Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 753,114 | 0 | G | T | 25.3% | 200.9 / 13.3 | 75 | intergenic (‑319/+71) | ybgD/gltA | putative fimbrial protein YbgD/citrate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/7); new base T (0/19); total (49/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-12 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAA > NC_000913/752976‑753252 | cATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTgtgt > 2:42679/1‑140 (MQ=255) cATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTgtgt > 1:165870/1‑140 (MQ=255) ttttCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGttt > 2:988810/1‑140 (MQ=255) cATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGc < 1:1277589/140‑1 (MQ=255) aGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCata < 1:1006576/140‑1 (MQ=255) tataAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATaaaa > 1:999247/1‑140 (MQ=255) ataAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATaaaaa > 1:977847/1‑140 (MQ=255) ataAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGATAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATaaaaa > 1:1562700/1‑140 (MQ=255) gCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAc‑c > 2:1488010/1‑140 (MQ=255) gCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAc‑c > 1:659755/1‑140 (MQ=255) gCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAc‑c > 1:186118/1‑140 (MQ=255) gCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAc‑c > 2:248832/1‑140 (MQ=255) cGACTACCATGAATTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATATTTTGACCTTTTTTATTTTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGATTTTTTTTTTTACAATTTTTTGTTTTTAGGCATATAAAAACCAAc‑cc < 2:87799/140‑1 (MQ=255) cGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAc‑cc > 2:1631603/1‑140 (MQ=255) gACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCg > 1:1371083/1‑140 (MQ=255) gACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCg > 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tttAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAAcggcgg > 2:1516565/1‑140 (MQ=255) aaaGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTaaaaa > 2:1334289/1‑139 (MQ=255) aaaGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTTAAat > 2:1478815/1‑140 (MQ=255) aaaGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAat > 1:1445489/1‑140 (MQ=255) aaaGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGGTaaaaa > 1:395476/1‑139 (MQ=255) aGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAatat > 2:1077055/1‑140 (MQ=255) gTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTTTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATAAAAAATTCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACt < 1:782284/140‑1 (MQ=255) gTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACt > 2:701504/1‑140 (MQ=255) gTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACt < 1:701504/140‑1 (MQ=255) cTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGc > 1:887564/1‑140 (MQ=255) cTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGc > 1:1035771/1‑140 (MQ=255) tAATTTGAGCTTTTCTATTTTTTTTAAATATCTATATAGTTCTTTTAATGGTTTTTATTTTTACATTTTTTTGTTTTTAGGCAAAAAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATc < 2:186118/140‑1 (MQ=255) ttttGAGTTTTTTTTTTTTTTTTAAATTTTTATATAGGTTTGTTAATGTTTTTTTTTTTTACATTTTTTTGTTTTTAGGAATAAAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCaa < 2:914809/139‑1 (MQ=255) cTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTaa > 1:1196231/1‑140 (MQ=255) ttCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGc > 2:777731/1‑140 (MQ=255) ttCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAAAATTTACAACTTAGCAAACAACCATTAACGc > 1:1654341/1‑140 (MQ=255) tttttttaAAATTTTTATAAAGGTTTGTTAATGTTTTTTTTTTTTACATTTTTTTGTTTTTAGGAATAAAAAAATCACC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGat < 2:977847/137‑1 (MQ=255) ttCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAAAATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGat > 1:602164/1‑140 (MQ=255) tttAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATccc > 1:1326653/1‑138 (MQ=255) tttAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGc > 2:295471/1‑140 (MQ=255) tttAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGc > 2:1189752/1‑140 (MQ=255) tttAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGc > 2:794565/1‑140 (MQ=255) tttAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGc > 1:659400/1‑140 (MQ=255) tttAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGc > 2:1351623/1‑140 (MQ=255) tttAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGc > 1:399640/1‑140 (MQ=255) tttAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGc > 2:1503984/1‑140 (MQ=255) tCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATTCCTTTTtaaa > 2:942103/1‑139 (MQ=255) tCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAg > 1:1227208/1‑140 (MQ=255) ttaGGTCTGTGAATGGATTTGATTTTTATAATTGTGTGTGGTTAAACATA‑AAAAAACAACGCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTAGAACTTAGCAATCAACCATTGACGGTTGGTATCGCTTTTAAAGTcgcg < 2:1236079/139‑1 (MQ=255) tgggTTTGTTAATGGTTTTTTTTTTTAAATTTTTTTGTTTTTGGGCATAAAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGt < 1:490426/138‑1 (MQ=255) taGGTTTGTTAATGTATTTTTTTTTTACAATTTTTTGTTTTTAGGCAAAAAAAAACCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGt < 2:247310/140‑1 (MQ=255) gTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTTCAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGgttt > 2:1475776/1‑140 (MQ=255) gTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGtttt > 2:487950/1‑140 (MQ=255) gTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGtttt > 1:194376/1‑140 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2:13531/1‑140 (MQ=255) ttttttGTTTTTAGGCATAAAAAAATCACC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGa < 2:887564/140‑1 (MQ=255) tgttTTTAGGAATAAAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGc < 2:1374934/140‑1 (MQ=255) tgttTTTAGGAATAAAAAAACCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGc < 2:194376/140‑1 (MQ=255) tgtgTTTAGGCATAAAAAAATCACC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGc < 1:1488010/140‑1 (MQ=255) tgtgTTTAGGAAAAAAAAACCCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTATATACAGCTGACGCGGACGGGc < 2:1227208/140‑1 (MQ=255) tgtTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCaa < 1:777731/140‑1 (MQ=255) | CATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAAC‑CCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAA > NC_000913/752976‑753252 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |