| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 3,455,388 | IS1 (+) +9 bp | coding (3‑11/1470 nt) | gspA ← | Type II secretion system protein GspA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3455388 = | 0 (0.000) | 43 (0.640) | 30/276 | 1.0 | 100% | coding (11/1470 nt) | gspA | Type II secretion system protein GspA |
| ? | NC_000913 | = 3584195 | NA (NA) | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 3455396 | 0 (0.000) | 70 (1.040) | 50/276 | 0.2 | 100% | coding (3/1470 nt) | gspA | Type II secretion system protein GspA |
| ? | NC_000913 | 3583428 = | NA (NA) | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
ATAGTATTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3455523‑3455388‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATG < NC_000913/3584195‑3584058 ATAGCATTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTA > 1:603599/1‑140 ATTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGAC > 2:597995/1‑140 TTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACT < 1:736344/140‑1 AATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCC < 1:597995/140‑1 CATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTATTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGAT < 2:603599/140‑1 TTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCAT > 2:968570/1‑140 TTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCAT > 1:417802/1‑140 TTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > 1:782539/1‑140 TTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG < 2:162304/140‑1 TTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGC > 1:377324/1‑140 TTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGC > 1:736335/1‑140 TACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGA > 2:1065015/1‑140 CATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGA > 2:861222/1‑140 ATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAG > 1:192310/1‑140 ATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAG < 2:377324/140‑1 TTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGA < 2:736335/140‑1 ATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAAC > 2:465818/1‑140 TGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCG > 2:806900/1‑140 TGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCG > 2:1074680/1‑140 TAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTT > 1:539454/1‑140 ATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTC < 2:782539/140‑1 TAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCC < 1:861222/140‑1 TAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCC < 1:465818/140‑1 ATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCA > 2:352405/1‑140 TCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAG > 1:745429/1‑140 TCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAG > 1:337157/1‑140 TCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAG > 2:910274/1‑140 CAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGC < 2:417802/140‑1 AATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTG > 2:850086/1‑140 AATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTG > 2:1138081/1‑140 AATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTG > 2:517129/1‑140 AGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCT < 1:968570/140‑1 AGGAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCT < 1:850086/140‑1 GAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGC > 2:999612/1‑140 GAAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGC > 2:315662/1‑140 AAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGGCTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCC > 1:837613/1‑140 AAGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCC > 2:113227/1‑140 AGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCT < 1:999612/140‑1 AGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCT < 1:615317/140‑1 AGTTCTATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCT < 1:1074680/140‑1 ATGTCTACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATT < 2:53884/140‑1 TACGAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGT > 1:1099661/1‑140 AGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATG > 2:894402/1‑140 ATAGTATTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCTACGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3455523‑3455388‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATG < NC_000913/3584195‑3584058 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |