| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 736,357 | T→C | intergenic (+138/‑88) | ybfC → / → ybfQ | uncharacterized protein YbfC/inactive transposase YbfQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 736,357 | 0 | T | C | 78.5% | 144.8 / 31.1 | 65 | intergenic (+138/‑88) | ybfC/ybfQ | uncharacterized protein YbfC/inactive transposase YbfQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/10); new base C (16/35); total (20/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.75e-01 | |||||||||||
ATCTCTTCCTGAGAAAACAAATTAATCATTGTGAAAAATTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTTCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAAATAAGGTGAACAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTACACCCGATTA > NC_000913/736221‑736491 | aTCTCTTCCTGAGAAAACAAATTAATCATTGTGAAAAATTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTTcaa < 2:582906/140‑1 (MQ=255)aTCTCTTCCTGAGAAAACAAATTAATCATTGTGAAAAATTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTAC‑TTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCcaac < 2:617522/140‑1 (MQ=255) tctcTTCCTGAGAAAACAAATTAATCACTGTGAAAAATTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTTcaac < 1:217474/140‑1 (MQ=255) ctTCCTGAGAAAACAAATTAATCATTGTGAAAAATTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTTCTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAAt < 1:156859/140‑1 (MQ=255) ctTCCTGAGAAAACAAATTAATCATTGTGAAAAATTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAAt < 2:599166/140‑1 (MQ=255) tCCTGAGAAAACAAATTAATCATTGTGAAAAATTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTg < 2:560200/140‑1 (MQ=255) ccTGAGAAAACAAATTAATCATTGTGAAAAATTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTga < 1:644414/140‑1 (MQ=255) agaAAACAAATTAATCATTGTGAAAAATTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGAta > 1:543033/1‑140 (MQ=255) agaAAACAAATTAATCATTGTGAAAAATTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGAta < 2:543033/140‑1 (MQ=255) aaaaCAAATTAATCATTGTGAAAAATTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGAtact < 1:89199/140‑1 (MQ=255) aaaaCAAATTAATCATTGTGAAAAATTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGAtact > 1:713886/1‑140 (MQ=255) aaCAAATTAATCATTGTGAAAAATTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGAtactac > 2:62887/1‑140 (MQ=255) aaTCATTGTGAAAAATTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTTCAACAATTGAGATACTACTTATTGTc > 2:345898/1‑140 (MQ=255) aaTCATTGTGAAAAATTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTc > 2:559543/1‑140 (MQ=255) ttGTGAAAAATTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTTCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAg < 2:386996/140‑1 (MQ=255) ttGTGAAAAATTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAg < 2:310367/140‑1 (MQ=255) ttGTGAAAAATTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAg < 1:159531/140‑1 (MQ=255) ttGTGAAAAATTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAg < 1:274688/140‑1 (MQ=255) gtgAAAAATTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCt > 2:717960/1‑140 (MQ=255) aTTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTTCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTc < 2:20414/140‑1 (MQ=255) aTTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTc < 2:714619/140‑1 (MQ=255) aTTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTc < 2:713886/140‑1 (MQ=255) aTTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTc < 1:328339/140‑1 (MQ=255) ttATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTTCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCa < 1:345898/140‑1 (MQ=255) ttATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCa < 2:432737/140‑1 (MQ=255) ttATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCa < 1:30204/140‑1 (MQ=255) ttATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCa < 2:234741/140‑1 (MQ=255) ttATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCa < 2:534294/140‑1 (MQ=255) tatataACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTTCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCAt < 2:441191/140‑1 (MQ=255) aTGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTTCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACa < 2:506797/140‑1 (MQ=255) aTGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTTCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACa < 1:455260/140‑1 (MQ=255) aTGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACa < 1:667327/140‑1 (MQ=255) ggAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTTCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATg > 1:698883/1‑140 (MQ=255) ggAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATg > 2:14049/1‑140 (MQ=255) ggAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATg < 1:322597/140‑1 (MQ=255) gAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGa < 1:62887/140‑1 (MQ=255) tAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCt > 1:190796/1‑128 (MQ=255) tAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCt < 2:190796/128‑1 (MQ=255) aGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCaa > 1:381601/1‑140 (MQ=255) ggTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTTCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCaaa > 1:244272/1‑140 (MQ=255) gtgtTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAAt < 2:512988/140‑1 (MQ=255) tttATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACa < 2:501203/128‑1 (MQ=255) tttATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACa > 1:501203/1‑128 (MQ=255) tttATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACt > 2:637429/1‑140 (MQ=255) tATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTcc > 2:725110/1‑140 (MQ=255) tttGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTTCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTa < 2:352917/140‑1 (MQ=255) tttGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTa < 1:405370/140‑1 (MQ=255) tttGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTa < 1:637429/140‑1 (MQ=255) tGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTTCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACa > 2:530136/1‑140 (MQ=255) tGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACa < 1:559543/140‑1 (MQ=255) gCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTcc < 2:336992/134‑1 (MQ=255) gCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTcc > 1:336992/1‑134 (MQ=255) tttGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTTCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAAATAAgg < 2:698883/140‑1 (MQ=255) aaaGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAAATAAGGTGAACAAAt > 1:671616/1‑140 (MQ=255) cGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAAATAAGGTGAACAAATGGAACTTa > 1:205122/1‑140 (MQ=255) gTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAAATAAGGTGAACAAATGGAACTTaa > 2:654695/1‑140 (MQ=255) aCTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAAATAAGGTGAACAAATGGAACTTAAAAAATTGa < 1:717960/140‑1 (MQ=255) ttttttGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAAATAAGGTGAACAAATGGAACTTAAAAAATTGATg < 1:203964/140‑1 (MQ=255) ttttttGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAAATAAGGTGAACAAATGGAACTTAAAAAATTGATg < 1:184592/140‑1 (MQ=255) ttttttGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAAATAAGGTGAACAAATGGAACTTAAAAAATTGATg < 1:79066/140‑1 (MQ=255) tttGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAAATAAGGTGAACAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGaa < 1:23620/140‑1 (MQ=255) cTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAAATAAGGTGAACAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATAtt < 2:671616/140‑1 (MQ=255) cTAAATAATTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAAATAAGGTGAACAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATAtt < 2:18060/140‑1 (MQ=255) atTCGAATTTTAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAAATAAGGTGAACAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTa < 1:452489/140‑1 (MQ=255) tAAGTCCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAAATAAGGTGAACAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTACACCCGATTa > 1:602007/1‑140 (MQ=255) | ATCTCTTCCTGAGAAAACAAATTAATCATTGTGAAAAATTATATAACTCATGGAATAGGTGTTTATTTTGCGTTCCATTTGCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGAATTTTAAGTTCAACAATTGAGATACTACTTATTGTCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAAATAAGGTGAACAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTACACCCGATTA > NC_000913/736221‑736491 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |