| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,231,752 | G→T | R189R (CGG→CGT) | umuC → | DNA polymerase V catalytic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,231,752 | 0 | G | T | 99.0% | 349.2 / NA | 99 | R189R (CGG→CGT) | umuC | DNA polymerase V catalytic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (52/46); minor base A (1/0); total (53/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
TGGCTAAGCTTGCCAATCATGCGGCAAAAAAATGGCAGCGGCAGACGGGTGGGGTGGTGGATTTATCAAATCTGGAACGCCAGCGTAAATTAATGTCTGCTCTCCCCGTGGATGACGTCTGGGGGATTGGACGGCGGATCAGCAAAAAACTGGACGCGATGGGGATCAAAACCGTTCTCGATTTGGCGGATACAGATATCCGGTTTATCCGTAAACATTTTAATGTCGTGCTCGAAAGAACGGTGCGTGAACTGCGCGGCGAACCCTGTT > NC_000913/1231619‑1231888 | tGGCTAAGCTTGCCAATCATGCGGCAAAAAAATGGCAGCGGCAGACGGGTGGGGTGGTGGATTTATCAAATCTGGAACGCCAGCGTAAATTAATGTCTGCTCTCCCCGTGGATGACGTCTGGGGGATTGGACGTCGGATc > 1:2126113/1‑140 (MQ=255) ccAATCATGCGGCAAAAAAATGGCAGCGGCAGACGGGTGGGGTGGTGGATTTATCAAATCTGGAACGCCAGCGTAAATTAATGTCTGCTCTCCCCGTGGATGACGTCTGGGGGATTGGACGTCGGATCAGCaa > 2:1669225/1‑133 (MQ=255) ccAATCATGCGGCAAAAAAATGGCAGCGGCAGACGGGTGGGGTGGTGGATTTATCAAATCTGGAACGCCAGCGTAAATTAATGTCTGCTCTCCCCGTGGATGACGTCTGGGGGATTGGACGTCGGATCAGCaa < 1:1669225/133‑1 (MQ=255) ccAATCATGCGGCAAAAAAATGGCAGCGGCAGACGGGTGGGGTGGTGGATTTATCAAATCTGGAACGCCAGCGTAAATTAATGTCTGCTCTCCCCGTGGATGACGTCTGGGGGATTGGACGTCGGATCAGCAAAAAACTg > 1:815973/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cccGTGGATGACGTCTGGGGGATTGGACGTCGGATCAGCAAAAAACTGGACGCGATGGGGATCAAAACCGTTCTCGATTTGGCGGATACAGATATCCGGTTTATCCGTAAACATTTTAATGTCGTGCTCGAAAGAACGGt > 1:1874465/1‑140 (MQ=255) ccGTGGATGACGTCTGGGGGATTGGACGTCGGATCAGCAAAAAACTGGACGCGATGGGGATCAAAACCGTTCTCGATTTGGCGGATACAGATATCCGGTTTATCCGTAAACATTTTAATGTCGTGCTCGAAAGAACGGTg > 2:111038/1‑140 (MQ=255) ggATGACGTCTGGGGGATTGGACGTCGGATCAGCAAAAAACTGGACGCGATGGGGATCAAAACCGTTCTCGATTTGGCGGATACAGATATCCGGTTTATCCGTAAACATTTTAATGTCGTGCTCGAAAGAACGGTGCGTg > 1:1884726/1‑140 (MQ=255) aCGTCTGGGGGATTGGACGTCGGATCAGCAAAAAACTGGACGCGATGGGGATCAAAACCGTTCTCGATTTGGCGGATACAGATATCCGGTTTATCCGTAAACATTTTAATGTCGTGCTCGAAAGAACGGTGCGTGAACTg > 1:180959/1‑140 (MQ=255) aCGTCTGGGGGATTGGACGTCGGATCAGCAAAAAACTGGACGCGATGGGGATCAAAACCGTTCTCGATTTGGCGGATACAGATATCCGGTTTATCCGTAAACATTTTAATGTCGTGCTCGAAAGAACGGTGCGTGAACTg > 1:2002350/1‑140 (MQ=255) aCGTCTGGGGGATTGGACGTCGGATCAGCAAAAAACTGGACGCGATGGGGATCAAAACCGTTCTCGATTTGGCGGATACAGATATCCGGTTTATCCGTAAACATTTTAATGTCGTGCTCGAAAGAACGGTGCGTGAACTg > 2:65804/1‑140 (MQ=255) gTCTGGGGGATTGGACGTCGGATCAGCAAAAAACTGGACGCGATGGGGATCAAAACCGTTCTCGATTTGGCGGATACAGATATCCGGTTTATCCGTAAACATTTTAATGTCGTGCTCGAAAGAACGGTGCGTGAACTgcg > 1:503205/1‑140 (MQ=255) ggggATTGGGCGTCGGATCAGCAAAAAACTGGACGCGATGGGGATCAAAACCGTTCTCGATTTGGCGGATACAGATATCCGGTTTATCCGTAAACATTTTAATGTCGTGCTCGAAAGAACGGTGCGTGAACTGCgcggcg > 1:1480208/1‑140 (MQ=255) ggggATTGGACGTCGGATCAGCAAAAAACTGGACGCGATGGGGATCAAAACCGTTCTCGATTTGGCGGATACAGATATCCGGTTTATCCGTAAACATTTTAATGTCGTGATCGAAAGAACGGTGCGTGAACTGCgcggcg < 1:2002694/140‑1 (MQ=255) gATTGGACGTCGGATCAGCAAAAAACTGGACGCGATGGGGATCAAAACCGTTCTCGATTTGGCGGATACAGATATCCGGTTTATCCGTAAACATTTTAATGTCGTGCTCGAAAGAACGGTGCGTGAACTGCGCGGCGAAc > 2:1423621/1‑140 (MQ=255) gATTGGACGTCGGATCAGCAAAAAACTGGAAGCGATGGGGATCAAAACCGTTCTCGATTTGGCGGATACAGATATCCGGTTTATCCGTAAACATTTTAATGTCGTGCTCGAAAGAACGGTGCGTGAACTGCGCGGCGAAc > 2:2057228/1‑140 (MQ=255) aTTGGACGTCGGATCAGCAAAAAACTGGACGCGATGGGGATCAAAACCGTTCTCGATTTGGCGGATACAGATATCCGGTTTATCCGTAAACATTTTAAGGTCGTGCTCGAAAGAACGGTGCGTGAACTGCGCGGCGAAcc < 1:215726/140‑1 (MQ=255) tGGACGTCGGATCAGCAAAAAACTGGCCGCGGTGGGGATCAAAACCGTTCTCGATTTGGCGGATACAGATATCCGGTTTATCCGTAAACATTTTAATGTCGTGCTCGAAAGAACGGTGCGTGAACTGCGCGGCGAAcc > 2:1571508/1‑138 (MQ=255) tGGACGTCGGATCAGCAAAAAACTGGACGCGATGGGGATCAAAACCGTTCTCGATTTGGCGGATACAGATATCCGGTTTATCCGTAAACATTTTAATGTCGTGCTCGAAAGAACGGTGCGTGAACTGCGCGGCGAAcc < 1:1571508/138‑1 (MQ=255) aCGTCGGATCAGCAAAAAACTGGAAGCGATGGGGATCAAAACCGTTCTCGATTTGGCGGATACAGATATCCGGTTTATCCGTAAACATTTTAATGTCGTGCTCGAAAGAACGGTGCGTGAACTGCGCGGCGAACCCTGtt < 1:2057228/140‑1 (MQ=255) | TGGCTAAGCTTGCCAATCATGCGGCAAAAAAATGGCAGCGGCAGACGGGTGGGGTGGTGGATTTATCAAATCTGGAACGCCAGCGTAAATTAATGTCTGCTCTCCCCGTGGATGACGTCTGGGGGATTGGACGGCGGATCAGCAAAAAACTGGACGCGATGGGGATCAAAACCGTTCTCGATTTGGCGGATACAGATATCCGGTTTATCCGTAAACATTTTAATGTCGTGCTCGAAAGAACGGTGCGTGAACTGCGCGGCGAACCCTGTT > NC_000913/1231619‑1231888 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |