| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,574,058 | G→T | intergenic (+127/‑77) | yjiT → / → yjiV | putative uncharacterized protein YjiT/putative uncharacterized protein YjiV |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,574,058 | 0 | G | T | 99.2% | 397.1 / ‑3.8 | 117 | intergenic (+127/‑77) | yjiT/yjiV | putative uncharacterized protein YjiT/putative uncharacterized protein YjiV |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (50/66); total (50/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
CACGTGCTGACAAAACAGCATTACAGCCAGCAGGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGGAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGATTGCAGATTAAAGCACGGTACACCGCTCGACAAAGGCTGGCCCTTTGGCTATGTGTATGTGAACCAGCGACAAAATTGTGACTGTGGAAGCCCTGTATACGAAGTTGCATTC > NC_000913/4573922‑4574194 | cacGTGCTGACAAAACAGCATTACAGCCAGCAGGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGTAat < 2:1184516/140‑1 (MQ=255) acGTGCTGACAAAACAGCATTACAGCCAGCAGGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGTAata < 2:892362/140‑1 (MQ=255) tGCTGACAAAACAGCATTACAGCCAGCAGGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGTAata > 2:283804/1‑137 (MQ=255) tGCTGACAAAACAGCATTACAGCCAGCAGGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGTAata < 1:283804/137‑1 (MQ=255) gCTGACAAAACAGCATTACAGCCAGCAGGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGTAATATggg > 2:277946/1‑140 (MQ=255) cTGACAAAACAGCATTACAGCCAGCAGGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGTAATATGGGc > 2:187472/1‑140 (MQ=255) tGACAAAACAGCATTACAGCCAGCAGGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGTAATATGGGCt < 2:955111/140‑1 (MQ=255) tGACAAAACAGCATTACAGCCAGCAGGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGTAATATGGGCt > 1:249087/1‑140 (MQ=255) gACAAAACAGCATTACAGCCAGCAGGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGTAATATGGGCtt > 2:1100083/1‑140 (MQ=255) aCAAAACAGCATTACAGCCAGCAGGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGTAATATGGGCTtg > 2:42526/1‑140 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aTTACAGCCAGCAGGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGTAATATGGGCTTGTGTTGATaaa > 2:619017/1‑140 (MQ=255) tACAGCCAGCAGGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGTAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGa > 1:55605/1‑140 (MQ=255) agccagcAGGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGTAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGATTg < 1:253368/140‑1 (MQ=255) agccagcAGGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGTAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGATTg < 1:452444/140‑1 (MQ=255) ccagcAGGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGTAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGATTGCa < 2:703583/140‑1 (MQ=255) ccagcAGGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGTAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGATTGCa > 2:603507/1‑140 (MQ=255) 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1:148224/140‑1 (MQ=255) tatCTTCCAGCGTAATACCTAGGTAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGATTGCAGATTAAAGCACGGTACACCACTCGACAAAGGCTGGCCCTTTGGCTATGTGTATGTGAACCAGCGACAAAATTGTGACTGTGGAAGcc < 1:841598/140‑1 (MQ=255) ccAGCGTAATACCTAGGTAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGATTGCAGATTAAAGCACGGTACACCGCTCGACAAAGGCTGGCCCTTTGGCTATGTGTATGTGAACCAGCGACAAAATTGTGACTGTGGAAGCCCCGtat > 1:13466/1‑140 (MQ=255) cAGCGTAATACCTAGGTAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGATTGCAGATTAAAGCACGGTACACCGCTCGACAAAGGCTGGCCCTTTGGCTATGTGTATGTGAACCAGCGACAAAATTGTGACTGTGGAAGCCCTGtata < 1:417037/140‑1 (MQ=255) cAGCGTAATACCTAGGTAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGATTGCAGATTAAAGCACGGTACACCGCTCGACAAAGGCTGGCCCTTTGGCTATGTGTATGTGAACCAGCGACAAAATTGTGACTGTGGAAGCCCTGtata < 2:1021030/140‑1 (MQ=255) cAGCGTAATACCTAGGTAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGATTGCAGATTAAAGCACGGTACACCGCTCGACAAAGGCTGGCCCTTTGGCTATGTGTATGTGAACCAGCGACAAAATTGTGACTGTGGAAGCCCTGtata < 1:626637/140‑1 (MQ=255) gCGTAATACCTAGGTAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGATTGCAGATTAAAGCACGGTACACCGCTCGACAAAGGCTGGCCCTTTGGCTATGTGTATGTGAACCAGCGACAAAATTGTGACTGTGGAAGCCCTGTATACg > 2:505626/1‑140 (MQ=255) aTACCTAGGTAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGATTGCAGATTAAAGCACGGTACACCGCTCGACAAAGGCTGGCCCTTTGGCTATGTGTATGTGAACCAGCGACAAAATTGTGACTGTGGAAGCCCTGTATACGAAGtt < 2:1079117/140‑1 (MQ=255) ccTAGGTAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGATTGCAGATTAAAGCACGGTACACCGCTCGACAAAGGCTGGCCCTTTGGCTATGTGTATGTGAACCAGCGACAAAATTGTGACTGTGGAAGCCCTGTATACGAAGTTGCa < 1:736808/140‑1 (MQ=255) ccTAGGTAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGATTGCAGATTAAAGCACGGTACACCGCTCGACAAAGGCTGGCCCTTTGGCTATGTGTATGTGAACCAGCGACAAAATTGTGACTGTGGAAGCCCTGTATACGAAGTTGCa < 1:42526/140‑1 (MQ=255) tAGGTAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGATTGCAGATTAAAGCACGGTACACCGCTCGACAAAGGCTGGCCCTTTGGCTATGTGTATGTGAACCAGCGACAAAATTGTGACTGTGGAAGCCCTGTATACGAAGTTGCAtt < 2:186337/140‑1 (MQ=255) aGGTAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGATTGCAGATTAAAGCACGGTACACCGCTCGACAAAGGCTGGCCCTTTGGCTATGTGTATGTGAACCAGCGACAAAATTGTGACTGTGGAAGCCCTGTATACGAAGTTGCATTc < 1:1186605/140‑1 (MQ=255) aGGTAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGATTGCAGATTAAAGCACGGTACACCGCTCGACAAAGGCTGGCCCTTTGGCTATGTGTATGTGAACCAGCGACAAAATTGTGACTGTGGAAGCCCTGTATACGAAGTTGCATTc > 1:702078/1‑140 (MQ=255) | CACGTGCTGACAAAACAGCATTACAGCCAGCAGGAAGTACTGCGTTGGATCGATGTCTGTTCAGGGACTCAACCTAATGCAAAGGATCCCGCATTTCTTAAAGTCAGGGCGCATATCTTCCAGCGTAATACCTAGGGAATATGGGCTTGTGTTGATAAAGATTGCAGATTAAAGCACGGTACACCGCTCGACAAAGGCTGGCCCTTTGGCTATGTGTATGTGAACCAGCGACAAAATTGTGACTGTGGAAGCCCTGTATACGAAGTTGCATTC > NC_000913/4573922‑4574194 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |