| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,315,936 | 0 | T | A | 20.4% | 107.7 / 10.4 | 44 | K34* (AAA→TAA) | yciG | protein YciG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/6); new base A (0/9); total (29/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.06e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCCCGCAGATGCAATTATCTTTATCAGCTGATATTAATAATTAACGGTGAATCAGGATTTGCCTGATTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTCCCGTTGCGTTGCATTGTTTCATTAATATGA > NC_000913/1315805‑1316075 | gCCCGCAGATGCAATTATCTTTATCAGCTGATATTAATAATTAACGGTGAATCAGGATTTGCCTGATTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTAc > 1:808960/1‑140 (MQ=255) cccGCAGATGCAATTATCTTTATCAGCTGATATTAATAATTAACGGTGAATCAGGATTTGCCTGATTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTAcc > 1:72045/1‑140 (MQ=255) cTGATATTAATAATTAACGGTGAATCAGGATTTGCCTGATTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGc > 1:200987/1‑140 (MQ=255) cTGATATTAATAATTAACGGTGAATCAGGATTTGCCTGATTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGc > 2:792839/1‑140 (MQ=255) cTGATATTAATAATTAACGGTGAATCAGGATTTGCCTGATTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGc > 1:777902/1‑140 (MQ=255) tGATATTAATAATTAACGGTGAATCAGGATTTGCCTGATTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGcc > 2:337144/1‑140 (MQ=255) aatTAACGGTGAATCAGGATTTGCCTGATTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGAt > 1:755798/1‑140 (MQ=255) ttAACGGTGAATCAGGATTTGCCTGATTTATTACCACCGCTATGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGc > 1:18357/1‑140 (MQ=255) aagggTAAATCAGGTTTTCCTTTTTTTTTTCCCGCCGTTTTGTTGCCCCCTTTTTTTCCCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCTTTTTAAAAT‑TTCCCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCt < 2:16941/137‑1 (MQ=255) aaTCAGGATTTGCCTGATTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACg > 1:714411/1‑140 (MQ=255) gATTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAAtt > 1:416022/1‑140 (MQ=255) gATTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAAtt > 1:266635/1‑140 (MQ=255) aTTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAAttt > 1:69607/1‑140 (MQ=255) aTTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAAttt > 2:900449/1‑140 (MQ=255) aTTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAAttt > 1:402042/1‑140 (MQ=255) aTTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAAttt > 2:854491/1‑140 (MQ=255) aTTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAAttt > 2:715252/1‑140 (MQ=255) aTTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAAttt > 2:390316/1‑140 (MQ=255) ccGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAaccacc > 1:677297/1‑140 (MQ=255) cGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAAccacca > 2:911685/1‑140 (MQ=255) cTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACg > 2:104286/1‑140 (MQ=255) cccGCTTTTTTTCCCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCgg < 1:98883/139‑1 (MQ=255) cccGCCTTTTTTCCCCGTTTAAGATGCGCGTTGCGGATCTTTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCgg < 1:126932/139‑1 (MQ=255) cGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGcc > 2:840178/1‑140 (MQ=255) gCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCa > 1:841427/1‑140 (MQ=255) tttttACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGtt > 1:224013/1‑140 (MQ=255) tttCCCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCTTTTTAAAAA‑TTCCCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTAt < 2:714411/140‑1 (MQ=255) cGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTcc > 2:150247/1‑140 (MQ=255) cGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTcc > 2:166641/1‑140 (MQ=255) cGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTcc < 1:900449/140‑1 (MQ=255) cTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTCCcg > 1:840292/1‑140 (MQ=255) cTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTAAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTCCcg > 1:501155/1‑140 (MQ=255) aTGCGCGTGGCGGATTTTTTTAAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTCCcgttgcgt < 2:200987/140‑1 (MQ=255) gctttGCGGATCTTTTTAAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTCCCGTTGCGTTGCa < 1:867103/137‑1 (MQ=255) gcgTTGCGGATCTTTTTAAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTCCCGTTGCGTTGCa < 1:901810/140‑1 (MQ=255) cgtttGGGGATCATTTTTAAAT‑TTCCCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTCCCGTTGCGTTGCa < 2:769350/137‑1 (MQ=255) cgTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTCCCGTTGCGTTGCAt > 2:674810/1‑140 (MQ=255) cgTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTCCCGTTGCGTTGCAt > 2:319283/1‑140 (MQ=255) ttGCGGTTTTTTTTAAAAT‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTCCCGTTGCGTTGCATTg < 2:436844/140‑1 (MQ=255) gCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTAAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTCCCGTTGCGTTGCATTGtt < 2:501155/140‑1 (MQ=255) gCGGATCATTTTAAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTCCCGTTGCGTTGCATTGtt < 1:911685/140‑1 (MQ=255) ggggttctttttAAAATTTCCCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTCCTGTTGCGTTGCATTGtt < 2:576210/133‑1 (MQ=255) gATCTTTTTAAAAA‑TTCCCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTCCCGTTGCGTTGCATTGTTTCa < 2:402042/140‑1 (MQ=255) aTCTTTTTAAAAT‑TTCCCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTCCCGTTGCGTTGCATTGTTTCAt < 2:777902/140‑1 (MQ=255) aTCTTTTTAAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTCCCGTTGCGTTGCATTGTTTCAt < 2:78338/140‑1 (MQ=255) aTCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTCCCGTTGCGTTGCATTGTTTCAt < 1:150247/140‑1 (MQ=255) tttttttaAAAA‑TTCCCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTCCCGTTGCGTTGCATTGTTTCAtt < 2:755798/137‑1 (MQ=255) tctttttaAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTCCCGTTGCGTTGCATTGTTTCAtt < 2:72045/137‑1 (MQ=255) ttttAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTCCCGTTGCGTTGCATTGTTTCATTAata < 2:224013/140‑1 (MQ=255) tAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTCCCGTTGCGTTGCATTGTTTCATTAATATGa < 1:840178/140‑1 (MQ=255) | GCCCGCAGATGCAATTATCTTTATCAGCTGATATTAATAATTAACGGTGAATCAGGATTTGCCTGATTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAA‑TTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTTCGGCGAAATTTCCTGAACCACCACGATGTTCGGCCATGTTATTTCTCCCGTTGCGTTGCATTGTTTCATTAATATGA > NC_000913/1315805‑1316075 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |