Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,111,747 | 0 | G | T | 27.0% | 89.4 / 17.1 | 37 | N156K (AAC→AAA) | yiiQ | DUF1454 domain‑containing protein YiiQ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/2); new base T (0/10); total (25/12) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.89e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCC‑CTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATG > NC_000913/4111608‑4111885 | ctttTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCC‑CTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACgtttg > 1:274476/1‑140 (MQ=255) tttGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCC‑CTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACgtttgttt < 1:638611/140‑1 (MQ=255) ttGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCC‑CTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGtttt > 2:198545/1‑140 (MQ=255) ttGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCC‑CTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGtttt > 1:763160/1‑140 (MQ=255) tttATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCC‑CTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCccg > 1:514908/1‑140 (MQ=255) aaGCAATTCAGATAGCCCCATCTTAATCGGTCAAACAGCGAAGGCCACCCC‑TTTTTCCCGGTTGTCCGCAAAAACATAACGCAGTCCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATAACTTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACt < 2:551216/140‑1 (MQ=255) ggaaTTAAGATCGCGCCAGCTTAATCGGTCCAACAGCGAAGGCCCCCCC‑TTTTCCGCCGTGGCCCGCAAAAACATAACGCAGTCCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATAACGTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGc < 2:574568/137‑1 (MQ=255) cGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCC‑CTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCa > 2:25172/1‑140 (MQ=255) ttCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCC‑CTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGtt > 1:766236/1‑140 (MQ=255) agaGCGCCAGTTTAATCGGTACAACAGGGAAGGTCCCCCC‑TTTTCCGCCGTTGCCCGCAAAAAAATAACGCGGTGCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATACCTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTc < 2:59813/138‑1 (MQ=255) cgcCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCC‑CTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTgct > 1:574568/1‑138 (MQ=255) cgcCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCC‑CTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGc > 1:293161/1‑140 (MQ=255) cTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCC‑CTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTtgtg > 1:1226647/1‑140 (MQ=255) cTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCC‑CTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTtgtg > 1:1379006/1‑140 (MQ=255) tAATCGTTACAACAGCGAGGGTCCCCCC‑TTTTTCGCCGTTGCCCGAAACAACAAAACGCAGTCCCCCTTCTGTCTGGGTTTAATATCTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGtt < 2:1379006/140‑1 (MQ=255) aaTCGGTCAAACAGGGAGGGTCACCCC‑TTTTCCGCCGTTGCCCGCGACAACATACCGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGGTTTAATAACTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGttt < 2:754215/140‑1 (MQ=255) gttccAACAGAGAAGGCCCCCCC‑TTTTTCGCCGTTGCCCGCAACAACATACCGCAGTCCCCCTTCTGTCTGGGTGTAATACTGTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGt < 2:514908/136‑1 (MQ=255) gttacAACAGCGAGGGTCGTCCC‑TTTTTCGCCTTTCTCCGCAACAAAAAAACATGGTGCCCTTTCTGTCTGGGTGTAATAGTTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGt < 2:1226647/136‑1 (MQ=255) gttaaaaCAGCGAAGGTCCCCCC‑TTTTTCGCCGTTGCCCGCAAAAAAATACCGCAGTCCCCCTTCTGTCGGGGTAAAATATTTTTTGTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGt < 2:274476/135‑1 (MQ=255) acacCGAAGG‑CAGCCCGCTTTTCGCCGTCATCCGCAAAAACATAGCGAATTACACCTTCTGTCGGGGTGAAAGCACTTTTGTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTaa < 2:4173/140‑1 (MQ=255) aCAGCGAAGGTCAGCCC‑TTTTCCGCGTTTGCCCGCAACAACATAACGCGGTCCCCCTTCTGTCTGGGTTTAATACCTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTaa < 2:1261052/140‑1 (MQ=255) gAAGGTCAGCCC‑CTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATgggg > 2:748437/1‑140 (MQ=255) aaGGCCACCCC‑TTTTTCGCTGTTGTCCGCAAAAAAAAAACGTAGTCCCCTTTTTGTTTGGGTTTAATATGTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGt < 2:1248882/140‑1 (MQ=255) ccc‑cTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGc > 2:643745/1‑140 (MQ=255) tCGCCGTTCCCGGCGAAAACTAAAGCCAGTGCCCCTTCTGTCCGGGTTTAAAATTTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCAc < 2:48992/140‑1 (MQ=255) ttGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGc > 2:91788/1‑140 (MQ=255) cgcgACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGt > 1:656282/1‑140 (MQ=255) caTAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGa > 1:1428258/1‑140 (MQ=255) caTAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGa > 1:217122/1‑140 (MQ=255) aCGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctt > 2:667062/1‑140 (MQ=255) aGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgc > 1:365337/1‑140 (MQ=255) tGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgctt > 1:889234/1‑140 (MQ=255) tGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgctt > 2:692326/1‑140 (MQ=255) tGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACG‑TTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgcttt > 1:345417/1‑140 (MQ=255) gCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgcttt > 2:1082877/1‑140 (MQ=255) cTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTcgcg > 1:434285/1‑140 (MQ=255) cTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTcgcg > 2:584870/1‑140 (MQ=255) gTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCttt > 2:510709/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tttgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGa > 1:565636/1‑140 (MQ=255) tttgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGa > 1:1346084/1‑140 (MQ=255) tgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATg > 1:62326/1‑140 (MQ=255) | CTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCC‑CTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATG > NC_000913/4111608‑4111885 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |