| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,165,990 | C→A | intergenic (+305/‑95) | ycfP → / → ndh | UPF0227 protein YcfP/NADH:quinone oxidoreductase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,165,990 | 0 | C | A | 97.4% | 122.5 / ‑2.6 | 39 | intergenic (+305/‑95) | ycfP/ndh | UPF0227 protein YcfP/NADH:quinone oxidoreductase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base A (13/25); total (13/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
ACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGT > NC_000913/1165853‑1166110 | acaAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAgaga > 1:479486/1‑140 (MQ=255) tCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACAtttt > 1:351262/1‑140 (MQ=255) cAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTc < 1:632125/140‑1 (MQ=255) ataaacaataaacTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCt < 1:620884/140‑1 (MQ=255) caataaacTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAAc < 2:122207/140‑1 (MQ=255) caataaacTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAAc < 1:323362/140‑1 (MQ=255) caataaacTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAAc < 2:194356/140‑1 (MQ=255) caataaacTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAAc > 1:584365/1‑140 (MQ=255) caataaacTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAAc < 2:421982/140‑1 (MQ=255) caataaacTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTCCATTGCTGTAAc < 2:337830/140‑1 (MQ=255) taaacTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCtg > 2:924413/1‑140 (MQ=255) aaacTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCtgt < 2:42211/140‑1 (MQ=255) aaacTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCtgt > 2:848548/1‑140 (MQ=255) acTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCtgttg < 2:423242/140‑1 (MQ=255) acTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCtgttg > 1:884216/1‑140 (MQ=255) ctGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGtta > 2:1077/1‑140 (MQ=255) gTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGttaat > 1:908075/1‑140 (MQ=255) gTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGttaat > 2:69334/1‑140 (MQ=255) ttttGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGttaattaa < 2:351262/140‑1 (MQ=255) ttGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAaga < 1:150527/140‑1 (MQ=255) tGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAagag < 1:873887/140‑1 (MQ=255) tGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAagag < 2:853637/140‑1 (MQ=255) tGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAagag < 1:848548/140‑1 (MQ=255) tGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCAATCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAagag < 2:150061/140‑1 (MQ=255) aTCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCt < 2:632142/140‑1 (MQ=255) tctcACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTa < 1:1077/140‑1 (MQ=255) ccGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTtaa < 2:884216/140‑1 (MQ=255) aGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCat < 2:817257/140‑1 (MQ=255) gTCGCCTATCGTCTCAGGAACACAACTTGATTAACATCAATTTTGGGATTTCCTATGCACCATTCTTGATAAAGTGAATAGACAAGAAAATCTTCATTGCTGTAATCTGTTTTGAATTGGGAGATATGTtaataaatatt > 2:766418/1‑135 (MQ=255) ccTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCattaatt > 2:795752/1‑140 (MQ=255) cTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACaa < 1:673290/140‑1 (MQ=255) ttGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTaa < 2:584365/140‑1 (MQ=255) tAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAggggg < 2:368896/140‑1 (MQ=255) tAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAggggg < 1:924413/140‑1 (MQ=255) aTCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCAc < 1:69334/140‑1 (MQ=255) aTCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCAc < 1:34869/140‑1 (MQ=255) tCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACg < 2:255415/140‑1 (MQ=255) aTTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTg > 2:434046/1‑140 (MQ=255) ttCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAgattgt > 1:456093/1‑140 (MQ=255) ttCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAgattgt > 2:43019/1‑140 (MQ=255) ttCATGTTATTCTCAATAGAGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAgattgt > 1:925105/1‑140 (MQ=255) | ACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAAAGTCGCCTATCTTTTCAGCAACAAAACTTGATTAACATCAATTTTGGTATGACCAATGCACCATTCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGT > NC_000913/1165853‑1166110 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |