| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 29,496 | 0 | T | A | 23.5% | 187.7 / 31.0 | 81 | intergenic (+301/‑155) | dapB/carA | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/8); new base A (0/19); total (54/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.47e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTC‑ATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAAT > NC_000913/29360‑29633 | tGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTC‑ATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaaa > 1:1144170/1‑140 (MQ=255) aTTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTC‑ATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATc > 2:1766766/1‑140 (MQ=255) ttGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTC‑ATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATccc > 1:1804156/1‑140 (MQ=255) tttttCTGCTTTTTTTTTTTTC‑ATGCATTTTTCTTGCTGCGCAAGCTTTTTCCAGAACGGGTTAAATAATTTTTTTGTCTCTTAATGCCTGTAAAACATGCAGGACCAAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGt < 2:669535/140‑1 (MQ=255) tCTGCTCGTTTTTATTTC‑ATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGAc > 2:1804051/1‑140 (MQ=255) tcttttttttTCAATCCAATCTTTTTGCTGCGAAAGCTTTTTCAAAAACAGGTAAGATGATTTTTTTGTCGCTTAAGCCCTTAAAAACATTCATGACCCAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTa < 2:941157/138‑1 (MQ=255) ttttttttTC‑ATGAAATCTTTTTGCGGCGAAGGCTTTTCCAAAAACGGGTTAGTTTATTTTTTTGTCTTTTAATCCCTGAAAAACATGAGTGACCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAgcg < 2:1144170/140‑1 (MQ=255) tttttC‑ATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCTTTTCCAAAAACAGGTTAGATTATTTTTTTGTCGCTTAATGCTTAAAAAACATGCATGAGCCAAAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCa < 2:61372/138‑1 (MQ=255) c‑ATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATAtct > 1:1086477/1‑140 (MQ=255) c‑ATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATAtct > 2:1526388/1‑140 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |