Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 753,125 | 0 | T | A | 26.3% | 80.7 / 12.2 | 38 | intergenic (‑330/+60) | ybgD/gltA | putative fimbrial protein YbgD/citrate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/2); new base A (0/10); total (26/12) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.40e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAA‑TTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACC > NC_000913/752986‑753262 | gggTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAA‑TTTTTTGTGTTTAGGCatat < 2:306836/140‑1 (MQ=255) gTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAA‑TTTTTTGTGTTTAGGCATATaa > 2:124424/1‑140 (MQ=255) gCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAA‑TTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAcc > 1:1330591/1‑140 (MQ=255) gCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAA‑TTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAcc > 1:334684/1‑140 (MQ=255) gCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAA‑TTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAcc > 2:736222/1‑140 (MQ=255) gCGACTACCATGAAGTTTTTAATTAAAAGTTTTGGGTTGTTGATATTTTGAGCTTTTTTTTTTTTTTAAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGTTTTTTATTTTTACAT‑TTTTTTGTTTTTAGGCATAAAAAAATCAAcc < 2:679859/140‑1 (MQ=255) cGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAA‑TTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAccc > 1:211949/1‑140 (MQ=255) cGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAA‑TTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAccc > 2:320860/1‑140 (MQ=255) cGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAA‑TTTTTTGTGTTTAGGAATATAAAAATCAAccc > 2:1113298/1‑140 (MQ=255) gACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAA‑TTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCg > 2:795517/1‑140 (MQ=255) actccaaTGAATTTTTTAATTGAAAGTGTTGGGTTGCTAATATTTTGAGTTGTTTTTTTCTTTTTAAATATCTATATAGTTGTTTTAAGGAATTTTGTTTTTACAT‑TTTTTTGTGTTTAGGATTATAAAAATCAACCCGc < 2:513572/134‑1 (MQ=255) tttAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAA‑TTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAAcggcgg > 2:467439/1‑140 (MQ=255) ttAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAA‑TTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCggg > 1:590034/1‑140 (MQ=255) taaaaGTATTGGTTTGCTAATATTTTGATTTTTCCTATTCTTTTTAATTTTCTATATAGCTCCCTCAATGGCTTTTATTTTTACAA‑TTTTTTGTTTTTAGACATATAAAAACAACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTaaa < 2:1004039/138‑1 (MQ=255) taaaaGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGTTTTTCTTTTTTTTTTAAATATCTATATAGGTTTTTTAATGTTTTTTATTTTTAAAA‑TTTTTTGTTTTTAGACATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTaaa < 2:298029/138‑1 (MQ=255) tGAAATTATGGGGTTGCTGATAATTTGTGCTTTTCTTTTTTTTTAAAATATTTATATGGTTCTGTAAATGAATTTTATTTTTAAAT‑TTTTTTGTTTTTAGAAATAAAAAAACCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTaaa < 2:334684/140‑1 (MQ=255) aaaGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAA‑TTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAat > 2:95375/1‑140 (MQ=255) gTATGGGGTTGCTGATAATTTGAGTTTTTTTTTTTTTTTTAAATATCTATATAGTTTTTTTAATGTTTTTTTTTTTTACAT‑TTTTTTGTGTTTAGGCATAAAAAAATCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAtt < 2:96743/140‑1 (MQ=255) aTAATTTGAGCTGTTTTATTTTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGTTTTTTTTTTTACAT‑TTTTTTGTTTTTAGGCATAAAAAAATCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAAt < 1:124424/140‑1 (MQ=255) aaTTTGAGTTTTTCTATTTTTTTAAAATATCTATATAGGTCTTTAAATGTTTTTTATTTTTACAA‑TTTTTTGTTTTTAGGCATAAAAAAACCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCa < 1:736222/140‑1 (MQ=255) gTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAA‑TTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACg > 2:903147/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAA‑TTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGttttt > 1:44479/1‑140 (MQ=255) tCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAA‑TTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGttttt > 2:414612/1‑140 (MQ=255) cTGTTAATGGATTTTATTTTTACAA‑TTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTc > 1:926147/1‑140 (MQ=255) tGTTAATGGATTTTATTTTTACAA‑TTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTTAAATATTTACAACCTAGCAATCAACCAATAACGCTTGATATTGCTTTTTAAGTCGCGttttttt > 2:34704/1‑138 (MQ=255) tGTTAATGGATTTTATTTTTACAA‑TTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCa > 1:970678/1‑140 (MQ=255) tGTTAATGGATTTTATTTTTACAA‑TTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCa > 1:871205/1‑140 (MQ=255) attgaatttttttttTACAT‑TTTTTTGTTTTTAGGCAAAAAAAAACCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATc < 2:211949/135‑1 (MQ=255) aatgttttttttttttAAAT‑TTTTTTGTTTTTAGGAATAAAAAAATCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCAAATc < 2:970678/134‑1 (MQ=255) aaggttttttatttttatAC‑TTTTTTGTTTTTAGCAAAAAAAAAAACAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATc < 1:889701/134‑1 (MQ=255) aaTGGTTTTTTTTTTTAAAT‑TTTTTTGTTTTTAGGAATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATc < 2:406274/140‑1 (MQ=255) aagggttttttttttAAAATTTTTTTGTTTTTAGGCAAAAAAAAAGAAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATc < 1:1073249/135‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tgttTTTAGGAAAAAAAAAACCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGc < 2:526717/140‑1 (MQ=255) tgtgTTTAAGCATAAAAAAAACCCCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGc < 2:984343/140‑1 (MQ=255) aGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCaa < 2:830194/135‑1 (MQ=255) aGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCaa > 1:830194/1‑135 (MQ=255) tataAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATAcc > 1:968096/1‑140 (MQ=255) tataAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATAcc > 2:579456/1‑140 (MQ=255) tataAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGGTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATAcc > 2:1393137/1‑140 (MQ=255) | GGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAA‑TTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACC > NC_000913/752986‑753262 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |