| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 570,284 | C→T | I461I (ATC→ATT) | ybcK → | DLP12 prophage; putative recombinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 570,284 | 0 | C | T | 98.6% | 494.7 / ‑2.3 | 141 | I461I (ATC→ATT) | ybcK | DLP12 prophage; putative recombinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (59/80); total (60/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
AAGGGCTTCGGTA‑TCATTGAAAACTTTGAAGAGTAAAGGTGTAAATTCATTCAGTGATTTTTATGCTATTGACTTAACCAGTAAAAATGGACGAGAGTTATGCCGTACACTTGCCTATAAAACATTCGAAAAAATCATAATTAATACGGATAATAAAACCTGTGATATCTATTTTATGAATGGCATTGTTTTTAAACACTATCCTTTAATGAAAGTAATATCCGCCCAGCAGGCGATAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATT > NC_000913/570149‑570419 | aaGGGCTTCGGTA‑TCATTGAAAACTTTGAAGAGTAAAGGTGTAAATTCATTCAGTGATTTTTATGCTATTGACTTAACCAGTAAAAATGGACGAGAGTTATGCCGTACACTTGCCTATAAAACATTCGAAAAAATTAtaa > 2:1648094/1‑140 (MQ=255) gggCTTCGGTA‑TCATTGAAAACTTTGAAGAGTAAAGGTGTAAATTCATTCAGTGATTTTTATGCTATTGACTTAACCAGTAAAAATGGACGAGAGTTATGCCGTACACTTGCCTATAAAACATTCGAAAAAATTAtaatt > 1:989800/1‑140 (MQ=255) ggCTTCGGTA‑TCATTGAAAACTTTGAAGAGTAAAGGTGTAAATTCATTCAGTGATTTTTATGCTATTGACTTAACCAGTAAAAATGGACGAGAGTTATGCCGTACACTTGCCTATAAAACATTCGAAAAAATTAtaatta > 2:268135/1‑140 (MQ=255) ggCTTCGGTA‑TCATTGAAAACTTTGAAGAGTAAAGGTGTAAATTCATTCAGTGATTTTTATGCTATTGACTTAACCAGTAAAAATGGACGAGAGTTATGCCGTACACTTGCCTATAAAACATTCGAAAAAATTAtaatta > 1:444495/1‑140 (MQ=255) 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tGCCTATAAAACATTCGAAAAAATTATAATTAATACGGATAATAAAACCTGTGATATCTATTTTATGAATGGCATTGTTTTTAAACACTATCCTTTAATGAAAGTAATATCCGCCCAGCAGGCGATAAGTGCTCTCAAat > 2:1119434/1‑140 (MQ=255) tGCCTATAAAACATTCGAAAAAATTATAATTAATACGGATAATAAAACCTGCGATATCTATTTTATGAATGGCATTGTTTTTAAATACTATCCTTTAATGAAAGTAATATCCGCCCAGCAGGCGATAAGTGCTCTCAAat < 1:432398/140‑1 (MQ=255) gCCTATAAAACATTCGAAAAAATTATAATTAATACGGATAATAAAACCTGTGATATCTATTTTATGAATGGCATTGTTTTTAAACACTATCCTTTAATGAAAGTAATATCCGCCCAGCAGGCGATAAGTGCTCTCAAata > 2:1800979/1‑140 (MQ=255) ccTATAAAACATTCGAAAAAATTATAATTAATACGGATAATAAAACCTGTGATATCTATTTTATGAATGGCATTGTTTTTAAACACTATCCTTTAATGAAAGTAATATCCGCCCAGCAGGCGATAAGTGCTCTCAAatat > 2:789153/1‑140 (MQ=255) cTATAAAACATTCGAAAAAATTATAATTAATACGGATAATAAAACCTGTGATATCTATTTTATGAATGGCATTGTTTTTAAACACTATCCTTTAATGAAAGTAATATCCGCCCAGCAGGCGATAAGTGCTCTCAAatata < 2:329367/140‑1 (MQ=255) aCATTCGAAAAAATTATAATTAATACGGATAATAAAACCTGTGATATCTATTTTATGAATGGCATTGTTTTTAAACACTATCCTTTAATGAAAGTAATATCCGCCCAGCAGGCGATAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGa < 1:1648094/140‑1 (MQ=255) aTTCGAAAAAATTATAATTAATACGGATAATAAAACCTGTGATATCTATTTTATGAATGGCATTGTTTTTAAACACTATCCTTTAATGAAAGTAATATCCGCCCAGCAGGCGATAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGATg > 2:1746519/1‑140 (MQ=255) tCGAAAAAATTATAATTAATACGGATAATAAAACCTGTGATATCTATTTTATGAATGGCATTGTTTTTAAACACTATCCTTTAATGAAAGTAATATCCGCCCAGCAGGCGATAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGt > 2:1782299/1‑140 (MQ=255) cGAAAAAATTATAATTAATACGGATAATAAAACCTGTGATATCTATTTTATGAATGGCATTGTTTTTAAACACTATCCTTTAATGAAAGTAATATCCGCCCAGCAGGCGATAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTg < 2:1852806/140‑1 (MQ=255) aaaTTATAATTAATACGGATAATAAAACCTGTGATATCTATTTTATGAATGGCATTGTTTTTAAACACTATCCTTTAATGAAAGTAATATCCGCCCAGCAGGCGATAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGatt < 2:1145632/140‑1 (MQ=255) | AAGGGCTTCGGTA‑TCATTGAAAACTTTGAAGAGTAAAGGTGTAAATTCATTCAGTGATTTTTATGCTATTGACTTAACCAGTAAAAATGGACGAGAGTTATGCCGTACACTTGCCTATAAAACATTCGAAAAAATCATAATTAATACGGATAATAAAACCTGTGATATCTATTTTATGAATGGCATTGTTTTTAAACACTATCCTTTAATGAAAGTAATATCCGCCCAGCAGGCGATAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATT > NC_000913/570149‑570419 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |