| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,292,086 | G→T | R192L (CGC→CTC) | nrfE → | putative cytochrome c‑type biogenesis protein NrfE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,292,086 | 0 | G | T | 95.8% | 76.6 / ‑4.4 | 24 | R192L (CGC→CTC) | nrfE | putative cytochrome c‑type biogenesis protein NrfE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (1/22); total (2/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.33e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
ATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCT‑CGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGAACTCGGC‑TGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTTTATTACCCTGGCTTT > NC_000913/4291957‑4292220 | aTCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCTCTGGGCGTTa < 2:772510/140‑1 (MQ=255) ggTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCTCTGGGCGTTACctgg < 2:388373/140‑1 (MQ=255) aTCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCTCTGGGCGTTACCTGGCTGGAg < 2:148223/140‑1 (MQ=255) cATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGGTTTATGGGGCCTGCGCCCGAATTTTCTGGCTCTGGGCGTTACCTGGCTGGGGGGCAtt > 2:936808/1‑140 (MQ=255) cGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGGGTTTGGTGGGGCCTGCGCCCGAATTTTCTGGGTCTGGGCGGTACCTGGCTGGGGTGCATTAAcggcg > 2:278949/1‑140 (MQ=255) ttACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCTCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGatca < 1:655932/140‑1 (MQ=255) ccTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCTCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATcc < 2:402604/140‑1 (MQ=255) cTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCTCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCt < 1:680985/140‑1 (MQ=255) tATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGGGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCTCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCT‑CGGTTc < 2:844500/140‑1 (MQ=255) ggCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGGGGTTGGTGGTGCCTGCGCCCGAAATTTCTGGCTCTGGGCGGTACCTGGCTGGAGGGCATTAACGGGGGGGGTCATCCTCCGGTTctt > 2:408057/1‑138 (MQ=255) ttGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCTCTGGGCGTTTCCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCT‑CGGTTCCTGGTGGGc < 1:882069/140‑1 (MQ=255) ggTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCTCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCT‑CGGTTCCTGGTGGGCCTACt < 1:833128/140‑1 (MQ=255) cGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCTCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGGTTATCCT‑CCGGTTCTTGTGGGGCCACTGCGGACTCCGcg > 1:837567/1‑139 (MQ=255) cGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCTCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCT‑CGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGAACTCGGC‑t < 1:129973/140‑1 (MQ=255) gcgcTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCTCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCT‑CGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGAACTCGGC‑Tgggg < 1:278949/140‑1 (MQ=255) cGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCTCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCT‑CGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGAACTCGGC‑TGGGGCGGCtgg < 2:9482/140‑1 (MQ=255) cGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCTCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCT‑CGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGAACTCGGC‑TGGGGCGGCtgg < 1:358670/140‑1 (MQ=255) aGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCTCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCT‑CGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGAACTCGGC‑TGGGGCGGCtggtg < 1:671790/140‑1 (MQ=255) gTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCTCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCT‑CGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGAACTCGGC‑TGGGGCGGCtggtgg < 1:197557/140‑1 (MQ=255) tGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCTCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCT‑CGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGAACTCGGC‑TGGGGCGGCTGGTGGTTCTgg < 1:615391/140‑1 (MQ=255) ttGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCTCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCT‑CGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGAACTCGGC‑TGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGaa < 1:148045/140‑1 (MQ=255) gATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCTCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCT‑CGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGAACTCGGC‑TGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGaaaa < 1:377017/140‑1 (MQ=255) ggTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCTCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCT‑CGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGAACTCGGC‑TGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGc < 1:132118/140‑1 (MQ=255) gTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCTCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCT‑CGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGAACTCGGC‑TGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGcc < 1:480238/140‑1 (MQ=255) tGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCTCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGTGGGGATCATCCT‑CGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGAACTCGGC‑TGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCct < 1:408057/140‑1 (MQ=255) gcgcCCGAATTTGCTGGCTCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCT‑CGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGAACTCGGC‑TGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTtta < 1:322414/140‑1 (MQ=255) aaTTTGCTGGCTCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCT‑CGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGAACTCGGC‑TGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTTTATTACCCt < 1:264876/140‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGAGCATCCC‑CCGGTCCTGGTGGGGCTGCTGCCCACTCCGCACGGGGGGGCGGGGGGTT‑TCGGTTCCGGCGGGGAAAGGCTCTTTTTTTCTCTCGCttt > 2:175902/1‑140 (MQ=255) | ATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCT‑CGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGAACTCGGC‑TGGGGCGGCTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTTTATTACCCTGGCTTT > NC_000913/4291957‑4292220 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |