Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,025,672 | C→A | L229I (CTC→ATC) | ubiD → | 3‑octaprenyl‑4‑hydroxybenzoate decarboxylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,025,672 | 0 | C | A | 95.0% | 131.6 / 1.0 | 40 | L229I (CTC→ATC) | ubiD | 3‑octaprenyl‑4‑hydroxybenzoate decarboxylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base A (16/22); total (17/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.69e-01 |
TTGGTAAAAACAAACTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGTGCGGAGATTGT > NC_000913/4025538‑4025802 | ttGGTAAAAACAAACTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTATCGGt < 2:598758/140‑1 (MQ=255) tGGTAAAAACAAACTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCGGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTATCGGTg < 1:120075/140‑1 (MQ=255) cTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGt > 1:111805/1‑140 (MQ=255) aTGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCGGGGCGAACGTTCCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGa < 1:323874/140‑1 (MQ=255) aTGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGa > 1:242775/1‑140 (MQ=255) gcgcTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATa < 2:395401/140‑1 (MQ=255) gcgcTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATa < 2:137196/140‑1 (MQ=255) ctggctgTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGc > 2:361331/1‑140 (MQ=255) ggctgTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCtt > 1:76134/1‑140 (MQ=255) gctgTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACTTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCttt < 2:123305/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCAcc > 2:619480/1‑140 (MQ=255) gtgtGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGa < 1:482463/140‑1 (MQ=255) tgcgcggcgCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGAc > 2:483302/4‑140 (MQ=255) tgCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCAc > 1:447182/1‑132 (MQ=255) tgCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCAc < 2:447182/132‑1 (MQ=255) cggcgCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGaa > 2:444297/1‑140 (MQ=255) 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gCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAgtgt < 2:245157/140‑1 (MQ=255) cGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAg < 2:249224/136‑1 (MQ=255) cGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAg > 1:249224/1‑136 (MQ=255) cGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTa > 1:424236/1‑140 (MQ=255) ttCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCaa < 1:619480/140‑1 (MQ=255) ttCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCaa < 1:308404/140‑1 (MQ=255) gcggggggCGCCGACCCCGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGcc < 2:407813/135‑1 (MQ=255) gggggTGCCGATCCCGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGc < 1:42804/138‑1 (MQ=255) ccGATCCCGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGTGCg < 1:232821/140‑1 (MQ=255) cGATCCCGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGTGCgg > 1:256633/1‑140 (MQ=255) ccGCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGCGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGTGCGGAGAtt > 2:3435/1‑140 (MQ=255) gCCACGATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGTGCGGAGATtgt > 2:384082/1‑140 (MQ=255) gATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCGGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGTGCGGAGATtg > 2:243015/1‑134 (MQ=255) gATTATCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGAATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGTGCGGAGATtg < 1:243015/134‑1 (MQ=255) | TTGGTAAAAACAAACTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGTGCGGAGATTGT > NC_000913/4025538‑4025802 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |