| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,120,251 | C→A | V343V (GTG→GTT) | glcA ← | glycolate/lactate:H(+) symporter GlcA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,120,251 | 0 | C | A | 98.4% | 201.3 / ‑3.5 | 61 | V343V (GTG→GTT) | glcA | glycolate/lactate:H(+) symporter GlcA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (28/32); total (29/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
ATCGCCGCAATAAAAATAGCGGTGCCGCCAGCCGAGAGGGGGTCGAATTTAAACACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATCACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTAAGATTAAAAACGGTGACCACGCTCGAATGATTTGCCCCAGACTATATTCTGAAGGCA > NC_000913/3120114‑3120387 | aTCGCCGCAATAAAAATAGCGGTGCCGCCAGCCGAGAGGGGGTCGAATTTAAACACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAAc > 2:201672/1‑140 (MQ=255) tCGCCGCAATAAAAATAGCGGTGCCGCCAGCCGAGAGGGGGTCGAATTTAAACACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAAcc > 2:98666/1‑140 (MQ=255) cgccgcAATAAAAATAGCGGTGCCGCCAGCCGAGAGGGGGTCGAATTTAAACACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCa > 1:261858/1‑140 (MQ=255) cgcAATAAAAATAGCGGTGCCGCCAGCCGAGAGGGGGTCGAATTTAAACACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTg > 1:210748/1‑140 (MQ=255) cAATAAAAATAGCGGTGCCGCCAGCCGAGAGGGGGTCGAATTTAAACACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAAcc < 1:386903/134‑1 (MQ=255) cAATAAAAATAGCGGTGCCGCCAGCCGAGAGGGGGTCGAATTTAAACACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAAcc > 2:386903/1‑134 (MQ=255) aaaaTAGCGGTGCCGCCAGCCGAGAGGGGGTCGAATTTAAACACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATaaaa > 2:837593/1‑140 (MQ=255) aTAGCGGTGCCGCCAGCCGAGAGGGGGTCGAATTTAAACACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAAcgc > 1:533620/1‑140 (MQ=255) aGCGGTGCCGCCAGCCGAGAGGGGGTCGAATTTAAACACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAAc > 1:345298/1‑123 (MQ=255) aGCGGTGCCGCCAGCCGAGAGGGGGTCGAATTTAAACACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAAc < 2:345298/123‑1 (MQ=255) ggTGCCGCCAGCCGAGAGGGGGTCGAATTTAAACACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGcgccgc > 2:580086/1‑140 (MQ=255) ggTGCCGCCAGCCGAGAGGGGGTCGAATTTAAACACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACAcgccgc > 2:545037/1‑140 (MQ=255) gTGCCGCCAGCCGAGAGGGGGTCGAATTTAAACACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCgccgcc < 1:580086/140‑1 (MQ=255) gccgccAGCCGAGAGGGGGTCGAATTTAAACACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCg < 2:249322/140‑1 (MQ=255) ccgccAGCCGAGAGGGGGTCGAATTTAAACACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCgg > 1:165227/1‑140 (MQ=255) ccgccAGCCGAGAGGGGGTCGAATTTAAACACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCgg > 2:876523/1‑140 (MQ=255) cgccAGCCGAGAGGGGGTCGAATTTAAACACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGa < 1:371861/140‑1 (MQ=255) ggTCGAATTTAAACACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTa < 1:845630/140‑1 (MQ=255) tCGAATTTAAACACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTaaa < 1:839914/140‑1 (MQ=255) tttAAACACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCt < 1:284531/140‑1 (MQ=255) tttAAACACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCt < 1:624333/140‑1 (MQ=255) tAAACACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTc > 2:739437/1‑140 (MQ=255) aaaCACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCa < 2:512306/140‑1 (MQ=255) aaaCACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCa < 2:509355/140‑1 (MQ=255) aaCACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCAt > 1:3518/1‑140 (MQ=255) aaCACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCAt < 2:201898/140‑1 (MQ=255) ccGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTc > 2:25035/1‑140 (MQ=255) cGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTcc < 2:564378/140‑1 (MQ=255) cATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAg > 2:653505/1‑140 (MQ=255) cATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAg > 1:627889/1‑140 (MQ=255) ccATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATg < 1:806931/140‑1 (MQ=255) ggCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGAc > 1:252821/1‑140 (MQ=255) ggCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGAc > 1:678529/1‑140 (MQ=255) ggCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGAc < 1:614262/140‑1 (MQ=255) ggCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGAc < 2:210748/140‑1 (MQ=255) ggCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGAc < 1:739437/140‑1 (MQ=255) ggttggGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCAc > 2:523937/1‑140 (MQ=255) ggttggGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGCGACCAGCAc > 2:216794/1‑140 (MQ=255) gggCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGtt < 1:537161/140‑1 (MQ=255) ggCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTa > 1:738995/1‑140 (MQ=255) cGACAATGGGTGCCGCTTGCAACGCTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTAAg < 1:98666/140‑1 (MQ=255) gTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTAAGATTAAAAAc > 2:212767/1‑140 (MQ=255) cGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATCACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTAAGATTAAAAACGGTg > 1:291932/1‑140 (MQ=255) gCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTAAGATTAAAAACGGTGACCACGCTCGAATGATTTGc > 2:31495/1‑140 (MQ=255) cAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTAAGATTAAAAACGGTGACCACGCTCGAATGATTTGcc < 2:165227/140‑1 (MQ=255) cAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTAAGATTAAAAACGGTGACCACGCTCGAATGATTTGcc < 2:252821/140‑1 (MQ=255) cAAATGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTAAGATTAAAAACGGTGACCACGCTCGAATGATTTGcc < 1:876523/140‑1 (MQ=255) aaaTGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTAAGATTAAAAACGGTGACCACGCTCGAATGATTTGccc > 2:839109/1‑140 (MQ=255) aaTGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTAAGATTAAAAACGGTGACCACGCTCGAATGATTTGcccc < 2:751209/140‑1 (MQ=255) aaTGAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTAAGATTAAAAACGGTGACCACGCTCGAATGATTTGcccc < 2:738995/140‑1 (MQ=255) gAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTAAGATTAAAAACGGTGACCACGCTCGAATGATTTGCCCCAGa < 2:678529/140‑1 (MQ=255) gAGGGATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTAAGATTAAAAACGGTGACCACGCTCGAATGATTTGCCCCAGa < 2:627889/140‑1 (MQ=255) ggATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTAAGATTAAAAACGGTGACCACGCTCGAATGATTTGCCCCAGa > 1:601830/1‑137 (MQ=255) ggATCTGGAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTAAGATTAAAAACGGTGACCACGCTCGAATGATTTGCCCCAGa < 2:601830/137‑1 (MQ=255) ggAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTAAGATTAAAAACGGTGACCACGCTCGAATGATTTGCCCCAGACTATATTCt < 1:216794/140‑1 (MQ=255) gAAATTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTAAGATTAAAAACGGTGACCACGCTCGAATGATTTGCCCCAGACTATATTCTg > 2:506683/1‑140 (MQ=255) aaaTTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTAAGATTAAAAACGGTGACCACGCTCGAATGATTTGCCCCAGACTATATTCTGa < 1:837593/140‑1 (MQ=255) aaaTTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTAAGATTAAAAACGGTGACCACGCTCGAATGATTTGCCCCAGACTATATTCTGa < 1:721359/140‑1 (MQ=255) aTTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTAAGATTAAAAACGGTGACCACGCTCGAATGATTTGCCCCAGa < 1:892835/127‑1 (MQ=255) aTTAATAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTAAGATTAAAAACGGTGACCACGCTCGAATGATTTGCCCCAGa > 2:892835/1‑127 (MQ=255) taataaCCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTAAGATTAAAAACGGTGACCACGCTCGAATGATTTGCCCCAGACTATATTCTGAAGGc > 1:295150/1‑140 (MQ=255) aaTAACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTAAGATTAAAAACGGTGACCACGCTCGAATGATTTGCCCCAGACTATATTCTGAAGGCa < 1:31495/140‑1 (MQ=255) | ATCGCCGCAATAAAAATAGCGGTGCCGCCAGCCGAGAGGGGGTCGAATTTAAACACCGCATCCATTGGCGTTGGTTGGGCGACAATGGGTGCCGCTTTCAACACTTGTTGATGCAAATGAGGGATCTGGAAATTAATCACCAGTGAATAAAACGCGCCGCCCGGAGCAAATAACGCTTTAAACGGCTTCATGGTCCAGATGGTGACCAGCACCGTTAAGATTAAAAACGGTGACCACGCTCGAATGATTTGCCCCAGACTATATTCTGAAGGCA > NC_000913/3120114‑3120387 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |