| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,626,516 | C→A | A202D (GCT→GAT) | radA → | DNA recombination protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,626,516 | 0 | C | A | 99.1% | 386.0 / ‑3.9 | 113 | A202D (GCT→GAT) | radA | DNA recombination protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base A (55/57); total (55/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
ACCAGCATCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGCTTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGCTGGCCCGAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTCGGTGCTTTTGGATGGCGATG > NC_000913/4626380‑4626650 | ccAGCATCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTAt > 1:1085177/1‑140 (MQ=255) cATCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGa < 1:419106/140‑1 (MQ=255) cATCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGa < 2:359223/140‑1 (MQ=255) cGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGacac > 1:148404/1‑140 (MQ=255) gAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACg < 2:914866/140‑1 (MQ=255) aaCAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGc > 1:93473/1‑140 (MQ=255) aTCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGc > 1:1795067/1‑140 (MQ=255) ccTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCaaaa > 1:1507580/1‑140 (MQ=255) ccTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCaaaa > 1:843103/1‑140 (MQ=255) aTTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAAcgcg > 1:1031292/1‑140 (MQ=255) aTTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAAcgcg < 1:450888/140‑1 (MQ=255) aTTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAAcgcg < 2:16820/140‑1 (MQ=255) aTTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAAcgcg < 1:368990/140‑1 (MQ=255) ttGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAAcgcgc > 1:1384465/1‑140 (MQ=255) ttGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAAcgcgc > 1:682302/1‑140 (MQ=255) ttGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAAcgcgc > 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aagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCg < 1:857148/140‑1 (MQ=255) agagCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGa < 2:71875/140‑1 (MQ=255) gCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTg > 1:1171716/1‑140 (MQ=255) aCCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCa > 1:289019/1‑140 (MQ=255) cGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCAtg < 1:656727/140‑1 (MQ=255) aaGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCAtggt > 2:596984/1‑140 (MQ=255) gCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCAtggtgg > 1:1027039/1‑140 (MQ=255) cTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTggg < 2:1384465/140‑1 (MQ=255) tGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCAc < 1:8941/140‑1 (MQ=255) tGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCAc > 1:770431/1‑140 (MQ=255) tGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCAc > 1:730331/1‑140 (MQ=255) tGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCAc < 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(MQ=255) gCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGCTGGCCCGAAAGTGCTGGAACACTGTa > 1:802273/1‑140 (MQ=255) gCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGCTGGCCCGAAAGTGCTGGAACACTGTa > 1:107354/1‑140 (MQ=255) gCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGCTGGCCCGAAAGTGCTGGAACACTGTa > 1:1255784/1‑140 (MQ=255) gCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGCTGGCCCGAAAGTGCTGGAACACTGTa > 1:1634896/1‑140 (MQ=255) tGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGCTGGCCCGAAAGTGCTGGAACACTGTATCg > 1:1730536/1‑140 (MQ=255) ggTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGCTGGCCCGAAAGTGCTGGAACACTGTATCGa < 1:219872/140‑1 (MQ=255) gTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGCTGGCCCGAAAGTGCTGGAACACTGTATCGAc > 1:99789/1‑140 (MQ=255) gTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGCTGGCCCGAAAGTGCTGGAACACTGTATCGAc > 1:453928/1‑140 (MQ=255) cGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGCTGGCCCGAAAGTGCTGGaa < 2:1143835/124‑1 (MQ=255) cGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGCTGGCCCGAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGtt < 2:721164/140‑1 (MQ=255) cGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGCTGGCCCGAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGtt < 2:1031670/140‑1 (MQ=255) gTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGCTGGCCCGAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTc < 2:268666/140‑1 (MQ=255) tGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGCTGGCCCGAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGtt < 1:33501/138‑1 (MQ=255) tGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGCTGGCCCGAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGtt > 2:33501/1‑138 (MQ=255) tGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGCTGGCCCGAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTCg > 1:923952/1‑140 (MQ=255) gcAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGCTGGCCCGAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTCGGTGc > 1:948782/1‑140 (MQ=255) cAGGTGCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGCTGGCCCGAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTCGGTGCt > 2:168187/1‑140 (MQ=255) gCGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGCTGGCCCGAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTCGGTGCTTTTgg < 2:802273/140‑1 (MQ=255) cGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGCTGGCCCGAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTCGGTGCTTTTGGa < 2:923952/140‑1 (MQ=255) cGTGAAACGGCGGATTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGCTGGCCCGAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTCGGTGCTTTTGGa > 2:1798088/1‑140 (MQ=255) ggcggaTTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGCTGGCCCGAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTCGGTGCTTTTGGATGGCGATg > 1:588015/1‑140 (MQ=255) | ACCAGCATCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGCTTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGGCGATTGTCATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGCTGGCCCGAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTCGGTGCTTTTGGATGGCGATG > NC_000913/4626380‑4626650 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |