New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 4560257 = | 48 (0.720) | 3 (0.050) | 3/262 | 6.2 | 6.0% | coding (424/684 nt) | yjiH | Gate family protein YjiH |
? | NC_000913 | = 4560253 | 48 (0.750) | coding (428/684 nt) | yjiH | Gate family protein YjiH | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GCGACGCCGGAAGAGAAGTAGTTGGTGATGATGGCGCTACCGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCAACAACGGTTTTAGCACAGGTGTCATTAACTGCTGCGCGGCGCGTAATCCACCAAGACCATCGGTAATTGAAA > NC_000913/4560136‑4560391 | gcgACGCCGGAAGAGAAGTAGTTGGTGATGATGGCGCTACCGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTg < 2:402321/140‑1 (MQ=255) gtagtTGGTGATGATGGCGCTACCGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAgcg > 2:672190/1‑140 (MQ=255) gtagtTGGTGATGATGGCGCTACCGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAgcg < 1:48754/140‑1 (MQ=255) tagtTGGTGATGATGGCGCTACCGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAgcgc < 2:1049105/140‑1 (MQ=255) gtTGGTGATGATGGCGCTACCGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCa > 1:730770/1‑140 (MQ=255) gtTGGTGATGATGGCGCTACCGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCa < 1:716604/140‑1 (MQ=255) gtTGGTGATGATGGCGCTACCGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCa < 2:179526/140‑1 (MQ=255) tGGTGATGATGGCGCTACCGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGc > 1:63872/1‑140 (MQ=255) tgatgaTGGCGCTACCGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAg < 2:935453/140‑1 (MQ=255) tgatgaTGGCGCTACCGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAg < 2:420006/140‑1 (MQ=255) atgatgGCGCTACCGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCa < 1:672190/140‑1 (MQ=255) atgatgGCGCTACCGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCa < 1:812170/140‑1 (MQ=255) tgatgGCGCTACCGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCa > 2:285799/1‑139 (MQ=255) tgatgGCGCTACCGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCa < 1:285799/139‑1 (MQ=255) gatgGCGCTACCGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGa > 1:679402/1‑140 (MQ=255) tgGCGCTACCGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATc > 2:686630/1‑140 (MQ=255) tgGCGCTACCGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATAC‑‑‑CGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAg > 2:64791/1‑131 (MQ=255) tgGCGCTACCGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATAC‑‑‑CGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAg < 1:64791/131‑1 (MQ=255) cgcTACCGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCa > 2:142334/1‑133 (MQ=255) cgcTACCGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCa < 1:142334/133‑1 (MQ=255) aCCGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGaa < 2:101168/140‑1 (MQ=255) cGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCa < 1:609303/127‑1 (MQ=255) cGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCa > 2:609303/1‑127 (MQ=255) tGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGccc < 2:730770/140‑1 (MQ=255) tGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCcaacaa < 1:472677/140‑1 (MQ=255) gATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCaacaac < 1:561994/140‑1 (MQ=255) gATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCaacaac < 2:645406/140‑1 (MQ=255) gATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCaacaac < 2:63872/140‑1 (MQ=255) cggcgAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCAACAACGGtttt > 1:297667/1‑140 (MQ=255) gcgAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCAACAACGGTTTTAg < 2:359931/140‑1 (MQ=255) tttATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCAACAACGGTTTTAGCACAgg > 1:904959/1‑135 (MQ=255) tttATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCAACAACGGTTTTAGCACAgg < 2:904959/135‑1 (MQ=255) cgcgTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCAACAACGGTTTTAGCACAGGTGTCATTAAc > 2:328949/1‑140 (MQ=255) tCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCAACAACGGTTTTAGCACAg > 1:747272/1‑124 (MQ=255) tCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCAACAACGGTTTTAGCACAg < 2:747272/124‑1 (MQ=255) tCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCAACAACGGTTTTAGCACAGGTGTCATTAActgctg > 1:96618/1‑140 (MQ=255) tCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCAACAACGGTTTTAGCACAGGTGTCATTAActgctg > 2:1027909/1‑140 (MQ=255) ggTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCAACAACGGTTTTAGCACAGGTGTCATTAACTGCTgcg < 1:328949/140‑1 (MQ=255) ttCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCAACAACGGTTTTAGCACAGGTGTCATTAACTGCTgcgcggcgc > 1:865158/1‑140 (MQ=255) cACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCAACAACGGTTTTAGCACAGGTGTCATTAACTGCTGCGCGGCGCGt < 1:686630/140‑1 (MQ=255) ccTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCTTGGAATGCCCAACAACGGTTTTAGCACAGGTGTCATTAACTGCTGCGCGGCGCGTaa > 1:233610/1‑140 (MQ=255) ccTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCAACAACGGTTTTAGCACAGGTGTCATTAACTGCTGCGCGGCGCGTaa > 2:326755/1‑140 (MQ=255) ccTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCAACAACGGTTTTAGCACAGGTGTCATTAACTGCTGCGCGGCGCGTaa > 1:489506/1‑140 (MQ=255) cTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCAACAACGGTTTTAGCACAGGTGTCATTAACTGCTGCGCGGCGCGTAAt < 1:1027909/140‑1 (MQ=255) ttCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCAACAACGGTTTTAGCACAGGTGTCATTAACTGCTGCGCGGCGCGTAATc > 2:806164/1‑140 (MQ=255) tGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCGTGGAATGCCCAACAACGGTTTTAGCACAGGTGTCATTAACTGCTGCGCGGCGCGTAATccacc < 2:233610/140‑1 (MQ=255) ctTTGGTCATAC‑‑‑CGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCAATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCAACAACGGTTTTAGCACAGGTGTCATTAACTGCTGCGCGGCGCGTAATCCACCAAGACCATCGGTa > 1:229364/1‑140 (MQ=255) ttGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCAACAACGGTTTTAGCACAGGTGTCATTAACTGCTGCGCGGCGCGTAATCCACCAAGACCATCGGt < 2:96618/140‑1 (MQ=255) cATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCAACAACGGTTTTAGCACAGGTGTCATTAACTGCTGCGCGGCGCGTAATCCACCAAGACCATCg > 2:243626/1‑133 (MQ=255) cATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCAACAACGGTTTTAGCACAGGTGTCATTAACTGCTGCGCGGCGCGTAATCCACCAAGACCATCg < 1:243626/133‑1 (MQ=255) aCCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCAACAACGGTTTTAGCACAGGTGTCATTAACTGCTGCGCGGCGCGTAATCCACCAAGACCATCGGTAATTGaaa > 1:733892/1‑140 (MQ=255) | GCGACGCCGGAAGAGAAGTAGTTGGTGATGATGGCGCTACCGCTGGTTTGATATGCGGCGAAAATCACTTTATCGCGTTCGGTAATTTCACCTTCCTGCGCCAGCTCTTTGGTCATACCGGCGGCGGCATCGGTGTTTTGCAGGTTAGCGATCAGCGCCAGCGAGCAGATCCCTGGAATGCCCAACAACGGTTTTAGCACAGGTGTCATTAACTGCTGCGCGGCGCGTAATCCACCAAGACCATCGGTAATTGAAA > NC_000913/4560136‑4560391 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |