| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 311,480 | (T)8→7 | intergenic (‑144/‑632) | ecpR ← / → ykgL | DNA‑binding transcriptional dual regulator MatA/uncharacterized protein YkgL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 311,473 | 0 | T | . | 97.5% | 655.9 / 10.6 | 162 | intergenic (‑137/‑639) | ecpR/ykgL | DNA‑binding transcriptional dual regulator MatA/uncharacterized protein YkgL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/1); new base . (82/76); total (85/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
CTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAGGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACGTAGTACATATCAATAAAGGTTAAACGAGATTAAGTTTAATTATTTTCGATTGGGCTTAAATTTATGTTTTTTTTCCCGATGAGTGTCAATATGTGAACGGAAAAGGAATTCAATGGTTAAGTCAATATTTAGAAAAACTGAAAATATTGCTTTTTTGATAAGAAGAAAAAGACATTTGGTTTCATAAGGTTATTGGCA > NC_000913/311339‑311604 | ctTTCCAAACCTGTAATTTTTACAGGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAGATAAGATACGTAGTACATATCAATAAAGGTTAAACGAGATTAAGTTTAATTATTTTCGATTGGGCTTAAATTTATGtttttt > 1:1424113/1‑140 (MQ=255) tCCAAACCTGTAATTTTTACAGGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACGTAGTACATATCAATAAAGGTTAAACGAGATTAAGTTTAATTATTTTCGATTGGGCTTAAATTTATGtttttttcc > 2:1761336/1‑138 (MQ=255) tCCAAACCTGTAATTTTTACAGGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACGTAGTACATATCAATAAAGGTTAAACGAGATTAAGTTTAATTATTTTCGATTGGGCTTAAATTTATGtttttttcc > 1:350697/1‑138 (MQ=255) ccAAACCTGTAATTTTTACAGGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACGTAGTACATATCAATAAAGGTTAAACGAGATTAAGTTTAATTATTTTCGATTGGGCTTAAATTTATGTTTTTTTccc > 2:2006779/1‑140 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |