAAAAA‑CCCGCTTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCa < 1:521228/135‑1 (MQ=255) aattcttcaAACGGGGGCCCGGGCAGCTTTTGGGTGGAAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCa < 2:494728/137‑1 (MQ=255) aaaTCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCa < 1:582864/140‑1 (MQ=255) aTCTTCAAACAGGGGCCGGTGCAG‑GTTTCGGGGGGAAAACCCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCAcc < 2:69111/140‑1 (MQ=255) tcttctAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCt > 2:868111/1‑140 (MQ=255) tAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTttatt > 2:85875/1‑140 (MQ=255) tAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTttatt > 2:87411/1‑140 (MQ=255) gCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAagag > 1:291482/1‑140 (MQ=255) cGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGt > 1:413444/1‑140 (MQ=255) ggACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTg < 1:277424/140‑1 (MQ=255) aCCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGc > 1:562568/1‑140 (MQ=255) gCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTaa > 2:53553/1‑128 (MQ=255) gCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTaa < 1:53553/128‑1 (MQ=255) cAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTg > 1:445128/1‑140 (MQ=255) cAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTg > 1:106571/1‑140 (MQ=255) ttttGGGTGAAAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACg < 2:39325/139‑1 (MQ=255) gtggtAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGa < 1:85875/140‑1 (MQ=255) gtggaAAAC‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGa < 1:868111/140‑1 (MQ=255) gggaaaaac‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGa < 2:773426/135‑1 (MQ=255) ggaaaaac‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGaa < 2:816/136‑1 (MQ=255) ggtAAAACCCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGaa < 2:562568/140‑1 (MQ=255) ggaaaaa‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAAc < 1:337858/137‑1 (MQ=255) aaaa‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAAcgcg < 1:354918/140‑1 (MQ=255) aaa‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGt < 2:106571/140‑1 (MQ=255) | TCTGTTCCTGCAATGCTTCATAGAAAGGAGAAAGGTTGTCCGGAATATCTCCGGCACCGTGGGTGGAGCTGATAACCAGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAA‑CCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGT > NC_000913/3926227‑3926503 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |