Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,579,069 | +T | coding (274/1686 nt) | yddA ← | ABC transporter family protein YddA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,579,065 | 1 | . | T | 97.5% | 135.2 / ‑3.4 | 40 | coding (278/1686 nt) | yddA | ABC transporter family protein YddA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base T (20/19); total (20/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTATCTGCAAACCACCGATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATG‑TTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGCAGGGCAGGGAACCAAAGGACAAGCTGCCAAAGCTTATCGGTTTCTTTCTGGCTTAGCGCATTGAAAAAATCATTATTCCAGTCGTTTAACCAGAC > NC_000913/1578932‑1579195 | gTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTATCTGCAAACCACCGATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCAtg‑tttttg > 2:447318/1‑138 (MQ=255) aGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTATCTGCAAACCACCGATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCAtg‑tttttgttt > 1:25532/1‑135 (MQ=255) gggTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTATCTGCAAACCACCGATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTa < 2:519967/140‑1 (MQ=255) ggTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTATCTGCAAACCACCGATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTAc > 1:228268/1‑140 (MQ=255) gTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTATCTGCAAACCACCGATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACg < 1:137846/140‑1 (MQ=255) gTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTATCTGCAAACCACCGATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACg < 2:257528/140‑1 (MQ=255) tATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTATCTGCAAACCACCGATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGa < 1:7565/140‑1 (MQ=255) tCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTATCTGCAAACCACCGATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGata > 2:102421/1‑140 (MQ=255) tCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTATCTGCAAACCACCGATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGata > 1:161362/1‑140 (MQ=255) cTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTATCTGCAAACCACCGATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGatat < 1:447318/140‑1 (MQ=255) cTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTATCTGCAAACCACCGATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGatat < 2:161362/140‑1 (MQ=255) tATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTATCTGCAAACCACCGATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTaa < 2:328348/140‑1 (MQ=255) ttATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTATCTGCAAACCACCGATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACaa < 1:209921/140‑1 (MQ=255) ttATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTATCTGCAAACCACCGATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACaa < 2:417410/140‑1 (MQ=255) cTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTATCTGCAAACCACCGATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATc > 2:288157/1‑140 (MQ=255) cTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTATCTGCAAACCACCGATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAgcagggca < 2:36163/140‑1 (MQ=255) cTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTATCTGCAAACCACCGATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAgcagggca < 1:511338/140‑1 (MQ=255) cGTGAAGTAGTAGTTTTTATCTGCAAACCACCGATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCcag > 1:248237/1‑130 (MQ=255) cGTGAAGTAGTAGTTTTTATCTGCAAACCACCGATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCcag < 2:248237/130‑1 (MQ=255) cGTGAAGTAGTAGTTTTTATCTGCAAACCACCGATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGcagggcaggg > 1:35692/1‑140 (MQ=255) cGTGAAGTAGTAGTTTTTATCTGCAAACCACCGATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGcagggcaggg > 2:496108/1‑140 (MQ=255) tagtTTTTATCTGCAAACCACCGATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGCAGGGCAGGGAACCAAAGGa > 1:286902/1‑140 (MQ=255) gATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGCAGGGCAGGGAACCAAAGGACAAGCTGCCAAAGCTTATCGGt < 1:102421/140‑1 (MQ=255) ggTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGCAGGGCAGGGAACCAAAGGACAAGCTGCCAAAGCTTATCGGtttcttt > 1:286522/1‑140 (MQ=255) ggTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGCAGGGCAGGGAACCAAAGGACAAGCTGCCAAAGCTTATCGGtttcttt < 2:484987/140‑1 (MQ=255) tCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATG‑TTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGCAGGGCAGGGAACCAAAGGACAAGCTGCCAAAGCTTATCGGTTTCTTTCTGGCTTAg < 2:80542/140‑1 (MQ=255) tGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGCAGGGCAGGGAACCAAAGGACAAGCTGCCAAAGCTTATCGGTTTCTTTCTGGCTTAgc > 1:436841/1‑140 (MQ=255) tGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGCAGGGCAGGGAACCAAAGGACAAGCTGCCAAAGCTTATCGGTTTCTTTCTGGCTTAgc > 1:205735/1‑140 (MQ=255) tAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGCAGGGCAGGGAACCAAAGGACAAGCTGCCAAAGCTTATCGGTTTCTTTCTGGCTTAGCGCa < 2:436841/140‑1 (MQ=255) aCCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGCAGGGCAGGGAACCAAAGGACAAGCTGCCAAAGCTTATCGGTTTCTTTCTGGCTTAGCGCAtt > 1:135035/1‑140 (MQ=255) ttCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGCAGGGCAGGGAACCAAAGGACAAGCTGCCAAAGCTTATCGGTTTCTTTCTGGCTTAGCGCATTGaaa > 1:452290/1‑140 (MQ=255) ttCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGCAGGGCAGGGAACCAAAGGACAAGCTGCCAAAGCTTATCGGTTTCTTTCTGGCTTAGCGCATTGaaa > 2:240591/1‑140 (MQ=255) tCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGCAGGGCAGGGAACCAAAGGACAAGCTGCCAAAGCTTATCGGTTTCTTTCTGGCTTAGCGCATTGaaaa > 2:104120/1‑140 (MQ=255) tCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGCAGGGCAGGGAACCAAAGGACAAGCTGCCAAAGCTTATCGGTTTCTTTCTGGCTTAGCGCATTGaaaa > 2:369991/1‑140 (MQ=255) gcCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGCAGGGCAGGGAACCAAAGGACAAGCTGCCAAAGCTTATCGGTTTCTTTCTGGCTTAGCGCATTGAAAAAATc < 2:194468/140‑1 (MQ=255) tAGTCAGTAGTTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGCAGGGCAGGGAACCAAAGGACAAGCTGCCAAAGCTTATCGGTTTCTTTCTGGCTTAGCGCATTGAAAAAATCATTATTCCa < 1:288157/140‑1 (MQ=255) agtTTAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGCAGGGCAGGGAACCAAAGGACAAGCTGCCAAAGCTTATCGGTTTCTTTCTGGCTTAGCGCATTGAAAAAATCATTATTCCAGTCGTTTa > 1:34768/1‑140 (MQ=255) tttAATTAACCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGCAGGGCAGGGAACCAAAGGACAAGCTGCCAAAGCTTATCGGTTTCTTTCTGGCTTAGCGCATTGAAAAAATCATTATTCCAGTCGTTTAAc > 2:229272/1‑140 (MQ=255) taattaaCCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGCAGGGCAGGGAACCAAAGGACAAGCTGCCAAAGCTTATCGGTTTCTTTCTGGCTTAGCGCATTGAAAAAATCATTATTCCAGTCGTTTAACCa < 1:133026/140‑1 (MQ=255) taattaaCCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGCAGGGCAGGGAACCAAAGGACAAGCTGCCAAAGCTTATCGGTTTCTTTCTGGCTTAGCGCATTGAAAAAATCATTATTCCAGTCGTTTAACCa < 2:205735/140‑1 (MQ=255) taattaaCCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGCAGGGCAGGGAACCAAAGGACAAGCTGCCAAAGCTTATCGGTTTCTTTCTGGCTTAGCGCATTGAAAAAATCATTATTCCAGTCGTTTAACCa > 1:353369/1‑140 (MQ=255) ttaaCCATGTTTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGCAGGGCAGGGAACCAAAGGACAAGCTGCCAAAGCTTATCGGTTTCTTTCTGGCTTAGCGCATTGAAAAAATCATTATTCCAGTCGTTTAACCAGAc > 1:82684/1‑140 (MQ=255) | GTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTATCTGCAAACCACCGATTAAGGTAGTAATCTGTTAACCATTCGCGCCAGCGAATAGTCAGTAGTTTAATTAACCATG‑TTTTGTTTACGGATATTAATACAAAGATCCCCAGCAGGGCAGGGAACCAAAGGACAAGCTGCCAAAGCTTATCGGTTTCTTTCTGGCTTAGCGCATTGAAAAAATCATTATTCCAGTCGTTTAACCAGAC > NC_000913/1578932‑1579195 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |