Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,001,918 | 0 | A | C | 20.6% | 180.5 / 11.2 | 68 | intergenic (‑129/+192) | fliA/fliC | RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor/flagellar filament structural protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (53/1); new base C (0/14); total (53/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.22e-13 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
AGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCA > NC_000913/2001779‑2002055 | agTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGaaaaaaa > 2:1506805/1‑140 (MQ=255) tGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAAcc > 1:1589110/1‑140 (MQ=255) gAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAAccc > 1:226584/1‑140 (MQ=255) aTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCccg > 2:1843742/1‑140 (MQ=255) aTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCccg > 1:1594839/1‑140 (MQ=255) aTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGAGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCccg > 2:1878374/1‑140 (MQ=255) aTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGCTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCccg > 2:1596486/1‑140 (MQ=255) tGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCAc > 2:404981/1‑140 (MQ=255) tGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCAc > 1:1081801/1‑140 (MQ=255) cGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGt > 1:1429924/1‑140 (MQ=255) tatGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTg > 2:212794/1‑140 (MQ=255) atGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGa > 2:1762315/1‑140 (MQ=255) gTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaaa > 1:620867/1‑140 (MQ=255) gTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaaa > 1:529694/1‑140 (MQ=255) gTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaaa > 2:217290/1‑140 (MQ=255) gTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaaa > 1:454111/1‑140 (MQ=255) ttATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATAGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAt > 1:514903/1‑140 (MQ=255) aTCGGCATGTTTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAAGGGGACGATTAGGGGGTGAAATGAGGGTTTTTTGGGGGGTTA‑CAGTTAAATCCCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg < 2:763919/140‑1 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 2:1792985/1‑140 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 2:855369/1‑140 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 1:253385/1‑140 (MQ=255) aTCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 1:1218339/1‑140 (MQ=255) cGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcg > 1:1177643/1‑140 (MQ=255) cGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcg > 2:134267/1‑140 (MQ=255) cGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcg > 1:608378/1‑140 (MQ=255) cGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcg > 1:1656528/1‑140 (MQ=255) aTGATTATCCTTTTCTGCGGGTTTTTTAATGGGACGATTAGGGGGTGAAATGAGGGTTTTTTTGGGGTTTA‑CAGGAAAATTCCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCttt < 2:1594839/140‑1 (MQ=255) aTGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCttt > 1:7021/1‑140 (MQ=255) tGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGGTTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTa > 1:376737/1‑140 (MQ=255) tATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGtt > 1:255590/1‑140 (MQ=255) ttCTGCAGGTTTTTAAATCGGACGATTAGGGGGTAAAATGGGGGTTTATTGGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGAt < 1:404981/140‑1 (MQ=255) ttCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGAt > 1:1141984/1‑140 (MQ=255) tCTGCAGGGTTTTTAATGGGATGATTAGTGGGTAAAAGGAGGGTTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAAAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATg < 2:1018479/140‑1 (MQ=255) tCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATg > 1:662533/1‑140 (MQ=255) cTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgc > 2:5345/1‑140 (MQ=255) cTGCAGGGTTTTAAATGGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGTGTTATTTGGGGGTTA‑CATGTAAATACCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATgc < 2:1448292/140‑1 (MQ=255) gggTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGt > 1:1377416/1‑140 (MQ=255) gggTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGt > 2:736225/1‑140 (MQ=255) ttttttAATCGGACGATTGGTGGGTGAAATGGGGGTTTATTGGGGGGTAA‑CAGGTAAATCCCAGGCAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTaa < 2:662533/139‑1 (MQ=255) cGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt > 1:437193/1‑140 (MQ=255) ggACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc > 1:234168/1‑140 (MQ=255) gACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAACTTGGGCTTTATGTTGCCGCATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 1:1263255/1‑140 (MQ=255) gACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 1:393261/1‑140 (MQ=255) gACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 1:1483574/1‑140 (MQ=255) gACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 2:1841044/1‑140 (MQ=255) cagATTGGGGGGTGAAAGGAGGGGTT‑TTTGGGGGTTAGGAGATAACTGCCGGGCAAAAAAACCCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGGCAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg < 2:376737/138‑1 (MQ=25) gtaaaaTGGGGGTTTTTTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaaaaa < 1:1843742/137‑1 (MQ=38) gtaaaaTGGGGGGTTATTGGGGGTTTA‑CAGGTAAATCCCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaaaaa < 2:426609/137‑1 (MQ=37) aaaTGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAtgt > 2:163769/1‑140 (MQ=255) aaaTGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAtgt > 1:1808943/1‑140 (MQ=255) aTGGGGGTTTATTGGGGGTTTA‑CAGGTAAATCCCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGc < 1:1762315/140‑1 (MQ=37) aTGAGGGGTTATTGGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGc < 1:223036/140‑1 (MQ=255) aGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACCCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCaaa > 2:1296690/1‑140 (MQ=255) ggggTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAAt > 1:1204424/1‑140 (MQ=255) ttATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCaa > 2:660394/1‑140 (MQ=255) aTTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATa > 2:678323/1‑140 (MQ=255) aTTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATa > 2:708107/1‑140 (MQ=255) ggggTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTg < 1:286910/140‑1 (MQ=255) gggTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGc > 1:1862463/1‑140 (MQ=255) ggTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCa > 1:1476652/1‑140 (MQ=255) ggTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCa > 1:1018228/1‑140 (MQ=255) gTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCaa > 1:1386897/1‑140 (MQ=255) taaaGGTAAATTCCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAAtt < 2:1018228/137‑1 (MQ=255) a‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTc > 1:104457/1‑140 (MQ=255) a‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTc > 1:936510/1‑140 (MQ=255) a‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTc > 1:266643/1‑140 (MQ=255) a‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTc > 1:1096689/1‑140 (MQ=255) aaaTCCCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTg < 2:1081801/140‑1 (MQ=255) aaaTCCCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTg < 2:1386897/140‑1 (MQ=255) ccAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGc < 2:936510/140‑1 (MQ=255) aaaaaacCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAag < 1:1878374/140‑1 (MQ=255) aaaaaaaCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAag > 2:578126/1‑140 (MQ=255) aaaaaaaCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAag < 1:1296690/140‑1 (MQ=255) aaaCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGCTGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAagcgca < 2:1141984/140‑1 (MQ=255) aaaCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAagcgca < 2:7021/140‑1 (MQ=255) | AGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTA‑CAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCA > NC_000913/2001779‑2002055 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |