| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,560,757 | C→T | intergenic (‑77/‑173) | yjiH ← / → kptA | Gate family protein YjiH/RNA 2'‑phosphotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,560,757 | 0 | C | T | 97.6% | 137.0 / ‑4.1 | 42 | intergenic (‑77/‑173) | yjiH/kptA | Gate family protein YjiH/RNA 2'‑phosphotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (20/21); total (21/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
ATGCCCACTTTTTCTGTCGCCAGCTCCCCGGCTACAGCATCCCCTTGTTGTGTCATAACAATCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGCCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACGCTGTGTGGAAAAGGCTCTGCGCAGGATTGAGTTGCAGAAAATTCATAAACCAAGTGACAATGACAT > NC_000913/4560625‑4560891 | aTGCCCACTTTTTCTGTCGCCAGCTCCCCGGCTACAGCATCCCCTTGTTGTGTCATAACAATCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTgg > 1:298130/1‑140 (MQ=255) tGCCCACTTTTTCTGTCGCCAGCTCCCCGGCTACAGCATCCCCTTGTTGTGTCATAACAATCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTggg > 1:634264/1‑140 (MQ=255) ccACTTTTTCTGTCGCCAGCTCCCCGGCTACAGCATCCCCTTGTTGTGTCATAACAATCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTAt > 2:679294/1‑140 (MQ=255) cACTTTTTCTGTCGCCAGCTCCCCGGCTACAGCATCCCCTTGTTGTGTCATAACAATCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATg > 2:641605/1‑140 (MQ=255) aCTTTTTCTGTCGCCAGCTCCCCGGCTACAGCATCCCCTTGTTGTGTCATAACAATCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATgg > 1:605895/1‑140 (MQ=255) tCTGTCGCCAGCTCCCCGGCTACAGCATCCCCTTGTTGTGTCATAACAATCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGaaaa < 1:679294/140‑1 (MQ=255) ccAGCTCCCCGGCTACAGCATCCCCTTGTTGTGTCATAACAATCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGt < 1:363468/140‑1 (MQ=255) ccccGGCTACAGCATCCCCTTGTTGTGTCATAACAATCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGttt < 2:302619/140‑1 (MQ=255) cGGCTACAGCATCCCCTTGTTGTGTCATAACAATCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTg > 1:575040/1‑140 (MQ=255) cGGCTACAGCATCCCCTTGTTGTGTCATAACAATCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCGTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTg > 1:301670/1‑140 (MQ=255) ccccTTGTTGTGTCATAACAATCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGtttt > 1:64065/1‑140 (MQ=255) cccTTGTTGTGTCATAACAATCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGttttt > 1:94988/1‑140 (MQ=255) ttgttgTGTCATAACAATCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGc > 1:507554/1‑140 (MQ=255) tgttgtGTCATAACAATCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCa > 1:449661/1‑140 (MQ=255) tCATAACAATCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATCGCGGa > 1:225316/1‑140 (MQ=255) tCATAACAATCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGa > 1:287214/1‑140 (MQ=255) tAACAATCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGaaaa > 1:500426/1‑140 (MQ=255) aTCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTAc > 2:412597/1‑140 (MQ=255) tCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACg < 2:500426/140‑1 (MQ=255) tCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACg < 1:514147/140‑1 (MQ=255) tCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACg < 2:320201/140‑1 (MQ=255) tCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACg < 2:287214/140‑1 (MQ=255) tCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACg < 2:64065/140‑1 (MQ=255) tCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACg < 1:334491/140‑1 (MQ=255) tCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCGTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACg < 2:301670/140‑1 (MQ=255) tttttGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACGCTGTGTGGaaa > 2:256589/1‑140 (MQ=255) gtgtttgtgtGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACGCTGTGTGGAAAAGGct < 1:256589/140‑1 (MQ=255) tttgtgtGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACGCTGTGTGGAAAAGGCTCTg > 1:228456/1‑140 (MQ=255) tgtgtgTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACGCTGTGTGGAAAAGGCTCTgcg < 2:228456/140‑1 (MQ=255) tgtgtgTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACGCTGTGTGGAAAAGGCTCTgcg > 1:234972/1‑140 (MQ=255) gtTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACGCTGTGTGGAAAAGGCTCTGCGCAGGa < 2:298130/140‑1 (MQ=255) gCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACGCTGTGTGGAAAAGGCTCTGCGCAGGa < 1:712098/137‑1 (MQ=255) gCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACGCTGTGTGGAAAAGGCTCTGCGCAGGa > 2:712098/1‑137 (MQ=255) ttGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACGCTGTGTGGAAAAGGCTCTGCGCAGGATTGAg < 2:92371/140‑1 (MQ=255) gAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGCCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACGCTGTGTGGAAAAGGCTCTGCGCAGGATTGAGtt > 1:161224/1‑140 (MQ=255) gCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACGGTGTGTGG‑AAAGGCTCTGCGCAGGATTGAGTTGCa < 1:412597/140‑1 (MQ=255) ttCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACGCTGTGTGGAAAAGGCTCTGCGCAGGATTGAGTTGCAGAAAATTCa > 1:446752/1‑140 (MQ=255) cTGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACGCTGTGTGGAAAAGGCTCTGCGCAGGATTGAGTTGCAGAAAATTCATAAACCAAg < 2:449661/140‑1 (MQ=255) tGAAAAACCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACGCTGTGTGGAAAAGGCTCTGCGCAGGATTGAGTTGCAGAAAATTCATAAACCAAGt < 1:90113/140‑1 (MQ=255) aaatCCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACGCTGTGTGGAAAAGGCTCTGCGCAGGATTGAGTTGCAGAAAATTCATAAACCAAGTGAc < 2:507554/140‑1 (MQ=255) aaCCTTATCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACGCTGTGTGGAAAAGGCTCTGCGCAGGATTGAGTTGCAGAAAATTCATAAACCAAGTGACaa < 2:446752/140‑1 (MQ=255) aTCAGTCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACGCTGTGTGGAAAAGGCTCTGCGCAGGATTGAGTTGCAGAAAATTCATAAACCAAGTGACAATGACAt < 2:94988/140‑1 (MQ=255) | ATGCCCACTTTTTCTGTCGCCAGCTCCCCGGCTACAGCATCCCCTTGTTGTGTCATAACAATCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGCTTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGCCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGGAAAAATTACGCTGTGTGGAAAAGGCTCTGCGCAGGATTGAGTTGCAGAAAATTCATAAACCAAGTGACAATGACAT > NC_000913/4560625‑4560891 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |