Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 3,064,209 | T→C | S73P (TCT→CCT) | scpB → | methylmalonyl‑CoA decarboxylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,064,209 | 0 | T | C | 98.9% | 321.4 / ‑5.0 | 88 | S73P (TCT→CCT) | scpB | methylmalonyl‑CoA decarboxylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (43/44); total (43/45) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AAGTAAAGTCTTTATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGTCTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCGAAACCGATCATTTCGATGGTGGAAGGTAGTGTTTGGGGTGGCGCATTTGAAATGATCATGAGTTC > NC_000913/3064076‑3064345 | aaGTAAAGTCTTTATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGCCTGGCg > 2:781608/1‑140 (MQ=255) aGTCTTTATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCGACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGCCTGGCGGTcgcg < 2:313302/140‑1 (MQ=255) tCTTTATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGCCTGGCGGTCGCGAt < 2:66256/140‑1 (MQ=255) tCTTTATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGCCTGGCGGTCGCGAt < 2:1054246/140‑1 (MQ=255) ttATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGCCTGGCGGTCGCGAt > 2:334556/1‑137 (MQ=255) ttATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGCCTGGCGGTCGCGAt < 1:334556/137‑1 (MQ=255) ttATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGCCTGGCGGTCGCGATccc > 2:721073/1‑139 (MQ=255) ttATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGCCTGGCGGTCGCGATCCg < 2:974434/140‑1 (MQ=255) ttATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGCCTGGCGGTCGCGATCCg < 2:1347771/140‑1 (MQ=255) ttATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGCCTGGCGGTCGCGATCCg > 1:1347771/1‑140 (MQ=255) ttATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGCCTGGCGGTCGCGATCCg < 1:286926/140‑1 (MQ=255) ttATTGATGATCTTATGCAGGAGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGCCTGGCGGTCGCGATCCg > 2:1034930/1‑140 (MQ=255) tATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGCCTGGCGGTCGCGATCCg < 2:1441188/139‑1 (MQ=255) tATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGCCTGGCGGTCGCGATCCg > 1:1441188/1‑139 (MQ=255) tATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGCCTGGCGGTCGCGATCCGc > 1:34223/1‑140 (MQ=255) aTTGATGATCTTATGCAGGAGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGCCTGGCGGTCGCGATCCGct < 1:1034930/140‑1 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< 2:925659/140‑1 (MQ=255) cTGCCGCCTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCGAAACCGATCATTTCGATGGTGGAAGGTAGTGTTTGGGGTGGCGCATTTGAAATGATCATGAg > 1:1348022/1‑140 (MQ=255) cTGCCGCCTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCGAAACCGATCATTTCGATGGTGGAAGGTAGTGTTTGGGGTGGCGCATTTGAAATGATCATGAg < 2:1348022/140‑1 (MQ=255) gccgccTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTTCCGAAACCGATCATTTCGATGGTGGAAGGTAGTGTTTGGGGTGGCGCATTTGAAATGATCATGAGtt > 2:849420/1‑140 (MQ=255) gccgccTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCGAAACCGATCATTTCGATGGTGGAAGGTAGTGTTTGGGGTGGCGCATTTGAAATGATCAt < 2:108964/135‑1 (MQ=255) gccgccTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCGAAACCGATCATTTCGATGGTGGAAGGTAGTGTTTGGGGTGGCGCATTTGAAATGATCAt > 2:1417502/1‑135 (MQ=255) gccgccTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCGAAACCGATCATTTCGATGGTGGAAGGTAGTGTTTGGGGTGGCGCATTTGAAATGATCAt < 1:1417502/135‑1 (MQ=255) gccgccTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCGAAACCGATCATTTCGATGGTGGAAGGTAGTGTTTGGGGTGGCGCATTTGAAATGATCAt > 1:108964/1‑135 (MQ=255) gccgccTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCGAAACCGATCATTTCGATGGTGGAAGGTAGTGTTTGGGGTGGCGCATTTGAAATGATCATGAGtt > 1:823491/1‑140 (MQ=255) gccgccTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCGAAACCGATCATTTCGATGGTGGAAGGTAGTGTTTGGGGTGGCGCATTTGAAATGATCATGAGtt < 2:823491/140‑1 (MQ=255) gccgccTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCGAAACCGATCATTTCGATGGTGGAAGGTAGTGTTTGGGGTGGCGCATTTGAAATGATCATGAGtt > 1:1239412/1‑140 (MQ=255) ccGCCTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCGAAACCGATCATTTCGATGGTGGAAGGTAGTGTTTGGGGTGGCGCATTTGAAATGATCATGAGtt < 1:785090/139‑1 (MQ=255) ccGCCTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCGAAACCGATCATTTCGATGGTGGAAGGTAGTGTTTGGGGTGGCGCATTTGAAATGATCATGAGTTc > 1:267642/1‑140 (MQ=255) | AAGTAAAGTCTTTATTGATGATCTTATGCAGGCGTTAAGCGATCTCAACCGGCCGGAAATTCGCTGTATCATTTTGCGCGCACCGAGTGGATCCAAAGTCTTCTCCGCAGGTCACGATATTCACGAACTGCCGTCTGGCGGTCGCGATCCGCTCTCCTATGATGATCCATTGCGTCAAATCACCCGCATGATCCAAAAATTCCCGAAACCGATCATTTCGATGGTGGAAGGTAGTGTTTGGGGTGGCGCATTTGAAATGATCATGAGTTC > NC_000913/3064076‑3064345 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |