Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,111,747 | 0 | G | T | 26.2% | 111.9 / 17.0 | 42 | N156K (AAC→AAA) | yiiQ | DUF1454 domain‑containing protein YiiQ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/1); new base T (0/11); total (30/12) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.80e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCT > NC_000913/4111608‑4111880 | ctttTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGATTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACgtttg < 2:510650/140‑1 (MQ=255) tCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGa > 1:201947/1‑140 (MQ=255) tCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGCTCAACAGCGAAGGCCAGCCCCTTTTCGAC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGa > 1:1357517/1‑140 (MQ=255) cAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGAc > 1:487190/1‑140 (MQ=255) cAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTATCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGAc > 2:1240762/1‑140 (MQ=255) aTTCAGATAGCGCCAGTTTAAGCGGTTCAACAGCGAGGGTCACCCCTTTTTCGCC‑GTTGCCCGCGACAACATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATAACGTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGt < 2:180442/140‑1 (MQ=255) ttCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGtt > 2:143061/1‑140 (MQ=255) aacaGCCCCAGTTTAATCGGTACAACAGCGAAGGCCAGCCCTTTTGCCCC‑TTTGCCCGCGAAAACATAACGCGTTGCCCCTTCTCTCTCGGTGTAATATTTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGtttttt < 2:904510/137‑1 (MQ=255) gcCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCt > 1:186789/1‑140 (MQ=255) gcCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCt > 1:688922/1‑140 (MQ=255) cTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTtgtg > 1:1173287/1‑140 (MQ=255) tAATCGTTCCAACAGCGAAGGTCCCCCCTTTTCCGCC‑TTTGCCCGCAAAAACATACCGCAGTGCCCTTTCTGTCTGGGTGTAATATCTTTTTTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGtt < 2:317518/140‑1 (MQ=255) gctaaaaCAGCGAAGGCCCCCCCTTTTTCCCT‑GTTGTCCGCAATAACTAACCTCACTGATCCTTCGCCCGCGGTTTAATAGTGTTTTTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGt < 2:443871/135‑1 (MQ=255) aCAGCGAAGGCCCCCCCTTTTCCCCC‑TTTGCCCGCAACAACATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATAATTTTTTTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTaa < 2:186789/140‑1 (MQ=255) gAAGGTCAGCCCCTTTTCGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATgggg > 1:24771/1‑140 (MQ=255) agggTCACCCCTTTTTCGCC‑GTTGCCCGCAAAAACATAACGCAGTGCTCCTTCTGTCTGGGTTTAATAACGTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGt < 2:806202/138‑1 (MQ=255) aaGGTCAGCCCCTTTTCGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATggggg > 2:1340570/1‑139 (MQ=255) aaGGTCAGCCCCTTTTCGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGt > 2:1046793/1‑140 (MQ=255) aaGGTCAGCCCCTTTTCGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGt > 1:74484/1‑140 (MQ=255) ggTCACCCCTTTTCCGCC‑GTTGCCCGCGACAACATACCGCGGTCCCCCTTCTGTCTGGTTGTAATAACTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGa < 2:24771/140‑1 (MQ=255) gcccAGCCCCTTTTCGCT‑GTTGTCCGGAAAAAAAAACCGCGTTGCTCCTTCTGTCTGGGTGTAATATCTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGa < 2:969216/137‑1 (MQ=255) ccccTTTTCGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGc > 1:37829/1‑140 (MQ=255) ccccTTTTCCCCTGTTGCCCGCAACAATAAACCCGAGTGCCCCTCCTGTCT‑GGTTTAAAAATTTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGtgtg < 2:502870/140‑1 (MQ=255) gCC‑TTTGTCCGCGAAAACATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTCGGTGTAATATCGTTTTTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCg < 2:24328/140‑1 (MQ=255) c‑GTTGCCCGCAAAAACATACCGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGGTTTAAAACCTTTTTTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCt < 1:143061/140‑1 (MQ=255) gTTGTCCGCGACAACATAACGGGTTGCTCCTTCTTTCCGGGTTTATTAACTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTg < 2:201947/140‑1 (MQ=255) tgcccGCAAAAACATACCGCAGTCCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATAATTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGcc < 2:1173287/137‑1 (MQ=255) tCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCAt > 1:495773/1‑140 (MQ=255) ccGCGAAAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTGGGTTTAATAGCGTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATg < 1:1183241/140‑1 (MQ=255) aacaTAACGCAGTGCCCCTTCGGTCTGGGTGTAATAACTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCt < 1:113115/140‑1 (MQ=255) aGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgc > 2:105652/1‑140 (MQ=255) aGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgc > 1:707562/1‑140 (MQ=255) tGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGGAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgctt > 2:901449/1‑140 (MQ=255) tGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgctt > 1:1084392/1‑140 (MQ=255) tGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgctt > 2:630627/1‑140 (MQ=255) tGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgctt > 2:590545/1‑140 (MQ=255) tGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgctt > 2:460492/1‑140 (MQ=255) tGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgctt > 1:748001/1‑140 (MQ=255) cTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTcgcg > 2:590321/1‑140 (MQ=255) cTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTcgcg > 1:1107178/1‑140 (MQ=255) tCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGc > 2:820081/1‑140 (MQ=255) gTCTGGGTGTAATAACTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCttt < 2:707562/140‑1 (MQ=255) gTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTCTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCttt > 1:685165/1‑140 (MQ=255) ggTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGct > 2:33812/1‑140 (MQ=255) ggTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGct > 1:14107/1‑140 (MQ=255) ggTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGct > 2:564175/1‑140 (MQ=255) ggTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGct > 2:956214/1‑140 (MQ=255) ataaCGTTTGTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGcc < 1:105652/140‑1 (MQ=255) tattttttgtttTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGccc < 2:1084392/135‑1 (MQ=255) taaCGTTTTTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGccc < 1:590545/140‑1 (MQ=255) aCGTTTTTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCt < 1:590321/140‑1 (MQ=255) | CTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCT > NC_000913/4111608‑4111880 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |