| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 312,360 | C→A | intergenic (+21/+14) | ykgL → / ← ykgO | uncharacterized protein YkgL/putative ribosomal protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 312,360 | 0 | C | A | 96.6% | 188.1 / ‑2.8 | 59 | intergenic (+21/+14) | ykgL/ykgO | uncharacterized protein YkgL/putative ribosomal protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base A (32/25); total (33/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGAACAGGAAGAATATATCCCCAGGAAAATTAATGTTGGTGTTATAAACACACCAACATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCCGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAG > NC_000913/312225‑312496 | atatTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGAACAGGAAGAATATATCCCCAGGAAAATTAATGTTGGTGTTATAAACACACCAACATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCg > 2:847363/1‑140 (MQ=255) tatTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGAACAGGAAGAATATATCCCCAGGAAAATTAATGTTGGTGTTATAAACACACCAACATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGa > 1:827192/1‑140 (MQ=255) ttCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGAACAGGAAGAATATATCCCCAGGAAAATTAATGTTGGTGTTATAAACACACCAACATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAAt > 1:112709/1‑140 (MQ=255) cGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGAACAGGAAGAATATATCCCCAGGAAAATTAATGTTGGTGTTATAAACACACCAACATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAAttt > 2:907374/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaTTAATGTTGGTGTTATAAACACACCAACATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTAc < 1:907374/140‑1 (MQ=255) aaaTTAATGTTGGTGTTATAAACACACCAACATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTAc < 1:319870/140‑1 (MQ=255) ttAATGTTGGTGTTATAAACACACCAACATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTa > 1:922296/1‑136 (MQ=255) ttAATGTTGGTGTTATAAACACACCAACATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTa < 2:922296/136‑1 (MQ=255) ttAATGTTGGTGTTATAAACACACCAACATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACaaa < 2:262495/140‑1 (MQ=255) ttAATGTTGGTGTTATAAACACACCAACATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACaaa < 2:721396/140‑1 (MQ=255) tGTTGGTGTTATAAACACACCAACATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATcac > 2:787082/1‑140 (MQ=255) gTTGGTGTTATAAACACACCAACATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATcaca > 1:787134/1‑140 (MQ=255) gTTGGTGTTATAAACACACCAACATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATcaca > 2:37227/1‑140 (MQ=255) acacCAACATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCtttt > 1:321198/1‑140 (MQ=255) acacCAACATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCtttt > 2:454927/1‑140 (MQ=255) acacCAACATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCtttt > 1:340020/1‑140 (MQ=255) acCAACATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCg > 2:592751/1‑140 (MQ=255) acCAACATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCg > 2:348290/1‑140 (MQ=255) acCAACATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCg > 1:932823/1‑140 (MQ=255) acCAACATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCg > 1:771121/1‑140 (MQ=255) acCAACATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCg > 1:830858/1‑140 (MQ=255) cAACATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCt > 1:760127/1‑140 (MQ=255) aaCATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCtt < 1:418947/140‑1 (MQ=255) aaCATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCtt < 1:584252/140‑1 (MQ=255) aaCATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCtt > 2:418947/1‑140 (MQ=255) aaCATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCtt < 1:773680/140‑1 (MQ=255) aTCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCTTCACAATc < 2:112709/140‑1 (MQ=255) aTCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCAGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCTTCACAATc 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< 1:403978/140‑1 (MQ=255) aTCCGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCag < 1:93926/140‑1 (MQ=255) | ATATTCGGAGAGAAACGTCAGGCAGTTGGCCTCAAATGAACAGGAAGAATATATCCCCAGGAAAATTAATGTTGGTGTTATAAACACACCAACATTAATCCGATCTGATTATTAATCAGACAAATATCGTTAATCCGTCGAATTTTGAATCAACGTTTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAG > NC_000913/312225‑312496 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |