| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 786,280 | (G)5→6 | coding (648/1053 nt) | aroG → | 3‑deoxy‑7‑phosphoheptulonate synthase, Phe‑sensitive |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 786,275 | 1 | . | G | 99.0% | 364.2 / ‑3.4 | 100 | coding (643/1053 nt) | aroG | 3‑deoxy‑7‑phosphoheptulonate synthase, Phe‑sensitive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base G (37/62); total (37/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
CGCAGGTGCACCGCGAACTGGCATCAGGGCTTTCTTGTCCGGTCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAAT‑G‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTGCGCGGCGGTAAAGAGCCTAACTACAGCGCGAAGCACGTTGCTGAAGTGAAAGAAGGGCTGAACAAAGCAGGCCTGCC > NC_000913/786138‑786408 | cGCAGGTGCACCGCGAACTGGCATCAGGGCTTTCTTGTCCGGTCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAAT‑g‑g < 1:1350992/140‑1 (MQ=255) cAGGTGCACCGCGAACTGGCATCAGGGCTTTCTTGTCCGGTCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAAT‑g‑ggg > 1:1615881/1‑140 (MQ=255) cAGGTGCACCGCGAACTGGCATCAGGGCTTTCTTGTCCGGTCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAAT‑g‑ggg > 1:1152753/1‑140 (MQ=255) gTGCACCGCGAACTGGCATCAGGGCTTTCTTGTCCGGTCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAAT‑g‑ggg‑ggc > 1:1711383/1‑138 (MQ=255) cACCGCGAACTGGCATCAGGGCTTTCTTGTCCGGTCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAAT‑g‑ggg‑ggcatt > 1:561471/1‑135 (MQ=255) cgcgAACTGGCATCAGGGCTTTCTTGTCCGGTCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCgg < 1:477962/140‑1 (MQ=255) cgAACTGGCATCAGGGCTTTCTTGTCCGGTCGGCTTCCAAAATGGCACCGACGGTCCGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCg < 2:1615881/140‑1 (MQ=255) cgAACTGGCATCAGGGCTTTCTTGTCCGGTCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCg < 1:1127522/140‑1 (MQ=255) cgAACTGGCATCAGGGCTTTCTTGTCCGGTCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCg > 1:544273/1‑140 (MQ=255) cgAACTGGCATCAGGGCTTTCTTGTCCGGTCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCg < 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gAACTGGCATCAGGGCTTTCTTGTCCGGTCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGa < 1:861778/140‑1 (MQ=255) gAACTGGCATCAGGGCTTTCTTGTCCGGTCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGa < 2:1511377/140‑1 (MQ=255) gAACTGGCATCAGGGCTTTCTTGTCCGGTCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGa < 1:1086378/140‑1 (MQ=255) gAACTGGCATCAGGGCTTTCTTGTCCGGTCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGa < 1:135387/140‑1 (MQ=255) gAACTGGCATCAGGGCTTTCTTGTCCGGTCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGa < 1:1438890/140‑1 (MQ=255) aaCTGGCATCAGGGCTTTCTTGTCCGGTCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGa < 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ttCTTGTCCGGTCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGTCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGt > 1:269587/1‑140 (MQ=255) ttGTCCGGTCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAAc > 2:546482/1‑140 (MQ=255) tCCGGTCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGc < 2:544273/140‑1 (MQ=255) ccGGTCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCg < 1:832461/140‑1 (MQ=255) ccGGTCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCg < 1:640952/140‑1 (MQ=255) gTCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGact > 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tCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTg < 1:546482/140‑1 (MQ=255) tCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTg < 2:922018/140‑1 (MQ=255) tCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTg < 2:952110/140‑1 (MQ=255) ttCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCata < 1:955599/140‑1 (MQ=255) gCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTg > 1:356122/1‑125 (MQ=255) gCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTgcg < 1:1786240/140‑1 (MQ=255) aCCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATCAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTGcgcg < 2:114701/140‑1 (MQ=255) cGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTGCgcggc < 1:613998/140‑1 (MQ=255) aCGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCGGCCGGAGCGCCGCACGGCTTCCTGTCCGGAACGAAGT‑GAGGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGTGGTAACGGCGATGGCCATATCATTCTGggcggctg > 2:1635203/1‑138 (MQ=255) aCGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTGCGcggcgg > 1:1830360/1‑140 (MQ=255) aCGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTGCGcggcgg > 2:1375486/1‑140 (MQ=255) ggTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTGCGCGGCGGTa < 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aCGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGAACTGCTTCCTGTGCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTGCGCGGCGGTAAag < 2:188648/140‑1 (MQ=255) cGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTGCGCGGCGGTa > 1:254078/1‑136 (MQ=255) cGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTGCGCGGCGGTa < 2:254078/136‑1 (MQ=255) aaGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTGCGCGGCGGTAAag < 1:344944/133‑1 (MQ=255) aaGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTGCGCGGCGGTAAag > 2:344944/1‑133 (MQ=255) aaGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTGCGCGGCGGTAAAGAGCCTaa < 2:120203/140‑1 (MQ=255) 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2:710309/140‑1 (MQ=255) gCTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTGCGCGGCGGTAAAGAGCCTAACTACAGCGCGAAGCACGTTGCTGAAGTGAAAGAAGGGCTGaa < 2:1535436/140‑1 (MQ=255) cTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTGCGCGGCGGTAAAGAGCCTAACTACAGCGCGAAGCACGTTGCTGAAGTGAAAGAAggg > 2:1381551/1‑134 (MQ=255) cTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTGCGCGGCGGTAAAGAGCCTAACTACAGCGCGAAGCACGTTGCTGAAGTGAAAGAAggg < 1:1381551/134‑1 (MQ=255) cTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTGCGCGGCGGTAAAGAGCCTAACTACAGCGCGAAGCACGTTGCTGAAGTGAAAGAAGGGCTGAAc > 1:691799/1‑140 (MQ=255) cTTCCTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTGCGCGGCGGTAAAGAGCCTAACTACAGCGCGAAGCACGTTGCTGAAGTGAAAGAAGGGCTGAAc > 2:36835/1‑140 (MQ=255) ccTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTGCGCGGCGGTAAAGAGCCTAACTACAGCGCGAAGCACGTTGCTGAAGTGAAAGAAggg < 2:1070661/131‑1 (MQ=255) ccTGTCCGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTGCGCGGCGGTAAAGAGCCTAACTACAGCGCGAAGCACGTTGCTGAAGTGAAAGAAggg > 1:1070661/1‑131 (MQ=255) ccGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTGCGCGGCGGTAAAGAGCCTAACTACAGCGCGAAGCACGTTGCTGAAGTGAAAGAAGGGCTGAACAAAGCAgg < 2:1109428/140‑1 (MQ=255) ccGTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTGCGCGGCGGTAAAGAGCCTAACTACAGCGCGAAGCACGTTGCTGAAGTGAAAGAAGGGCTGAACAAAGCAgg > 1:777892/1‑140 (MQ=255) gTAACGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTGCGCGGCGGTAAAGAGCCTAACTACAGCGCGAAGCACGTTGCTGAAGTGAAAGAAGGGCTGAACAAAGCAGGcc > 2:940977/1‑140 (MQ=255) cGAAATGG‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTGCGCGGCGGTAAAGAGCCTAACTACAGCGCGAAGCACGTTGCTGAAGTGAAAGAAGGGCTGAACAAAGCAGGCCTGcc < 1:1675786/140‑1 (MQ=255) | CGCAGGTGCACCGCGAACTGGCATCAGGGCTTTCTTGTCCGGTCGGCTTCAAAAATGGCACCGACGGTACGATTAAAGTGGCTATCGATGCCATTAATGCCGCCGGTGCGCCGCACTGCTTCCTGTCCGTAACGAAAT‑G‑GGG‑GCATTCGGCGATTGTGAATACCAGCGGTAACGGCGATTGCCATATCATTCTGCGCGGCGGTAAAGAGCCTAACTACAGCGCGAAGCACGTTGCTGAAGTGAAAGAAGGGCTGAACAAAGCAGGCCTGCC > NC_000913/786138‑786408 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |