| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,111,752 | 0 | T | C | 24.7% | 167.4 / 14.1 | 81 | K155E (AAA→GAA) | yiiQ | DUF1454 domain‑containing protein YiiQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/11); new base C (0/20); total (50/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.80e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATG > NC_000913/4111615‑4111885 | ttttttATTAAAACCTTAAAGCGTTTCAGATAGCCCCAGTTTAATCGGTACAACAGCGAGGGCCACCCCTTTTT‑CGCCTTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACGTTT‑TTTTT‑ccc < 2:375383/137‑1 (MQ=255) ttttATTCAACCCTTCAAGCGATTCAGATAGCCCCAGCTTAATCGTTTCAACAGCAAAGGTCACCCCTTTTT‑CGCCGTTGCCCGCAACAACATAACGCAGTCCCCCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACTTTTTTTTTT‑cccc < 2:1049163/139‑1 (MQ=255) ttttATTAAAACTTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCATTTTAATCGGTCAAACAGCGAAGGCCACCCCCTTTT‑CGCGGTGGTCCGCGACAACATACCGCGGTGCCCCTTTTGCCTGGGT‑GTAATACGGTTTTTTTTT‑cccc < 2:963326/139‑1 (MQ=255) tttATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACGTTTGTTTTT‑CCccg > 2:1787615/1‑140 (MQ=255) ttATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCTTTTC‑CGCCGTTGCCCGCGAAAACATACCGCAGTCCCCCTTCTGTCTGGGT‑GTAATAACGTTTTTTTTC‑CCccgc < 2:1162091/140‑1 (MQ=255) aCCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTtagta > 1:1049163/1‑140 (MQ=255) ttCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCg > 1:1684472/1‑140 (MQ=255) tCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGa > 1:1653473/1‑140 (MQ=255) tCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGa > 1:432164/1‑140 (MQ=255) cAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCgct > 1:2029859/1‑138 (MQ=255) cAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGAc > 2:1714775/1‑140 (MQ=255) cAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGAc > 2:795247/1‑140 (MQ=255) aaGCGATTAAGAACGCGCCAGTTTAATGGTTAAAACAG‑GAAGGGCCGCCCCTTTTCCGCCGTTGCCCGCAAAAAAATAGCGCAGTCCCCCTTCTGTCGGGGT‑GAAATAAGTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACt < 2:1993745/140‑1 (MQ=255) tatacAGATCGCGCCATCTAAATCGGTTCAACAGCGAGGGTCCCCCCTTTTC‑CGCCTTTGCCCGCGACAACAAAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGGT‑GAAATAACTTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAg < 2:1362867/136‑1 (MQ=255) ttCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGtt > 1:1638016/1‑140 (MQ=255) tCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGttt > 1:1968951/1‑140 (MQ=255) aTAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTc > 1:61243/1‑140 (MQ=255) gcgcCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTgg > 1:1562163/1‑140 (MQ=255) cgcCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGc > 1:668321/1‑140 (MQ=255) cgcCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGc > 1:90174/1‑140 (MQ=255) gcCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGGCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCt > 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aaccAGCAAAGGCCCCCCCTTTTC‑CGCCGTTTCCCGCAACAACAAAACGCATTCCCCTTTTTGTCTGGGT‑TTAATACCTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCAtt < 2:1562163/137‑1 (MQ=255) aaCAGCGAAGGTCACCCCTTTTC‑CGCCGTTGCCCGCGACAAAATAACGCAGTCCCCCTTCTGTCTGGGT‑GAAATAACTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTa < 2:1239292/140‑1 (MQ=255) aaggcaaGGACCGCCTCTTTTCCGCCGTGGTCCGCGAAAACATAACGCAGTGCCCCTT‑TGCCCTGGTAAAAATAAGTTTTTTTTCC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTaa < 2:1977684/135‑1 (MQ=255) gagggTCCGCCCTTTTG‑CGCGGTTGTCCGCAACAACATAACGCATTGCTCCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACTTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATgggg < 2:1076449/137‑1 (MQ=255) aggcgctgCCTCTGTT‑CGCCGTGTTCCGCGAAAATAAAACGCTGTCTCCTTTCCCTGTTGGT‑TTAAT‑GCGTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGt < 2:46036/133‑1 (MQ=255) aaGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGt > 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aGGTCCCCCCCTTTTCCGCCGTTGTCGGCGACACCATACCCGTGTGCTCCTTCTGTCTGGTT‑GTAATAGTTTTTTTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGt < 2:968604/140‑1 (MQ=255) cccgCCCTTTTC‑CGCGGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGGT‑TTAATATTTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAgt < 2:1968951/137‑1 (MQ=255) cccccctTTTT‑CGCCGTTGCCCGCGAAAACAAAACGCGGTCCCCTTTCTGTCTGGGT‑TTAATAATTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAgtg < 2:90174/137‑1 (MQ=255) ccaccccTTTTCCGCCGTTGTCCGCAAAAACATACCGCAGTCCCCCTTCTGTCTGGGT‑GTAATACTTTTTTTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGATTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAgt < 2:1601076/137‑1 (MQ=255) ccccTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCTTTAATGGGGTGAGTGTGc > 1:665995/1‑140 (MQ=255) ttt‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATc > 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tttccccGCGAAAACATACCGCAGTGCCCTTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACTTTTTTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTg < 1:795247/135‑1 (MQ=255) tttGCCCGCAAAAACAAAACGCAGTGCCCTTTCTGTCTGGGT‑TTAATAATTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTg < 2:1210913/139‑1 (MQ=255) gTTGTCCGCAAAAACATACCGCGGTCCCCTTTCTTTTTGGTT‑ATAATACTTTTTTTTTTC‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTg < 2:397693/140‑1 (MQ=255) tGTCCGCGACAACATAACGCAGTCCCCTTTTTGTCGGGGT‑GTAATATCTTTTTTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGcc < 2:46515/140‑1 (MQ=255) tcgcggACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCAt > 1:705768/6‑140 (MQ=255) gACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTAtt > 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tgtttTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATg > 1:1487136/1‑140 (MQ=255) | TCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGT‑GTAATAACGTTTGTTTTT‑CCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATG > NC_000913/4111615‑4111885 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |