| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3653230 | NA (NA) | 91 (1.030) | 53/278 | 0.4 | 97.9% | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 3766089 | 2 (0.020) | coding (3907/4134 nt) | rhsA | rhs element protein RhsA | |||||
AAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/3653093‑3653230‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTG < NC_000913/3766089‑3765952 AAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCT < 2:26266/140‑1 AATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCaa < 1:1187900/140‑3 TCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAAT > 1:6138/1‑140 TCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGAAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAAT > 2:1499838/1‑140 TCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGC < 1:1261717/140‑1 TTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGT > 2:1449669/1‑140 TCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTC < 1:1231867/140‑1 TGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCC > 1:1365989/1‑140 GGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGCCAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCG > 2:1080146/1‑140 GACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTA < 2:1346041/140‑1 ACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTAT > 1:583553/1‑140 ACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTAT > 2:1267054/1‑140 ACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTAT > 2:518180/1‑140 CGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATT < 1:897309/140‑1 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CGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATT < 2:349694/140‑1 CGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATT < 2:593271/140‑1 CGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATT < 1:1396860/140‑1 CTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAG > 1:1387172/1‑140 TGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGA < 2:931696/140‑1 CTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGA < 2:493783/140‑1 CTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGA < 1:329665/140‑1 CTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGA < 2:1139297/140‑1 AATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTC > 1:1434676/1‑140 TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATT > 1:222732/1‑140 TGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATT < 1:471869/140‑1 TCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCT < 2:672716/140‑1 GCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTG < 2:734029/140‑1 GCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTG < 2:187217/140‑1 GAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTG < 2:1328640/140‑1 AAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGA < 1:1214990/140‑1 ATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGT > 1:478270/1‑140 TGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTT > 2:716603/1‑140 GACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTC > 1:326758/1‑140 ACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCC < 2:1387172/140‑1 ACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCC < 1:1080146/140‑1 ACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCC < 1:158818/140‑1 ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCA > 2:1444345/1‑140 GATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATT < 2:485086/140‑1 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AGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGG > 2:1400675/1‑140 GGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGC > 1:163373/1‑140 GGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCT > 2:665241/1‑140 GGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCT > 1:1392285/1‑140 GACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATAGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTT > 1:403469/1‑140 CTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTT > 1:1302882/1‑140 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AAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/3653093‑3653230‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTG < NC_000913/3766089‑3765952 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |