| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,417,960 | C→A | G165V (GGG→GTG) | ulaR ← | DNA‑binding transcriptional repressor UlaR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,417,960 | 0 | C | A | 98.7% | 548.7 / ‑0.1 | 154 | G165V (GGG→GTG) | ulaR | DNA‑binding transcriptional repressor UlaR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base A (74/78); total (75/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.07e-01 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
AATCTTACTGCTATCAACCAGTACCACCAGTTTCCCTACCACGCTCAGCATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCCCGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGCCCATAATGATCACGCTGTCATGTTCTTGATCGATCAGGTAATTTGCCAGCGGTAGATAATTAGTGA > NC_000913/4417824‑4418095 | aaTCTTACTGCTATCAACCAGTACCACCAGTTTCCCTACCACGCTCAGCATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACgg < 1:994693/140‑1 (MQ=255) aTCAACCAGTACCACCAGTTTCCCTACCACGCTCAGCATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGt < 1:527811/140‑1 (MQ=255) aTCAACCAGTACCACCAGTTTCCCTACCACGCTCAGCATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGt > 2:527811/1‑140 (MQ=255) aTCAACCAGTACCACCAGTTTCCCTACCACGCTCAGCATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGt > 1:1858210/1‑140 (MQ=255) tCAACCAGTACCACCAGTTTCCCTACCACGCTCAGCATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGtt > 1:1050678/1‑140 (MQ=255) tCAACCAGTACCACCAGTTTCCCTACCACGCTCAGCATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGtt > 1:1325450/1‑140 (MQ=255) tCAACCAGTACCACCAGTTTCCCTACCACGCTCAGCATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGtt > 2:242933/1‑140 (MQ=255) gTACCACCAGTTTCCCTACCACGCTCAGCATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTg > 1:1685558/1‑140 (MQ=255) gTACCACCAGTTTCCCTACCACGCTCAGCATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTg > 1:1011669/1‑140 (MQ=255) gTACCACCAGTTTCCCTACCACGCTCAGCATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTg > 1:727831/1‑140 (MQ=255) gTACCACCAGTTTCCCTACCACGCTCAGCATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTg > 2:18467/1‑140 (MQ=255) gTACCACCAGTTTCCCTACCACGCTCAGCATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTg > 1:739585/1‑140 (MQ=255) gTACCACCAGTTTCCCTACCACGCTCAGCATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTg > 1:1535238/1‑140 (MQ=255) tACCACCAGTTTCCCTACCACGCTCAGCATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGc > 2:10233/1‑140 (MQ=255) tACCACCAGTTTCCCTACCACGCTCAGCATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGc > 1:569751/1‑140 (MQ=255) accaGTTTCCCTACCACGCTCAGCATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTg > 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ttCCCTACCACGCTCAGCATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCt > 1:694970/1‑140 (MQ=255) ttCCCTACCACGCTCAGCATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCt > 2:939404/1‑140 (MQ=255) ttCCCTACCACGCTCAGCATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCt > 1:1032770/1‑140 (MQ=255) aCCACGCTCAGCATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGt > 1:1631891/1‑140 (MQ=255) ccACGCTCAGCATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTg < 1:1538566/140‑1 (MQ=255) aCGCTCAGCATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCCCGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGAt > 1:1479298/1‑140 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cATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGgactgac < 2:1858210/140‑1 (MQ=255) cATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGgactgac < 2:531866/140‑1 (MQ=255) cATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGgactgac < 2:569751/140‑1 (MQ=255) cttctGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACttt > 2:112933/1‑140 (MQ=255) tctgcCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTa > 2:963871/1‑140 (MQ=255) tctgcCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTa < 2:558866/140‑1 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cATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTc < 2:168322/140‑1 (MQ=255) cATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTc < 1:2012459/140‑1 (MQ=255) aTTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTcc < 2:921004/140‑1 (MQ=255) cTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGccc < 1:89033/140‑1 (MQ=255) cAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGCCCATaa > 1:942216/1‑140 (MQ=255) cAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGCCCATaa > 2:1884582/1‑140 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gTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGCCCATAATGATCACGCTGTCATGTTCTTGATCGATCAg > 1:863947/1‑140 (MQ=255) tCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGCCCATAATGATCACGCTGTCATGTTCTTgatc > 2:1421094/1‑133 (MQ=255) tCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGCCCATAATGATCACGCTGTCATGTTCTTgatc < 1:1421094/133‑1 (MQ=255) tCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGCCCATAATGATCACGCTGTCATGTTCTTGATCGATCAgg > 1:56386/1‑140 (MQ=255) aGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGCCCATAATGATCACGCTGTCATGTTCTTGATCGATCAGGTa > 2:1593958/1‑140 (MQ=255) cccTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGCCCATAATGATCACGCTGTCATGTTCTTGATCGATCAGGTAAt > 1:1517465/1‑140 (MQ=255) tttCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGCCCATAATGATCACGCTGTCATGTTCTTGATCGATCAGGTAATTTGc < 1:1884582/140‑1 (MQ=255) ttCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGCCCATAATGATCACGCTGTCATGTTCTTGATCGATCAGGTAATTTGcc < 1:18467/140‑1 (MQ=255) ttCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGCCCATAATGATCACGCTGTCATGTTCTTGATCGATCAGGTAATTTGcc < 2:1011669/140‑1 (MQ=255) tCCGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGCCCATAATGATCACGCTGTCATGTTCTTGATCGATCAGGTAATTTGCCa < 2:1631891/140‑1 (MQ=255) ccGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGCCCATAATGATCACGCTGTCATGTTCTTGATCGATCAGGTAATTTGCCAg < 2:605756/140‑1 (MQ=255) ccGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGCCCATAATGATCACGCTGTCATGTTCTTGATCGATCAGGTAATTTGCCAg < 1:366248/140‑1 (MQ=255) ccGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGCCCATAATGATCACGCTGTCATGTTCTTGATCGATCAGGTAATTTGCCAg < 2:446706/140‑1 (MQ=255) ccGCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGCCCATAATGATCACGCTGTCATGTTCTTGATCGATCAGGTAATTTGCCAg < 1:1996503/140‑1 (MQ=255) gCTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGAC‑TTTGTTGTACTGTCCGCCCATAATGATCACGCTGTCATGTTCTTGATCGATCAGGTAATTTGCCAGCgg < 2:1786199/140‑1 (MQ=255) cTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGCCCATAATGATCACGCTGTCATGTTCTTGATCGATCAGGTAATTTGCCAGCgg < 2:710059/140‑1 (MQ=255) cTGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCACTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGCCCATAATGATCACGCTGTCATGTTCTTGATCGATCAGGTAATTTGCCAGCgg > 1:1921721/1‑140 (MQ=255) tGGTAAACATCCAGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGCCCATAATGATCACGCTGTCATGTTCTTGATCGATCAGGTAATTTGCCAGCGGt < 1:352099/140‑1 (MQ=255) aGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGCCCATAATGATCACGCTGTCATGTTCTTGATCGATCAGGTAATTTGCCAGCGGTAGATGATTAGtg > 1:1577121/1‑140 (MQ=255) aGTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGCCCATAATGATCACGCTGTCATGTTCTTGATCGATCAGGTAATTTGCCAGCGGTAGATAATTAGtg > 1:1341399/1‑140 (MQ=255) gTGCACGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGCCCATAATGATCACGCTGTCATGTTCTTGATCGATCAGGTAATTTGCCAGCGGTAGATAATTAGtga < 2:1685558/140‑1 (MQ=255) | AATCTTACTGCTATCAACCAGTACCACCAGTTTCCCTACCACGCTCAGCATCTTCTGCTCTGCCATTGCTGTCAGCATATCGGTTTTATACAACCCTTCTGCGGTCAGCCCTTTTCCGCTGGTAAACATCCAGTGCCCGGCATAGAGACTGTTTTCGCTGCCCTGCGGGCTTAAAGTGATGGACTGACTTTTGTTGTACTGTCCGCCCATAATGATCACGCTGTCATGTTCTTGATCGATCAGGTAATTTGCCAGCGGTAGATAATTAGTGA > NC_000913/4417824‑4418095 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |