Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 2,795,859 | (A)5→4 | coding (186/663 nt) | csiR → | DNA‑binding transcriptional repressor CsiR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_000913 | 2,795,855 | 0 | A | . | 94.7% | 275.6 / 12.8 | 75 | coding (182/663 nt) | csiR | DNA‑binding transcriptional repressor CsiR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/0); new base . (27/44); total (31/44) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.59e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.61e-01 |
GATATTATTCGCGGTAATTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATCAAAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGATATTTTCGACGCCCGCGCCAATATGGAAGCGATGTTAGTGAGTCTGGCGATTGCCCGCGGTGGCGATGAGTGGGAGGCAGACGTTCTCGC > NC_000913/2795716‑2795990 | gATATTATTCGCGGTAATTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATCa > 2:877189/1‑140 (MQ=255) gATATTATTCGCGGTAATTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATCa > 2:1080124/1‑140 (MQ=255) tattatTCGCGGTAATTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATCaaa < 2:90277/140‑1 (MQ=255) tattatTCGCGGTAATTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATCaaa < 2:829785/140‑1 (MQ=255) tattatTCGCGGTAATTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATCaaa < 2:821110/140‑1 (MQ=255) tattatTCGCGGTAATTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATCaaa < 1:995151/140‑1 (MQ=255) tattatTCGCGGTAATTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATCaaa < 2:681568/140‑1 (MQ=255) attattCGCGGTAATTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATCaaaa < 1:1239064/140‑1 (MQ=255) ttattCGCGGTAATTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTTGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATCaaaag > 2:575223/1‑139 (MQ=255) ttCGCGGTAATTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATCAAAAgggt > 1:675568/1‑139 (MQ=255) ttCGCGGTAATTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATCAAAAgggt > 1:813351/1‑139 (MQ=255) ttCGCGGTAATTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATCAAAAgggt > 2:334850/1‑139 (MQ=255) ttCGCGGTAATTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATCAAAAgggt > 2:558866/1‑139 (MQ=255) cgcgGTAATTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTAt < 1:313359/140‑1 (MQ=255) cgcgGTAATTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTAt < 1:509548/140‑1 (MQ=255) cgcgGTAATTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTAt < 2:57941/140‑1 (MQ=255) cgcgGTAATTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCACTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTAt < 2:1165122/140‑1 (MQ=255) ggTAATTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCgg > 2:611209/1‑140 (MQ=255) ggTAATTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCgg > 2:696483/1‑140 (MQ=255) ggTAATTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCgg > 2:266007/1‑140 (MQ=255) aaTTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTg < 1:209907/140‑1 (MQ=255) aaTTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTg < 1:353714/140‑1 (MQ=255) aaTTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTg < 1:334850/140‑1 (MQ=255) aaTTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTg < 1:197308/140‑1 (MQ=255) aaTTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTg < 2:813351/140‑1 (MQ=255) ttCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGt < 2:675568/140‑1 (MQ=255) tCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTc < 1:1080124/140‑1 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1:807602/1‑140 (MQ=255) ttACGAATGAGTTTGCTTACATCGCGTTATGCACTTGCCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGTCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAg < 2:980080/140‑1 (MQ=255) aCGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAgct > 2:884649/1‑140 (MQ=255) cGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAgctg < 1:81474/140‑1 (MQ=255) aaTGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAgctgct > 1:1419786/1‑140 (MQ=255) aTGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTc < 1:266007/140‑1 (MQ=255) gTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGata < 2:505313/140‑1 (MQ=255) tttGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGatat > 1:601646/1‑140 (MQ=255) cTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGATATTTTc > 1:1379175/1‑140 (MQ=255) cATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGATATTTTCGACg < 2:898496/140‑1 (MQ=255) gcgTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGATATTTTCGACGCCcg < 2:1419786/140‑1 (MQ=255) ttATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGATATTTTCGACGCCCgcgc < 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1:481347/140‑1 (MQ=255) tGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGGATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGATATTTTCGACGCCCGCGCCAATATGGa < 1:192401/140‑1 (MQ=255) tGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGATATTTTCGACGCCCGCGCCAATATGGa > 1:401805/1‑140 (MQ=255) tGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGATATTTTCGACGCCCGCGCCAATATGGa > 2:1104962/1‑140 (MQ=255) ggCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGATATTTTCGACGCCCGCGCCAATATGGaa > 1:451303/1‑140 (MQ=255) gCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGATATTTTCGACGCCCGCGCCAATATGGAAg < 2:678050/140‑1 (MQ=255) gCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGATATTTTCGACGCCCGCGCCAATATGGAAg < 1:884649/140‑1 (MQ=255) tGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGATATTTTCGACGCCCGCGCCAATATGGAAGCGAt > 2:318145/1‑140 (MQ=255) gggCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGATATTTTCGACGCCCGCGCCAATATGGAAGCGATg > 1:659243/1‑140 (MQ=255) ccGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGATATTTTCGACGCCCGCGCCAATATGGAAGCGATGTTa < 2:274611/140‑1 (MQ=255) gTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGATATTTTCGACGCCCGCGCCAATATGGAAGCGATGTTAGt < 2:1358561/140‑1 (MQ=255) gTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGATATTTTCGACGCCCGCGCCAATATGGAAGCGATGTTAGt < 2:659243/140‑1 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aaCGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGATATTTTCGACGCCCGCGCCAATATGGAAGCGATGTTAGTGAGTCTGGCGATTGcc > 1:1449583/1‑124 (MQ=255) aaCGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGATATTTTCGACGCCCGCGCCAATATGGAAGCGATGTTAGTGAGTCTGGCGATTGCCCGCGGTGGCGATGAGt > 1:778336/1‑140 (MQ=255) aCGGCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGATATTTTCGACGCCCGCGCCAATATGGAAGCGATGTTAGTGAGTCTGGCGATTGCCCGCGGTGGCGATGAGTg < 1:480758/140‑1 (MQ=255) ggCTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTAACGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGTTCGATAATGTCGCCGCCCCCGCCAATATGGAAGCGATGTTAGTGAGTCCGGCAATTGCCCGCGGTGGAGATGAGTggg < 2:807602/140‑1 (MQ=255) cTGGTCACGGTGGTGAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGATATTTTCGACGCCCGCGCCAATATGGAAGCGATGTTAGTGAGTCTGGCGATTGCCCGCGGTGGCGATGAGTGGGAg < 1:1104962/140‑1 (MQ=255) gtggtgAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGATATTTTCGACGCCCGCGCCAATATGGAAGCGATGTTAGTGAGTCTGGCGATTGCCCGCGGTGGCGATGAGTGGGAGGCAGACGtt > 2:532148/1‑140 (MQ=255) gAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGATATTTTCGACGCCCGCGCCAATATGGAAGCGATGTTAGTGAGTCTGGCGATTGCCCGCGGTGGCGATGAGTGGGAGGCAGACGTTCTCGc < 2:451303/140‑1 (MQ=255) gAATC‑AAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGATATTTTCGACGCCCGCGCCAATATGGAAGCGATGTTAGTGAGTCTGGCGATTGCCCGCGGTGGCGATGAGTGGGAGGCAGACGTTCTCGc < 1:532148/140‑1 (MQ=255) | GATATTATTCGCGGTAATTTTCAACCGGATGAAAAATTACGAATGAGTTTGCTGACATCGCGTTATGCACTTGGCGTTGGGCCGTTACGGGAAGCTCTTTCGCAACTGGTGGCGGAACGGCTGGTCACGGTGGTGAATCAAAAAGGGTATCGGGTGGCGTCTATGTCAGAGCAGGAGCTGCTCGATATTTTCGACGCCCGCGCCAATATGGAAGCGATGTTAGTGAGTCTGGCGATTGCCCGCGGTGGCGATGAGTGGGAGGCAGACGTTCTCGC > NC_000913/2795716‑2795990 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |