| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,420,824 | G→C | A231P (GCG→CCG) | yhdX → | putative ABC transporter membrane subunit YhdX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,420,824 | 0 | G | C | 99.5% | 782.0 / ‑5.0 | 204 | A231P (GCG→CCG) | yhdX | putative ABC transporter membrane subunit YhdX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (107/96); minor base T (0/1); total (107/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
TATCCTGGCTGTTGTTATGGCTATAGTCCTTTCTGTTGGGCTATTCCGCTTTAATAAAACATACCAGATAAAGACCGGACAACTGCGCCGCACCTGGCCGATCGCCGCAGTGTTGATCATTGGTTTGCCTTTACTGGCGCAATGGCTTTTTGGCGCAGCACTACACTGGGATGTCCCAGCCCTACGAGGCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTA > NC_000913/3420688‑3420959 | tATCCTGGCTGTTGTTATGGCTATAGTCCTTTCTGTTGGGCTATTCCGCTTTAATAAAACATACCAGATAAAGACCGGACAACTGCGCCGCACCTGGCCGATCGCCGCAGTGTTGATCATTGGTTTGCCTTTACTGccgc < 2:190332/140‑1 (MQ=255)tATCCTGGCTGTTGTTATGGCTATAGTCCTTTCTGTTGGGCTATTCCGCTTTAATAAAACATACCAGATAAAGACCGGACAACTGCGCCGCACCTGGCCGATCGCCGCAGTGTTGATCATTGGTTTGCCTTTACTGccgc < 2:1096179/140‑1 (MQ=255)tATCCTGGCTGTTGTTATGGCTATAGTCCTTTCTGTTGGGCTATTCCGCTTTAATAAAACATACCAGATAAAGACCGGACAACTGCGCCGCACCTGGCCGATCGCCGCAGTGTTGATCATTGGTTTGCCTTTACTGccgc < 2:336996/140‑1 (MQ=255) ggCTGTTGTTATGGCTATAGTCCTTTCTGTTGGGCTATTCCGCTTTAATAAAACATACCAGATAAAGACCGGACAACTGCGCCGCACCTGGCCGATCGCCGCAGTGTTGATCATTGGTTTGCCTTTACTGCCGCAATGGc > 2:535341/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cgcAGTGTTGATCATTGGTTTGCCTTTACTGCCGCAATGGCTTTTTGGCGCAGCACTACACTGGGATGTCCCAGCCCTACGAGGCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTgg < 2:2310178/140‑1 (MQ=255) gtTGATCATTGGTTTGCCTTTACTGCCGCAATGGCTTTTTGGCGCAGCACTACACTGGGATGTCCCAGCCCTACGAGGCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACttt < 2:656468/140‑1 (MQ=255) tGATCATTGGTTTGCCTTTACTGCCGCAATGGCTTTTTGGCGCAGCACTACACTGGGATGTCCCAGCCCTACGAGGCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCg < 2:1201757/140‑1 (MQ=255) tGATCATTGGTTTGCCTTTACTGCCGCAATGGCTTTTTGGCGCAGCACTACACTGGGATGTCCCAGCCCTACGAGGCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCg < 2:1125706/140‑1 (MQ=255) aTCATTGGTTTGCCTTTACTGCCGCAATGGCTTTTTGGCGCAGCACTACACTGGGATGTCCCAGCCCTACGAGGCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGt < 1:124298/140‑1 (MQ=255) tGGTTTGCCTTTACTGCCGCAATGGCTTTTTGGCGCAGCACTACACTGGGATGTCCCAGCCCTACGAGGCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTTACGCTGGCACTTTCGGTTtata > 2:824861/1‑140 (MQ=255) tGGTTTGCCTTTACTGCCGCAATGGCTTTTTGGCGCAGCACTACACTGGGATGTCCCAGCCCTACGAGGCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTtata > 2:2461045/1‑140 (MQ=255) tGGTTTGCCTTTACTGCCGCAATGGCTTTTTGGCGCAGCACTACACTGGGATGTCCCAGCCCTACGAGGCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTtata > 1:954740/1‑140 (MQ=255) tGGTTTGCCTTTACTGCCGCAATGGCTTTTTGGCGCAGCACTACACTGGGATGTCCCAGCCCTACGAGGCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTtata > 2:812014/1‑140 (MQ=255) tGGTTTGCCTTTACTGCCGCAATGGCTTTTTGGCGCAGCACTACACTGGGATGTCCCAGCCCTACGAGGCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTtata > 1:1092332/1‑140 (MQ=255) tGGTTTGCCTTTACTGCCGCAATGGCTTTTTGGCGCAGCACTACACTGGGATGTCCCAGCCCTACGAGGCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTtata > 1:146229/1‑140 (MQ=255) ggTTTGCCTTTACTGCCGCAATGGCTTTTTGGCGCAGCACTACACTGGGATGTCCCAGCCCTACGAGGCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATAc < 2:1883584/140‑1 (MQ=255) gTTTGCCTTTACTGCCGCAATGGCTTTTTGGCGCAGCACTACACTGGGATGTCCCAGCCCTACGAGGCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACa < 1:1102229/140‑1 (MQ=255) gTTTGCCTTTACTGCCGCAATGGCTTTTTGGCGCAGCACTACACTGGGATGTCCCAGCCCTACGAGGCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACa > 2:2008778/1‑140 (MQ=255) tttGCCTTTACTGCCGCAATGGCTTTTTGGCGCAGCACTACACTGGGATGTCCCAGCCCTACGAGGCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACAt < 2:2362466/140‑1 (MQ=255) tGCCTTTACTGCCGCAATGGCTTTTTGGCGCAGCACTACACTGGGATGTCCCAGCCCTACGAGGCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCt > 1:2457430/1‑140 (MQ=255) tGCCTTTACTGCCGCAATGGCTTTTTGGCGCAGCACTACACTGGGATGTCCCAGCCCTACGAGGCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCt < 2:2399864/140‑1 (MQ=255) ccTTTACTGCCGCAATGGCTTTTTGGCGCAGCACTACACTGGGATGTCCCAGCCCTACGAGGCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGc > 2:674682/1‑140 (MQ=255) ccTTTACTGCCGCAATGGCTTTTTGGCGCAGCACTACACTGGGATGTCCCAGCCCTACGAGGCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGc > 2:1918781/1‑140 (MQ=255) aCTGCCGTAATGGCTTTTTGGCGCAGCACTACACTGGGATGTCCCAGCCCTACGAGGCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTtata > 2:456530/1‑128 (MQ=255) aCTGCCGCAATGGCTTTTTGGCGCAGCACTACACTGGGATGTCCCAGCCCTACGAGGCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCCGGCACTTTCGGGTTATACATCTGGATTTa > 2:2203112/1‑140 (MQ=255) | TATCCTGGCTGTTGTTATGGCTATAGTCCTTTCTGTTGGGCTATTCCGCTTTAATAAAACATACCAGATAAAGACCGGACAACTGCGCCGCACCTGGCCGATCGCCGCAGTGTTGATCATTGGTTTGCCTTTACTGGCGCAATGGCTTTTTGGCGCAGCACTACACTGGGATGTCCCAGCCCTACGAGGCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTA > NC_000913/3420688‑3420959 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |